Ватикан расположен в центральной части Апеннинского полуострова и со всех сторон окружён территорией Рима . Город расположен в западной части Рима на правом берегу реки Тибр в 20 км от побережья Тирренского моря . Климат мягкий средиземноморский (мягкая дождливая зима и жаркое сухое лето).

Средняя температура воздуха зимой составляет не менее +5° С. Средняя температура воздуха летом держится на уровне около +25° С. Наибольшее количество осадков выпадает в течение осенних месяцев. Ватикан выхода к морю не имеет. Ландшафт холмистый, с перепадом высот от 19 до 75 м. Полезных ископаемых нет.

Большая часть территории представляет собой городскую застройку. Имеются зелёные насаждения.