В Кыргызстане представлены все основные виды транспорта: воздушный , железнодорожный , автомобильный , трубопроводный . Имеется судоходство по озеру Иссык-Куль .

Железнодорожный транспорт

Протяжённость железных дорог Кыргызстана на 2006 год составляла 470 км, в 2012 году осталось лишь 424 км . На железнодорожный транспорт приходится около 3 % грузооборота. Степень изношенности подвижного состава на начало 2000-х годов высока, насчитывается 2500 грузовых вагонов, 450 пассажирских и 50 локомотивов. Перевозки осуществляет государственная компания « ».

Сеть железных дорог страны состоит из разрозненных тупиковых линий. Отдельные линии связывают север страны с железными дорогами Казахстана и южные регионы страны с железнодорожной сетью Узбекистана . Другие железнодорожные линии проходят по юго-западным районам Кыргызстана, соединяя крупные промышленные и населенные пункты страны с Ферганским регионом .

С 1996 года обсуждается план возможного строительства железной дороги Китай — Кыргызстан — Узбекистан («CKU») .

Автомобильный транспорт

Автомобильный транспорт в Кыргызстане играет основную роль, на него приходится 99,8 % пассажирооборота и 95 % грузооборота. На начало 2000-х годов общая протяжённость автомобильных дорог составляла 40 тысяч километров, из них 17 тысяч км имели твёрдое покрытие.

Ош и Бишкек ( Ферганскую и Чуйскую долины) соединяет автодорога протяжённостью 570 км, идущая через Тянь-Шань . За проезд по этой автодороге была установлена плата (действовала в 2011 году). На дороге расположены перевал (киргиз.) ( (3586 м, под седловиной перевала на высоте 3200 метров построен тоннель протяжённостью 2,5 км), перевал Отмёк (3330 м), перевал Ала-Бель (3391 м).

Воздушный транспорт

В стране существуют 11 аэропортов , все они находятся в структуре ОАО "Международный Аэропорт «Манас.» Сеть аэропортов находятся под контролем государства, владеющего около 77,5 % доли акционерного общества. Международный аэропорт Манас , столичный аэропорт является крупнейшим в стране. Международный аэропорт Ош является вторым по величине аэропортом и расположен в густонаселенном регионе Центральной Азии, в Ферганской долине. Международны аэропорт Иссык-Куль третий по значимости, однако регулярные полеты выполняются в летний период, на протяжении 2-3 месяцев. Аэропорт расположен в курортной зоне вблизи горного озера Иссык-Куль. Остальные аэропорты местного значения, которые обслуживают внутренние воздушные перевозки.

В стране зарегистрировано около 13 авиакомпаний, среди которых 6 пассажирские, остальные грузовые и предназначенные для выполнения авиационных работ. Регулярные пассажирские перевозки выполняют 3 национальные (Avia Traffic Company, Air Manas, и Tez Jet) и 13 иностранные авиакомпании (Aeroflot, Turkish Airlines, Ural, S7, Air Asians, China Southern, Uzbekistan Airways, и другие). Авиакомпании связывают страну с 30 городами в 11 стран мира (данные на 2019 год). Основные направления — Российская Федерация, Турция, ОАЭ, страны СНГ, и Китай. Кыргызстан не имеет прямого авиасообщения с городами Европы, в связи с тем, что EASA, признав Кыргызские авиакомпании неспособными обеспечивать безопасность полетов и Кыргызстанские авиационные власти неспособными обеспечивать надлежащий надзор, внесла все Кыргызстанские авиакомпании в так называемый «черный список» (safety list).

В январе 2019 года, Президент Кыргызстана подписал Закон Кыргызской Республики о внесении изменений и дополнений в Воздушный кодекс страны. Данным законом, допускается предоставление прав «5-й степени свободы воздуха» (право совершать пассажирские и грузовые транзитные полеты через страну, и следовать в третьи страны из территории Кыргызстана) иностранным авиакомпаниям, в одностороннем порядке.

Трубопроводный транспорт

На территории страны имеются магистральные газопроводы (узб.) ( и Майлуу-Суу — Джалал-Абад — Кара-Суу — Ош. На долю трубопроводного транспорта приходится 1,5 % грузооборота.

Примечания