Interested Article - Фармакофор

Фармакофо́р (от др.-греч. φάρμακον «лекарство» и φορός «несущий») — это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных с определённой , которые могут вызывать (или блокировать) её биологический ответ . Модель фармакофора позволяет объяснить, за счёт чего структурно разнородные лиганды взаимодействуют с одними и теми же сайтами рецепторов.

Под фармакофорными признаками (элементами) обычно понимаются фармакофорные центры и их взаимное расположение в пространстве, необходимые для проявления данного типа биологической активности. Типичными фармакофорными центрами при этом являются гидрофобные области, ароматические циклы , доноры и акцепторы водородной связи , анионные и катионные центры. Для более детального описания фармакофора часто используют гидрофобные и исключённые объёмы, а также допустимые интервалы пространственной ориентации векторов водородных связей и плоскостей ароматических колец.

История концепции фармакофора

Первый фармакофор был построен в 1967 году , а сам термин был им предложен в 1971 . Часто этот термин ошибочно приписывают Паулю Эрлиху , однако ни в обычно предлагаемом источнике , ни в других его работах данная концепция не упоминается и не используется .

Использование

Фармакофорный поиск широко используется при виртуальном скрининге библиотек химических соединений, особенно в ситуациях, когда строение биологической мишени неизвестно или сама мишень не определена. При фармакофорном поиске проводится поиск соответствия между описанием фармакофора и характеристиками молекул из базы данных, находящихся в допустимых конформациях .

Программное обеспечение для моделирования фармакофоров

(недоступная ссылка с 13-05-2013 [3871 день] — ) — от
( ) — от
— от
(недоступная ссылка с 13-05-2013 [3871 день] — ) — от
ICM Pro ( )
DISCOtech ( )
PharmaGist ( )

Источники

Wermuth, C. G. : ( IUPAC Recommendations 1998) : [ англ. ] : [ 16 июня 2011 ] / C. G. Wermuth, C. R. Ganellin, P. Lindberg … [ et al. ] // Pure and Applied Chemistry . — 1998. — Vol. 70, no. 5. — P. 1129—1143. — doi : .
Kier, L. B. : [ англ. ] // . — 1967. — Vol. 3, no. 5. — P. 487—494. — ISSN . — PMID .
Kier, L. B. Molecular orbital theory in drug research : [ англ. ] . — New York : Academic Press, 1971. — P. 164—169. — 258 p. — ISBN 0124065503 .
↑ Van Drie, J. H. : [ англ. ] : [ 16 мая 2011 ] // . — 2007. — Vol. 6, no. 9. — P. 271—279. — ISSN .
Ehrlich, P. : [ нем. ] : [ 20 мая 2014 ] // . — 1909. — Bd. 42, H. 1. — S. 17—47. — doi : .

Литература

Osman F. Güner (2000) Pharmacophore Perception, Development, and use in Drug Design ISBN 0-9636817-6-1
Thierry Langer and Rémy D. Hoffmann (2006) Pharmacophores and Pharmacophore Searches ISBN 3-527-31250-1 (недоступная ссылка с 13-05-2013 [3871 день] — )