Interested Article - Тепловая карта

Теплокарта, полученная на основе микрочиповых данных, отражающих уровни экспрессии генов в некоторых условиях

Тепловая карта ( англ. heatmap ) — графическое представление данных, где индивидуальные значения в таблице отображаются при помощи цвета . Термин «heatmap» изначально был придуман и официально зарегистрирован как товарный знак разработчиком программного обеспечения в 1991 году. Он использовал этот термин, чтобы описать 2D -дисплей, изображающий в режиме реального времени информацию финансового рынка .

Подобные системы иерархичной кодировки цветов используются в изображениях фракталов и других системах представления данных. Термином «теплокарта» также иногда называют картограммы .

История создания

Окрашенная матрица из статистического атласа населения Парижа Т. Луа. Цвета от белого через жёлтый и голубой к красному показывают плотность населения с различными характеристиками в районах Парижа

Основе тепловой карты — идее окрашивания таблицы с данными — больше ста лет. Пример можно найти в статистическом атласе населения Парижа Туссена Луа, изданном в 1873 году, где интенсивностью цвета показаны частоты встречаемости характеристик (национальность, профессия, возраст и т. п.) в 20 районах Парижа .

Чтобы сделать структуру данных более явной, исследователи переставляли различным образом столбцы и строки окрашенных матриц. Снит в 1957 продемонстрировал результаты кластерного анализа , размещая колонки с похожими значениями рядом друг с другом. Жак Бертэн использовал аналогичное представление для отображения данных, которые соответствовали шкале Гуттмана . Идея соединения иерархической кластеризации в виде деревьев со строкам и столбцам таблицы возникла у Роберта Линга в 1973 году. Линг, используя надпечатки символов принтера, изображал различные оттенки серого, один символ шириной в один пиксель. Леланд Уилкинсон в 1994 году разработал первую программу (SYSTAT) для изображения кластерных тепловых карт с цветной графикой высокого разрешения .

Поиски оптимального способа перестановки содержимого матриц продолжаются и сейчас, например, SVD-разложение дает очень хорошие результаты .

Виды тепловых карт и применение

Веб-тепловые карты используются как инструменты для веб-аналитики . Они показывают наиболее посещаемые области веб-страницы .

Биологические тепловые карты обычно используются в молекулярной биологии и медицине для представления данных по экспрессии множества генов в различных образцах, полученных, например, от разных пациентов или в разных условиях от одного пациента. Обычно биологическая тепловая карта организована в виде таблицы, в которой цвет квадрата показывает уровень экспрессии, а столбцы и строки различные гены или образцы, иерархическая организация которых может быть изображена в виде дерева на полях таблицы . Также теплокарты применяются для визуализации данных о трехмерной организации хроматина, полученных методами фиксации конформации хромосом .

— это мозаичная теплокарта для представления данных, имеющих две или более переменных.

Использование цветов

Существует множество различных цветовых схем со своими недостатками и преимуществами, которые используются в теплокартах. Часто используются теплокарты с большим количеством цветов (радужные), так как люди способны различать большее число разнообразных оттенков цвета, нежели различать серый разной интенсивности. Это позволяет разбирать и замечать больше деталей изображения. Тем не менее, не рекомендуется использовать большое разнообразие цветов по следующим причинам :

  • Широко распространенные цветовые схемы (например, jet, которая используется по умолчанию во многих программах для визуализации данных) слишком яркие для того, чтобы корректно отобразить их в черно-белом спектре или печати. Также на таких цветовых схемах желтые и голубые области более заметны, что отвлекает наблюдателя от главного.
  • Маленькая разница между цветами заставляет нас видеть градиенты, которых на самом деле нет, что делает реальные градиенты менее заметными. Тем самым радужные цветовые схемы скрывают детали, а не делают их более явными.

Вне зависимости от выбора цветовой схемы, следует прилагать цветовую легенду, объясняющую значение цветов, либо описывать их в сопутствующем тексте.

Используются различные цветовые схемы, последовательные и расходящиеся .

Программное обеспечение

Теплокарта, построенная программой Gnuplot

Ниже перечислены примеры ПО , используемого для построения теплокарт.

  • — рабочая среда, предназначенная для графического исследования наборов числовых данных. Предлагает набор методов для оптимальной реорганизации строк и столбцов таблиц .
  • NeoVision Hypersystems — программа фирмы, основанной Кормаком Кинни, и финансируемой Intel и Deutsche Bank . Тепловые карты описывают в режиме реального времени финансовые данные и расчеты, производимые более чем 50000 пользователями .
  • R — бесплатное программное обеспечение для статистических вычислений и построения графиков, содержит несколько функций для построения тепловых карт (heatmap) .
  • Мatplotlib , , и другие библиотеки языка Python содержат инструменты для построения теплокарт .
  • Gnuplot свободное кроссплатформенное ПО, с помощью которого можно строить как 2D, так и 3D тепловые карты .
  • Приложение для работы с электронными таблицами Google Docs включает в себя инструмент «Тепловая карта», но он разработан только для данных по странам .
  • Цветовая схема Дэйва Грина cubehelix, предназначенная для перевода в черно-белое изображение без потери информативности .
  • — биоинформатическая программа для анализа данных экспрессии генов, включает в себя построение теплокарт .
  • Программа ESPN Gamecast для футбольных игр использует теплокарты, чтобы показать области поля, где находились игроки во время игры .
  • Визуализатор таблиц GENE-E включает в том числе инструмент для изображения теплокарт .
  • — веб-сервис для визуализации матриц и анализа табличных данных .
  • Microsoft Excel можно использовать для получения теплокарт, применяя диаграмму поверхности . Но по умолчанию диапазон цветов не подходит для теплокарты, цвета могут быть отредактированы для создания удобных и интуитивно понятных тепловых карт.
  • Sightsmap (или теплокарта «туристичности») строит теплокарту популярности достопримечательностей . Для этого берутся фотографии с сайта Panoramio, который приписывает каждой фотографии её географические координаты, и рисуется теплокарта на Google Maps по количеству фотографий в определённой географической точке. Например, жёлтые зоны — много снимков (и туристов соответственно), серые зоны — нет снимков.
  • MeV (Multiple Experiment Viewer)
  • UDAV (Universal Data Array Visualizator) использующий библиотеку MathGL .

Примеры теплокарт

Альтернативы

Для отображения трехмерных данных в двумерном пространстве в качестве третьей переменной можно использовать не только цвет, но и другие графические средства.

Пузырьковая диаграмма

В качестве третьего измерения используется площадь или размер круга .

Гистограмма

В гистограмме значения переменных представлены в виде высоты столбцов. Дополнительные измерения можно получить, добавив новые группы данных .

Примечания

  1. Leland Wilkinson and Michael Friendly. (англ.) // The American Statistician. — 2009. — May. 1 апреля 2017 года.
  2. . Дата обращения: 22 мая 2014. 4 апреля 2013 года.
  3. Юлия Крючкова. . Интерфейсы . habrahabr.ru (25 июня 2011). Дата обращения: 11 апреля 2017. 11 апреля 2017 года.
  4. Sharon Hurley Hall. . Crazyegg (2016). Дата обращения: 7 апреля 2018. 8 апреля 2018 года.
  5. Nayoung Kim, Herin Park, Ningning He, Hyeon Young Lee, and Sukjoon Yoon. . . Genomics Inform (31 декабря 2012).
  6. Nynke L. van Berkum, Erez Lieberman-Aiden, Louise Williams, Maxim Imakaev, Andreas Gnirke. // Journal of Visualized Experiments : JoVE. — 2010-05-06. — Вып. 39 . — ISSN . — doi : . 6 апреля 2018 года.
  7. Borland, D., & Taylor, M. R. (2007). Rainbow Color Map (Still) Considered Harmful. IEEE Computer Graphics and Applications, 27(2), 14-17. IEEE Computer Society. Retrieved from от 20 июня 2017 на Wayback Machine
  8. от 9 января 2014 на Wayback Machine — Bernice E. Rogowitz and Lloyd A. Treinish — IBM Thomas J. Watson Research Center, Yorktown Heights, NY
  9. Mark Harrower1and Cynthia A. Brewer — 10 мая 2013 года. , The Cartographic Journal Vol. 40 No. 1 pp. 27-37 June 2003
  10. Green, D. A., 2011, `A colour scheme for the display of astronomical intensity images', от 4 марта 2016 на Wayback Machine . от 14 апреля 2021 на Wayback Machine
  11. . Дата обращения: 21 апреля 2018. 13 апреля 2018 года.
  12. Caraux, Gilles; Pinloche S. (2005). . Bioinformatics. 7 21: 1280—1281.
  13. Sansoni, Silvia (1999-05-17). от 11 февраля 2017 на Wayback Machine
  14. . seaborn.pydata.org. Дата обращения: 6 апреля 2018. 26 марта 2018 года.
  15. . matplotlib.org. Дата обращения: 6 апреля 2018. 7 апреля 2018 года.
  16. . plot.ly. Дата обращения: 6 апреля 2018. 7 апреля 2018 года.
  17. (англ.) . support.google.com. Дата обращения: 7 апреля 2018. 4 июля 2019 года.
  18. (англ.) . www.qlucore.com. Дата обращения: 7 апреля 2018. 8 апреля 2018 года.
  19. . ESPN.com . из оригинала 8 апреля 2018 . Дата обращения: 7 апреля 2018 .
  20. (англ.) . software.broadinstitute.org. Дата обращения: 7 апреля 2018. 3 января 2019 года.
  21. Bobin Mi, Guohui Liu, Wu Zhou, Huijuan Lv, Yi Liu. // Molecular Medicine Reports. — March 2018. — Т. 17 , вып. 3 . — С. 4467—4473 . — ISSN . — doi : . 8 апреля 2018 года.
  22. . Excel University (англ.) . 2014-10-29. из оригинала 26 октября 2017 . Дата обращения: 7 апреля 2018 .
  23. . Sightsmap. Дата обращения: 7 апреля 2018. 6 апреля 2018 года.
  24. . Дата обращения: 19 января 2021. 11 июня 2018 года.
  25. от 6 февраля 2023 на Wayback Machine Квартиры-домики.рф
  26. Ben Starr. . visage.co . visage.co (5 февраля 2015). Дата обращения: 26 апреля 2017. 25 ноября 2018 года.
  27. Сергей Кокорин. . habrahabr.ru, визуализация данных . habrahabr.ru (22 сентября 2015). Дата обращения: 26 апреля 2017. 27 апреля 2017 года.

См. также

Источник —

Same as Тепловая карта