В 1922 году Патриарх Константинопольский
Мелетий (Метаксакис)
подчинил своему престолу греческую диаспору в Америке и издал
Томос
об основании архиепископии для Северной и Южной Америки с центром в Нью-Йорке, включавшую в себя три епископии, в том числе Сан-Францисскую.
В 1930 году самостоятельная Сан-Францисская епархия была упразднена, вместо неё действовало викариатство. Управлявшие им епископы до 1950 года носили титул «Сан-Францисских», в течение следующих тридцати лет, до 1979 года, именовались названиями титулярных древних кафедр, как это нередко практикуется в Константинопольском Патриархате.
7 июня 1979 года, во время переустроения Американской греческой архиепископии, Сан-Францисская епархия снова сделалась самостоятельной и епископ
Антоний (Герйаннакис)
был настолован с титулом Сан-Францисского.
В сентябре 2002 года Сан-Францисская епархия была возведена в ранг
митрополии
.