Иоганн был вторым ребёнком в семье графа Нассау-Дилленбургского
Иоганна VI
и его первой жены . Его старшим братом был
Вильгельм Людвиг Нассау-Дилленбургский
. После Иоганна в семье появилось ещё десять детей. Мать умерла при родах в 1579 году. Из-за последующих браков отца у Иоганна было ещё девять братьев и сестёр. В 1607 году он унаследовал от отца графство Нассау-Зиген.
Семья
В первый брак Иоганн вступил в 20-летнем возрасте с 23-летней
Магдаленой Вальдекской
. Свадьба состоялась в Дилленбургском замке 9 декабря 1581 года. Супруги провели вместе семнадцать лет и имели двенадцать детей:
(1582—1617) — граф Нассау-Зигенский, венецианский генерал.
Иоганн VIII
(1583—1638) — граф Нассау-Зигенский, был женат на Эрнестине Иоланде де Линь, имел сына и двух дочерей.
Елизавета (1584—1661) — замужем за графом Кристианом Вальдек-Виндунгенским, имела многочисленных потомков.
Адольф (1586—1608) — граф Нассау-Зигенский, умер в 22 года.
A.W.E. Dek: Graf Johann der Mittlere von Nassau-Siegen und seine 25 Kinder. Rijkswijk 1962.
Pierre Even: Dynastie Luxemburg-Nassau. Von den Grafen zu Nassau zu den Großherzögen von Luxemburg. Eine neunhundertjährige Herrschergeschichte in einhundert Biographien. Luxemburg 2000. S. 120—122.