Interested Article - Bioconductor

Bioconductor — это масштабный FLOSS -проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Включает набор инструментов для анализа и понимания геномных данных, аннотированные имена чипов, аннотации биологических последовательностей и т. д., а также сами экспериментальные данные.

Использует язык программирования R , благодаря чему поддерживает кросплатформенность ( Linux , большинство UNIX-подобных систем , Mac OS X , Windows ). Разрабатывается и распространяется свободно и открыто. Выпуск релизов происходит дважды в год. Обладает активным свободным сообществом разработчиков и учёных, что свойственно хорошим открытым проектам. Описания проекта и изменений в нём выпускаются в виде ежегодного отчёта .

На данный момент содержит более 2000 пакетов.

Цели проекта

Основными целями Bioconductor’а являются:

Обеспечение открытого доступа к широкому кругу мощных статистических и графических методов анализа геномных данных.
Облегчение включения биологических метаданных в анализ геномных данных, например, литературных данных с PubMed , аннотированных данных с .
Обеспечение общей программной платформы, которая позволяет быстро разрабатывать и развёртывать расширяемые, масштабируемые и совместимые программы.
Дальнейшее научное понимание при создании высококачественной документации для воспроизводимых исследований.
Обучение исследователей вычислительным и статистическим методам анализа геномных данных.

История проекта

Начало проекта было положено в 2001-м году в .

Значение проекта

Пакеты

Три основных группы пакетов — это собственно статистические и графические пакеты ( ), аннотационные пакеты ( ) и экспериментальные данные ( ).

В скобках указано количество пакетов в группе.

Software (936)

AssayDomain (299)

aCGH (12)
CellBasedAssays (38)
ChIPchip (7)
CopyNumberVariation (43)
CpGIsland (6)
DNAMethylation (38)
ExonArray (6)
GeneExpression (131)
GeneticVariability (23)
SNP (40)
Transcription (47)

BiologicalQuestion (261)

AlternativeSplicing (7)
Coverage (13)
DifferentialExpression (164)
DifferentialMethylation (8)
DifferentialPeakCalling (1)
DifferentialSplicing (6)
FunctionalPrediction (1)
GeneRegulation (21)
GeneSetEnrichment (41)
GeneTarget (1)
GenomeAnnotation (10)
GenomicVariation (6)
LinkageDisequilibrium (1)
MotifAnnotation (3)
MotifDiscovery (4)
NetworkEnrichment (13)
NetworkInference (17)
SequenceMatching (17)
SomaticMutation (4)
VariantDetection (1)

Infrastructure (186)

DataImport (82)
DataRepresentation (34)
GUI (19)
ThirdPartyClient (9)

ResearchField (193)

BiomedicalInformatics (2)
CellBiology (20)
Cheminformatics (3)
FunctionalGenomics (1)
Genetics (96)
Metabolomics (12)
Metagenomics (5)
Proteomics (65)
SystemsBiology (10)

StatisticalMethod (261)

Bayesian (15)
Classification (65)
Clustering (89)
DecisionTree (7)
DimensionReduction (2)
FeatureExtraction (2)
GraphAndNetwork (69)
HiddenMarkovModel (4)
NeuralNetwork (1)
PrincipalComponent (2)
Regression (7)
StructuralEquationModels (1)
SupportVectorMachine (1)
Survival (4)
TimeCourse (29)

Technology (591)

FlowCytometry (36)

MassSpectrometry (44)

Microarray (328)

ChipOnChip (1)
MethylationArray (7)
mRNAMicroarray (3)
MultiChannel (3)
OneChannel (68)
ProprietaryPlatforms (2)
TwoChannel (53)

MicrotitrePlateAssay (13)
qPCR (9)
SAGE (9)

Sequencing (212)

ChIPSeq (40)
DNASeq (6)
ExomeSeq (3)
MethylSeq (10)
Microbiome (3)
miRNA (4)
RIPSeq (1)
RNASeq (76)
TargetedResequencing (2)
WholeGenome (3)

WorkflowStep (477)

Alignment (8)
Annotation (67)
BatchEffect (5)
ExperimentalDesign (2)
MultipleComparison (76)
Normalization (15)

Pathways (69)

GO (33)

Preprocessing (128)
QualityControl (95)
ReportWriting (25)

Visualization (218)

Network (44)

AnnotationData (895)

ChipManufacturer (374)

AffymetrixChip (336)
AgilentChip (15)
IlluminaChip (19)
INDACChip (1)
QiagenChip (1)
RNG_MRCChip (2)

ChipName (195)

adme16cod (1)
ag (3)
ath1121501 (3)
celegans (3)
drosgenome1 (3)
drosophila2 (3)
h10kcod (1)
h20kcod (1)
hcg110 (3)
hgfocus (3)
hgu133a (4)
hgu133a2 (4)
hgu133b (3)
hgu133plus2 (4)
hgu95a (3)
hgu95av2 (4)
hgu95b (3)
hgu95c (3)
hgu95d (3)
hgu95e (3)
hguatlas13k (1)
hgug4100a (1)
hgug4101a (1)
hgug4110b (1)
hgug4111a (1)
hgug4112a (1)
hguqiagenv3 (1)
hi16cod (1)
hs25kresogen (1)
hu35ksuba (3)
hu35ksubb (3)
hu35ksubc (3)
hu35ksubd (3)
hu6800 (3)
HuO22 (1)
hwgcod (1)
illuminaHumanv1 (1)
illuminaHumanv2 (1)
illuminaMousev1 (1)
illuminaMousev1p1 (1)
illuminaRatv1 (1)
indac (1)
m10kcod (1)
m20kcod (1)
mgu74a (3)
mgu74av2 (3)
mgu74b (3)
mgu74bv2 (3)
mgu74c (3)
mgu74cv2 (3)
mguatlas5k (1)
mgug4121a (1)
mgug4122a (1)
mi16cod (1)
mm24kresogen (1)
moe430a (3)
moe430b (3)
mouse4302 (4)
mouse430a2 (4)
mpedbarray (1)
mu11ksuba (3)
mu11ksubb (3)
Mu15v1 (1)
mu19ksuba (2)
mu19ksubb (2)
mu19ksubc (2)
Mu22v3 (1)
mwgcod (1)
Norway981 (1)
OperonHumanV3 (1)
PartheenMetaData (1)
pedbarrayv10 (1)
pedbarrayv9 (1)
r10kcod (1)
rae230a (3)
rae230b (3)
rat2302 (3)
rgu34a (3)
rgu34b (3)
rgu34c (3)
rgug4130a (1)
ri16cod (1)
rnu34 (3)
Roberts2005Annotation (1)
rtu34 (3)
rwgcod (1)
SHDZ (1)
u133x3p (3)
xenopuslaevis (2)
yeast2 (3)
ygs98 (4)
zebrafish (3)

CustomArray (2)

CustomCDF (16)

GACustomCDF (16)

CustomDBSchema (11)

GeneCardsCustomSchema (8)

FunctionalAnnotation (13)

Organism (532)

Anopheles_gambiae (4)
Apis_mellifera (3)
Arabidopsis_thaliana (12)
Bacillus_subtilis (2)
Bos_taurus (11)
Caenorhabditis_elegans (10)
Canis_familiaris (12)
Danio_rerio (12)
Drosophila_melanogaster (15)
Escherichia_coli (12)
Gallus_gallus (9)
Gasterosteus_aculeatus (2)
Homo_sapiens (201)
Hordeum_vulgare (2)
Macaca_mulatta (7)
Mus_musculus (103)
Oryza_sativa (1)
Pan_troglodytes (6)
Plasmodium_falciparum (4)
Pseudomonas_aeruginosa (2)
Rattus_norvegicus (65)
Saccharomyces_cerevisiae (18)
Saccharum_officinarum (2)
Staphylococcus_aureus (2)
Sus_scrofa (7)
Taeniopygia_guttata (2)
Vitis_vinifera (2)
Xenopus_laevis (3)
Xenopus_tropicalis (1)
Zea_mays (2)

PackageType (524)

BSgenome (69)
cdf (126)
ChipDb (155)
db0 (19)
InparanoidDb (8)
MeSHDb (3)
OrganismDb (3)
OrgDb (19)
probe (104)
SNPlocs (1)
TxDb (17)

SequenceAnnotation (3)

miRNA (3)

ExperimentData (223)

Cancer (35)

Breast (2)
Colon (2)
Kidney (1)
Leukemia (6)
Lung (1)
Ovarian (1)

ChIPchipData (1)
ChIPseqData (4)
EColiData (1)
ExpressionData (4)
HapMap (7)
HighThroughputSequencingData (9)
HIV (1)
MassSpectrometryData (7)
NormalTissue (3)
RNAExpressionData (16)
RNAseqData (19)
StemCells (1)
Yeast (10)

Релизы

Релизы выходят два раза в год — весной и осенью. Каждый новый релиз в качестве зависимости требует последнюю версию дистрибутива R .

Версия	Дата релиза	Количество пакетов (в разделе «Software»)	Зависимость
1.0	1 мая 2001	15	R 1.5
1.1	19 ноя 2002	20	R 1.6
1.2	29 мая 2003	30	R 1.7
1.3	30 окт 2003	49	R 1.8
1.4	17 мая 2004	81	R 1.9
1.5	25 окт 2004	100	R 2.0
1.6	18 мая 2005	123	R 2.1
1.7	14 окт 2005	141	R 2.2
1.8	27 апр 2006	172	R 2.3
1.9	4 окт 2006	188	R 2.4
2.0	26 апр 2007	214	R 2.5
2.1	8 окт 2007	233	R 2.6
2.2	1 мая 2008	260	R 2.7
2.3	22 окт 2008	294	R 2.8
2.4	21 апр 2009	320	R 2.9
2.5	28 окт 2009	352	R 2.10
2.6	23 апр 2010	389	R 2.11
2.7	18 окт 2010	418	R 2.12
2.8	14 апр 2011	466	R 2.13
2.9	1 ноя 2011	517	R 2.14
2.10	2 ноя 2012	554	R 2.15
2.11	3 окт 2012	610	R 2.15
2.12	4 апр 2013	671	R 3.0
2.13	15 окт 2013	749	R 3.0
2.14	14 апр 2014	824	R 3.1
3.0	14 окт 2014	934	R 3.1

Примеры использования

См. также

R
Биоинформатика
Вычислительная биология
Вычислительные методы
Свободное и открытое программное обеспечение
ДНК-микрочип
— американская компания, производящая ДНК-микрочипы

Примечания

. Дата обращения: 7 февраля 2015. 7 февраля 2015 года.
R. Gentleman. [ 2002 Annual Report for the Bioconductor. Project, DFCI]. — May 29, 2008. 23 сентября 2015 года.