1-я часть: В то время как Шреддер и его Клан Фут продолжают безуспешно охотиться на Черепах, Сплинтер попадает в ловушку в Царстве Снов во время медитации. Китайский мастер шиноби Чанг I предупреждает его, что Лорд Дракон сделал Царство Снов нестабильным и пытается использовать это нарушение как способ войти в реальный мир. Чанг И отправляет свою призовую ученицу Май Пай Чи из Китая в Нью-Йорк, чтобы помочь теперь пойманному в ловушку Сплинтеру. При снятии капюшона выясняется, что она тоже черепаха-мутант.

2-я часть: Однажды встретившись с черепахами в их логове в Нью-Йорке, ученица Чан И объясняет, что она тоже мутировала вместе с черепахами в канализации Нью-Йорка, и что она сама была смыта вниз по течению и была найдена Чангом I в Чайнатауне. . После нападения клана Фут, Микеланджело называет ее «Венера Милосская», имея в виду голову статуи, которую она несла после нападения. Как группа, они проникают в штаб-квартиру клана Фут, и Венера использует свою магию Шиноби, чтобы уничтожить злую личность Шреддера и положить конец клану Фут.

3-я часть: Венера успешно учит Черепах войти в Царство Снов, и они могут освободить Сплинтера, после чего он пробуждается от своего медитативного состояния. К сожалению, Лорд Дракон и его приспешники (так называемые «Ранг») также следуют через портал в реальный мир, и Лорд Дракон клянется убить и съесть Черепах, чтобы поглотить их силы мутантов для себя.

4-я часть: Лорд Дракон отправляет своего миньона, Фитиля и нескольких ранговых драконов в мир, чтобы собрать ингредиенты для сыворотки непобедимости. Они не могут найти достаточно ингредиентов для более чем нескольких доз, поэтому они пытаются собрать требуемые экзотические кости в зоопарке Бронкса. Черепахи перехватывают их и работают вместе, чтобы сорвать их план.

1-я часть: Показано, как двое детей в Китае по имени Чи Чу и Бинг открывают загадочный гроб. Антропоморфный скелет поднимается из гроба, в это время Чи Чу выливает на скелет магический эликсир, чтобы придать ему форму человеческой женщины. Выясняется, что дети - ее партнеры (а на самом деле им 1200 лет), и что она 2000-летний вампир по имени «Вам-Ми». Она потерпела поражение 17 лет назад от бывшего хозяина Венеры Чан И, когда он удалил ее сердце и хранил его в деревянном ящике, в то время как она была заперта в гробу. Она говорит, что ей нужно найти свое сердце и вернуть его на место в течение четырех дней, иначе она потеряет свою человеческую иллюзию и умрет раз и навсегда. Когда Бинг сообщает ей, что Венера (вместе с древней коробкой с ее сердцем) теперь в Америке, они отправляются в Нью-Йорк с миссией вернуть ее пропавшее сердце с Венеры. Пока Бонстел пытается устроить засаду на черепах, появляются Вам-Ми и компания и атакуют Венеру. Черепахи убегают, и Венера обнаруживает, что таинственная сушеная трава в ее старинном деревянном ящике теперь превратилась в бьющееся сердце.

2-я часть: Поскольку Бонстел все еще безуспешно охотится на черепах, Вам-Ми продолжает попытки найти ее сердце. Из-за ее непосредственной близости сердце начинает двигаться само, пытаясь вернуться к ней. Венера настаивает на том, чтобы они держали его подальше от нее, однако другие Черепахи считают, что им лучше отдать сердце Вам-Ми в обмен на то, что она оставит Черепах в покое. Пока Венера спит, Рафаэль тайно выпускает сердце на улицу посреди ночи. Однако, столкнувшись с Вам-Ми и услышав ее признание, что они хотят убить Венеру, Черепахи передумали и вместо этого сражаются с Вам-Ми. Вампиры вынуждены бежать, когда восходит солнце, и Рафаэль тайно возвращает сердце Венере, пока она еще спит, чтобы она не знала, что они забрали сердце и почти вернули его Вам-Ми.

3-я часть: После спора о том, чьей проблемой является Вам-Ми, Венера оставляет Черепах, чтобы самостоятельно изучить груду древних свитков Шиноби, пытаясь выучить магическое заклинание Шиноби для уничтожения вампиров. Вам-Ми выслеживает ее и атакует, однако появляется Леонардо и спасает положение. Бонстел, которая также в настоящее время преследует Венеру, получает сердце Вам-Ми во время ее противостояния с Вам-Ми. Вернувшись в логово Черепах и признав, что она потеряла сердце во время драки, Леонардо убеждает Черепашек, что, если они найдут Костяную сталь, они найдут сердце. И Черепахи, и Вам-Ми в конечном итоге выслеживают Костяную Сталь одновременно, и после битвы между тремя сторонами Костная Сталь захватывает Вам-Ми и компанию в клетке, в то время как Черепахи в конечном итоге возвращают сердце в свои руки. Они запирают сердце в сейфе, не зная, что с ним делать теперь, когда оно у них вернулось.