Interested Article - Геномика

Гено́мика — раздел молекулярной генетики , посвящённый изучению генома и генов живых организмов, всей совокупности генов организма или значительной их части. «Для геномики характерно использование очень больших объёмов данных ».

История

Геномика сформировалась как особое направление в 1980—1990-х годах вместе с возникновением первых проектов по секвенированию геномов некоторых видов живых организмов. Первым был полностью секвенирован геном бактериофага Φ-X179; (5368 нуклеотидов ) в 1977 году . Следующим этапным событием было секвенирование генома бактерии Haemophilus influenzae (1,8 Mб ; 1995 год). После этого были полностью секвенированы геномы ещё нескольких видов, включая геном человека ( 2001 год — первый черновой вариант, 2003 год — завершение проекта). Её развитие стало возможно не только благодаря совершенствованию биохимических методик, но и благодаря появлению более мощной вычислительной техники, которая позволила работать с огромными массивами данных. Протяженность геномов у живых организмов подчас измеряется миллиардами пар оснований . Например, объём генома человека составляет порядка 3 млрд пар оснований. Самый крупный из известных (на начало 2010 года ) геномов принадлежит одному из видов двоякодышащих рыб (примерно 110 млрд пар).

Разделы геномики

Структурная геномика

Структурная геномика — содержание и организация геномной информации. Имеет целью изучение генов с известной структурой для понимания их функции, а также определение пространственного строения максимального числа «ключевых» белковых молекул и его влияния на взаимодействия .

Функциональная геномика

Функциональная геномика — реализация генетической информации, записанной в геноме, т. е.от гена — к признаку.

Сравнительная геномика

Сравнительная геномика (эволюционная) — сравнительные исследования содержания и организации геномов разных организмов.

Получение полных последовательностей геномов позволило пролить свет на степень родства и различий между геномами разных живых организмов. Ниже в таблице представлены предварительные данные о сходстве геномов разных организмов с геномом человека. Сходство дано в процентах (отражает долю пар оснований , идентичных у двух сравниваемых видов).

Вид	Сходство	Примечания и источники
Человек	99,9 %	Human Genome Project
Человек	100 %	Однояйцевые близнецы
Шимпанзе	98,4 %	; Jon Entine в San Francisco Examiner
Шимпанзе	98,7 %	Richard Mural из Celera Genomics , цитируется в MSNBC
Бонобо , или карликовый шимпанзе		То же, что и для шимпанзе
Горилла	98,38 %	Основано на изучении интергенной неповторяющейся ДНК (American Journal of Human Genetics, февраль 2001, 682, с. 444—456)
Мышь	98 %	Americans for Medical Progress
Мышь	85 %	при сравнении всех последовательностей, кодирующих белки,
Собака	95 %	Jon Entine в
C. elegans	74 %	Jon Entine в San Francisco Examiner
Банан	50 %	Americans for Medical Progress
Нарцисс	35 %	Steven Rose в The Guardian от 22 января 2004

Музеогеномика

Музеогеномика — отрасль науки, занимающаяся расшифровкой генетической информации останков биологических объектов, хранящихся в зоологических, биологических, палеонтологических музеях . Является важным направлением исследований в палеонтологии , палеоботанике, палеоантропологии, археологии. Музеогеномика позволяет выяснить, от каких животных и когда вирусы перешли к человеку, проанализировать степень родства различных видов беспозвоночных, как менялся геном живых организмов со временем, проследить влияние загрязнения окружающей среды.

Когнитивная геномика

Примеры применения геномики в медицине

В больнице Висконсина ребёнок в возрасте трёх лет долгое время ставил врачей в тупик, его кишечник отёк и был полностью пронизан абсцессами. К своим трём годам этот ребёнок пережил более ста отдельных хирургических операций. Для него был заказан полный сиквенс кодирующих участков его ДНК, по результатам с помощью подручных средств был выявлен виновник заболевания — белок XIAP, участвующий в сигнальных цепях запрограммированной клеточной смерти. При нормальной работе он играет очень важную роль в иммунном ответе. На основе такого диагноза физиологами была рекомендована трансплантация костного мозга в июне 2010 года. К середине июня ребёнок уже смог впервые в своей жизни поесть. ^{[

источник не указан 3938 дней

]}

Другой случай связан был с нетипичным раковым заболеванием у 39-летней женщины, страдающей острой формой промиелоцитарной лейкемии. При стандартных методах диагностики, однако, заболевание не было выявлено. А вот при расшифровке и анализе генома раковых клеток выяснилось, что крупный участок 15-й хромосомы переместился на 17-ю, что вызвало определённое генное взаимодействие. В результате женщина получила необходимое ей лечение. ^{[

источник не указан 3938 дней

]}

См. также

Примечания

от 24 декабря 2021 на Wayback Machine . . Вавиловский журнал генетики и селекции . 2014
Чугунов Антон. (рус.) . Биомолекула.ру (14 марта 2009). Дата обращения: 22 января 2010. Архивировано из 17 апреля 2013 года.
Ясный И.Е., Цыбина Т.А., Шамшурин Д.В., Колосов П.М. // Молекулярная медицина. — 2009. — № 6 . — С. 15—20 . 21 марта 2012 года.
Эти данные были найдены в различных вторичных источниках, и, скорее всего, они были получены разными методами (такими, как гибридизация ДНК или выравнивание последовательностей ). Следует отметить, что разные методы могут давать различные результаты, даже будучи примененными к одной и той же паре сравниваемых видов, поэтому все цифры, приведённые в данной таблице, следует рассматривать как весьма приблизительные.
Александр Волков Музеогеномика - новая научная ниша // Знание-сила . — 2015. — № 11. — С. 5—14

Литература

Alistair R. R. Forrest et al. (2014). A promoter-level mammalian expression atlas. Nature, 507 (7493): 462 doi :
Andersson, R. et al.(2014) An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 507, 455—461 doi :