Interested Article - Protein Data Bank

Protein Data Bank, PDB — банк данных трёхмерных структур белков и нуклеиновых кислот . Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии , и, всё чаще, методом криоэлектронной микроскопии вносится в базу данных биологами и биохимиками со всего мира, и доступна бесплатно через интернет сайты организаций-членов (PDBe , PDBj , RCSB ).

PDB является одним из важнейших ресурсов для учёных, работающих в области структурной биологии . Большинство научных журналов и некоторые фонды финансирования исследований, например, NIH в США требуют от авторов статей и получателей грантов, чтобы все структурные данные были размещены в PDB. Protein Data Bank содержит в основном первичные данные о структуре биологических молекул, в то время как существуют сотни других банков данных, категоризирующих первичные данные или выявляющие закономерности между строением молекул и эволюционным родством.

История

Protein Data Bank был создан обычными учёными . В 1971 году Уолтер Хэмилтон ( англ. Walter Hamilton ) в Национальной лаборатории Брукхавена создал банк данных для Брукхавена. После смерти Хэмилтона в 1973 году PDB управлял Том Кэцтл ( англ. Tom Koeztle ). В январе 1994 года главой Protein Data Bank стал Джол Суссман ( англ. Joel Sussman ).

В октябре 1998 года Protein Data Bank был перенесён в ; перенос информации был закончен в июне 1999 года. Новым директором стала Хелен Берман ( англ. Helen M. Berman ) из Университета Рутгерса. В 2003 году, после образования англ. Worldwide Protein Data Bank ), Protein Data Bank стал международной организацией. Помимо RCSB, основателями wwPDB являются , и .

База данных

База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно (в 0:00 часов по всемирному координированному времени , UTC, по средам). По состоянию на 14 марта 2017 года база данных содержит :

Метод исследования	Белки	Нуклеиновые кислоты	Комплексы белков и нуклеиновых кислот	Другое	Всего
Дифракция рентгеновских лучей	106595	1820	5471	4	113890
ЯМР	10296	1190	241	8	11735
Электронная микроскопия	1021	30	367	0	1418
Смешанный	99	3	2	1	105
Другое	181	4	6	13	204
Всего:	118192	3047	6087	26	127352

103 514 структуры в PDB содержат файл со структурным фактором

9057 структуры имеют файл ЯМР с геометрическими ограничениями

2826 структур имеют файл ЯМР, содержащий экспериментально определённые химические сдвиги

1403 структур имеют файл с 3DEM -картой

Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.

Некоторое время в PDB росло экспоненциально, но с 2007 года прирост несколько пригас.

Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор (комбинация цифр и букв латинского алфавита). Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.

Программное обеспечение

Структуры могут быть просмотрены при помощи нескольких компьютерных программ (как бесплатных и распространяющихся по лицензии open source , так и платных, распространяющихся не с открытым кодом) и плагинов к веб-браузерам .

Программа QuteMol позволяет открывать и просматривать файлы с расширением *.pdb и *.vdb
Molecule позволяет отобразить молекулы из базы данных pdb, как скринсейвер .

Примечания

. Дата обращения: 2 июня 2019. 18 сентября 2019 года.
. Дата обращения: 25 декабря 2009. 18 сентября 2020 года.
. Дата обращения: 25 декабря 2009. 3 марта 2016 года.
↑ Berman, H. M. (англ.) // (англ.) ( : journal. — International Union of Crystallography , 2008. — January ( vol. A64 , no. 1 ). — P. 88—95 . — doi : . 5 февраля 2009 года.
Berman, H. M.; et al. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2000. — January ( vol. 28 , no. 1 ). — P. 235—242 . — doi : . — . — PMC . 13 мая 2008 года.
. RCSB Protein Data Bank. 13 апреля 2012 года.
. Дата обращения: 25 декабря 2009. Архивировано из 4 июля 2007 года.