1 ноября 1525 года в
Севилье
она вышла замуж за своего двоюродного брата
Карла V
. Он выбрал супругу по политическому расчёту, поскольку у Изабеллы было огромное приданое в миллион дукатов, а его испанские подданные не потерпели бы королеву родом издалека, но всегда относился к ней с нежной любовью. Была регентом Испании в 1528—1533 и 1535—1538 годах во время отъездов мужа
.
Изабелла умерла 1 мая 1539 года после того, как её седьмая беременность закончилась рождением мёртвого ребёнка
.
Брак
Брак состоялся по договорённости её отца
Мануэля I
из Португалии, который рекомендовал своего племянника
Карла V.