Происходил из семьи музыкантов и уже в детстве проявлял немалые музыкальные способности. В 1944 году он окончил Пражскую консерваторию по специальности «композитор и дирижёр» и некоторое время работал дирижёром Любительской филармонии в Сланах (1944—1945). После войны он начал работать композитором на студии короткометражных фильмов в
Злине
.
Известность композитору принесла музыка к фильму «
Тайна острова Бэк-Кап
»
Карела Земана
, снятому в 1958 году. Здесь автор использовал приемы, которые можно назвать первой изощренной «индустриальной» музыкой задолго до появления этой категории. Ряд важных чешских и словацких фильмов с его характерным музыкальным стилем в значительной степени способствовали их художественному размеру.
Музыка Лишки известна своими постоянными элементами, в том числе имитациями флейты и музыки игровых автоматов, часто инструментами хора, духовыми инструментами, усиленными гитарами или обширным набором перкуссионных инструментов и перкуссии или исполнением нескольких инструментов. Экспериментальный звуковой характер партитур Зденека Лишки близок постмодернистскому музыкальному авангарду того времени, например, музыке
Альфреда Шнитке
или психоделическим экспериментам
The Beatles
.