Interested Article - AlphaFold

AlphaFold — программа на базе искусственного интеллекта (AI), разработанная Google DeepMind , которая выполняет предсказания пространственной структуры белка . Программа разработана как система глубокого обучения .

AlphaFold имеет две основные версии. Команда исследователей, использовавшая AlphaFold 1, заняла первое место в общем рейтинге 13-й СASP в декабре 2018 года. Программа оказалась особенно успешной в предсказании точных структур белков в категории, которую организаторы конкурса оценивали как самую сложную — когда для белков с частично похожей последовательностью не было доступно существующих шаблонных структур .

Команда разработчиков AlphaFold 2 участвовала в следующем конкурсе CASP в ноябре 2020 года . Команда достигла гораздо большей точности, чем любая другая группа. Модель набрала более 90 баллов примерно для двух третей белков в тесте GDT, который измеряет степень, с которой структура, предсказанная вычислительной программой, подобна структуре, определённой лабораторным экспериментом (число 100 соответствует полному совпадению) .

Результаты AlphaFold 2 в CASP были охарактеризованы как «поразительные» . В то же время некоторые исследователи отметили, что точность недостаточно высока для оставшейся трети прогнозов и что не раскрывается механизм и правила сворачивания белка, чтобы проблема сворачивания белка считалась решённой .

15 июля 2021 года статья об AlphaFold2 была размещена в Nature в качестве публикации для предварительного доступа вместе с программным обеспечением с открытым исходным кодом и доступной для поиска базой данных с различными видами белков .

Примечания

(неопр.) . Дата обращения: 28 августа 2021. 19 января 2021 года.
(неопр.) . Дата обращения: 28 августа 2021. 28 августа 2021 года.
(неопр.) . Дата обращения: 28 августа 2021. 28 августа 2021 года.
(неопр.) . Дата обращения: 28 августа 2021. 28 января 2021 года.
(неопр.) . Дата обращения: 28 августа 2021. 22 июля 2021 года.
(неопр.) . Дата обращения: 28 августа 2021. 28 августа 2021 года.
(неопр.) . Дата обращения: 28 августа 2021. 28 августа 2021 года.
Balls, Phillip (неопр.) . Chemistry World (9 декабря 2020). Дата обращения: 28 августа 2021. 15 августа 2021 года.
(неопр.) . Дата обращения: 28 августа 2021. 28 августа 2021 года.
Jumper, John; Evans, Richard; Pritzel, Alexander; Green, Tim; Figurnov, Michael; Ronneberger, Olaf; Tunyasuvunakool, Kathryn; Bates, Russ; Žídek, Augustin; Potapenko, Anna; Bridgland, Alex; Meyer, Clemens; Kohl, Simon A A; Ballard, Andrew J; Cowie, Andrew; Romera-Paredes, Bernardino; Nikolov, Stanislav; Jain, Rishub; Adler, Jonas; Back, Trevor; Petersen, Stig; Reiman, David; Clancy, Ellen; Zielinski, Michal; Steinegger, Martin; Pacholska, Michalina; Berghammer, Tamas; Bodenstein, Sebastian; Silver, David; Vinyals, Oriol; Senior, Andrew W; Kavukcuoglu, Koray; Kohli, Pushmeet; Hassabis, Demis (2021-07-15). . Nature (англ.) . doi : . из оригинала 27 августа 2021 . Дата обращения: 28 августа 2021 .
(англ.) . GitHub . Дата обращения: 24 июля 2021. 23 июля 2021 года.
(неопр.) . alphafold.ebi.ac.uk . Дата обращения: 24 июля 2021. 24 июля 2021 года.

См. также

Куракин, Георгий (рус.) Биомолекула (18 ноября 2022). Дата обращения: 12 декабря 2023. 28 ноября 2022 года.

Fungus from Yuggoth. (рус.) . ru-transhumans.livejournal.com (27 октября 2015). — Перевод статьи Ричарда Джонса (Richard A.L. Jones) “Rupturing The Nanotech Rapture” (2008), из обзора журнала “IEEE Spectrum” на тему технологической сингулярности. Статья содержит критику идей Эрика Дрекслера, особенно в отношении реализации механических медицинских наноботов. Архивная версия оригинала с комментариями . Дата обращения: 12 декабря 2023. 12 декабря 2023 года. Созвучны ей книги: " " Сьюзан Хокфилд (2021) и " " (2021).
Технологическая сингулярность