Бали

• Аюнг (68,5 км)
• Бадунг (30 км)

Буру

• (Ваеапу, Апо, Апу) (47,22 км)

Калимантан

В данном разделе перечислены реки Индонезии, о реках Малайзии на острове Калимантан см. .

• Барито (1090 км)
• (300 км)
• Капуас (1143 км)
• Капуас (600 км)
• Кахаян (Большой Даяк) (658 км)
• (576 км)
• (179 км)
• (300 км)
• Ландак (200 км)
• (Малый Банджар, Каютанги, Чайна-Ривер) (376 км)
• Махакам (980 км)
• (616 км)
• (197 км)
• (350 км)
• (233 км)
• (270 км)
• (322 км)
• (279 км)
• Табалонг (45 км)

Новая Гвинея

В данном разделе перечислены реки Индонезии, о реках Папуа — Новой Гвинеи на острове Новая Гвинея см. .

• (Вриндшапс) (414,2 км)
• (580,6 км)
• Дигул (853 км)
• (242 км)
• (Унир, Ундир, Нордривер) (380 км)
• Мамберамо (1112 км)
• (Мерауке) (207 км)
• Ок-Теди (207 км)
• Пулау (403 км)
• Сепик (1146 км)
• (188,86 км)
• (Кеером) (131,2 км)
• (488 км)
• (Иденбург, Балием) (808 км)
• (158 км)
• Флай (1060 км)

Сулавеси

• (169 км)
• (80 км)
• (136,25 км)
• (100 км)

Суматра

• (147 км)
• Ачех (145 км)
• (440 км)
• (137,5 км)
• Индрагири (500 км)
• (413,5 км)
• Муси (750 км)
• Рокан (350 км)
• Сиак (370 км)
• (136 км)
• Хари (Батанг-Хари) (800 км)

Сумба

• (80 км)
• (118 км)
• (18 км)

Сумбава

• (Бранг-Сумбава) (33,2 км)

Тимор

В данном разделе перечислены реки Индонезии, о реках Восточного Тимора на острове Тимор см. .

• (132 км)
• (100 км)

Флорес

• (87 км)

Ява

• (91,25 км)
• (320 км)
• (18,87 км)
• (109 км)
• (23,45 км)
• (14,5 км)
• (31,39 км)
• (208,5 км)
• (100 км)
• (180 км)
• (13 км)
• (65 км)
• (125,4 км)
• (13,5 км)
• Прого (138 км)
• (181 км)
• Соло (600 км)
• (39,59 км)
• Чиасем (60 км)
• (Чиканди)
• (55,5 км)
• (28 км)
• Чиливунг (119 км)
• (37,68 км)
• (137,6 км)
• Читарум (270 км)
• (109,18 км)