Стражи — гигантские роботы, запрограммированные на отлов всех мутантов, нападают на юную Джубилейшен Ли (Джубили), от рук которой портятся все электроприборы. Спасаясь от роботов бегством, девочка попадает в торговый центр, где её защищают от Стражей четверо мутантов, случайно оказавшихся рядом — Скотт Саммерс (Циклоп), Ороро Монро (Шторм), Анна Мария (Шельма) и Реми Лебо (Гамбит).

Они привозят Джубили в школу-особняк для мутантов профессора Чарльза Ксавьера , но Логан (Росомаха) — один из членов команды « Людей-Икс » — не спешит доверять девочке. Вскоре, Джубили решает вернуться домой, чтобы проведать родителей, и около дома её захватывают двое Стражей. Тем временем, Люди-Икс узнают о базе данных, находящейся в Центре Регистрации Мутантов и представляющей угрозу для любого из них; команда решает её уничтожить и отправляется в Центр...

Добравшись в Центр, Люди Икс успешно уничтожают базу данных, но при возвращении их атакуют внезапно появившиеся Стражи. Они выводят из строя Зверя и Морфа и, несмотря на призывы Росомахи вернуться за товарищами, Циклоп как предводитель команды решает оставить тех; Зверь попадает в тюрьму, а Морфа ошибочно считают погибшим. Рассерженный Росомаха уезжает, но Циклопу удается убедить того заняться поиском базы, на которой производят Стражников и где содержится Джубили. Команде удается уничтожить нескольких роботов и освободить Джубили, которая после этого становится полноправным членом Людей Икс.

К Зверю, все ещё находящемуся в тюрьме и ожидающему суда, врывается некто Магнито — мутант, способный управлять металлом. Он предлагает Зверю совершить побег, но Хэнк отвергает предложение, веря в справедливость суда; рассерженный Магнито покидает Зверя. Тем не менее, освобождать мутанта под залог судья не собирается, и сразу же после отказа в зал суда врывается огромный свирепый мутант Саблезубый, который выходит из стычки с охраной с серьёзными травмами. Циклоп доставляет Саблезубого в школу мутантов, где все искренне пытаются помочь пострадавшему, за исключением Росомахи — он знает, что Саблезуб жесток и хитер, и Ксавье никогда не сможет его перевоспитать.
В это время Магнито нападает на военную базу, где активирует ракеты и наводит их на город. Циклоп, Росомаха и Гроза пытаются остановить запуск, но у них не получается и ракеты взлетают. Грозе удается спасти людей, деактивировав ракеты и направив их в море, но на это она тратит слишком много сил и теряет сознание.

Ксавье пытается пробиться в разум Саблезуба, чтобы несколько изменить характер последнего, но часть подсознания Саблезубого закрыта от вмешательства. Тем временем, Магнит избирает своей новой целью химический завод, привлекая этим внимание Ксавье. Команда отправляется на бой, оставив Джубили следить за Саблезубом. Девочка жалеет своего подопечного и, желая перебинтовать тому пораненную руку, освобождает её от наручника, чем пользуется Саблезуб, хватая Джубили и требуя освободить его от оков полностью. Получив свободу, мутант собирается убить пленную и разнести лабораторию, но вовремя вернувшиеся Росомаха и остальные спасают положение.

Отправившись на свидание, Скотт и Джина попадают в ловушку к Морлокам — особо уродливым мутантам, обитающим в подземке. Лидер морлоков Калисто вознамерилась зачать от Скотта ребенка, чтобы родить наследника. Росомаха, Гроза, Шельма и Гамбит приходят на выручку друзьям, но проигрывают морлокам по численности; тогда Гроза предлагает Калисто поединок на мечах за звание вождя морлоков, в котором побеждает. Став новой предводительницей, она освобождает Людей Икс и призывает уродцев выйти на поверхность и прекратить скрываться, но те опасаются за свою жизнь, и Гроза оставляет Калисто в качестве своего заместителя.

Гроза, Гамбит и Джубили приезжают на курорт для мутантов на острове Геноша, но курорт оказывается каторгой для мутантов, где их способности подавляют при помощи специальных ошейников, а самих пленников заставляют строить новую электростанцию, необходимую для массового производства Стражей при помощи новой машины — огромного Форм-Мастера. Джубили планирует побег, но Гамбит демонстративно сдает товарищей с целью выбраться с острова и позвать подмогу. Сбежав от конвоя, Гамбит сталкивается с неким Бицепсом, желающим расправиться с руководством Геноши. Бицепс даёт Гамбиту ключ от ошейников, и тот, вернувшись в лагерь, освобождает собратьев. Под конец битвы с охраной Гроза направляет на завод Стражей цунами, после чего Форм-Мастер внезапно обретает разум.

Люди Икс возвращаются на базу, но находят школу разрушенной; как выясняется, Ксавье не пострадал, ибо незадолго до трагедии отбыл по важному делу. Мутанты ищут виновного и ошибочно думают на эмигранта из России Колосса , который у них на глазах помог рабочим со сносом здания и неудачно попытался ограбить банк, но Росомаха при помощи чутья понимает, что не Колосс разрушил школу, а Джаггернаут — громила, обретший свою силу при помощи магии, которого невозможно остановить. После не увенчавшейся победой битвы Шельма и Джина лишают Джаггернаута силы и памяти соответственно, а Колосс помогает команде отстроить школу.

Шотландец доктор Адлер изобретает лекарство для подавления мутаций, и Шельма, страдающая от невозможности прикоснуться к другому человеку, решает отправиться в Шотландию и первой испытать лекарство на себе. Но на самом деле доктор Адлер давно убит, а под его личиной скрывается мутант- метаморф Мистик ; она намерена использовать открытия Адлера ради превращения мутантов в монстров, подчиняющихся сверх-мутанту Апокалипсису. В последний момент в лабораторию доктора врываются подручные Мистик Пиро и Оползень и похищают псевдо-Адлера (не зная, кто это на самом деле). Шельма отправляется на помощь «доктору» и спасает того от невовремя появившегося Бицепса, столкнув последнего со скалы. К неудовольствию Мистик , Шельма решает оставить свои силы при себе.

Мистик в облике Адлера превращает нескольких мутантов, в том числе миллионера Уоррена Уортингтон, который является мутантом с ангельскими крыльями во Всадников Апокалипсиса, несущих гибель и разрушение. Команда Икс вступает в бой со Всадниками, которые, тем не менее, сильно превосходят их по силе. Тогда Шельма высасывает зло из Уортингтона, и тот нейтрализует своих бывших соратников, чем разрушает планы Апокалипсиса.

В далеком будущем, когда все Люди Икс, за исключением Росомахи, погибли, власть захватили вышедшие из-под контроля Стражи. Мутант Фордж при помощи собственноручно изобретенной машины времени отправляет в прошлое своего соратника Квакера. Он должен предотвратить покушение на сенатора Роберта Келли, из-за гибели которого и начались массовые истребления мутантов. Дело осложняется тем, что убийца сенатора — не кто иной, как Гамбит…

Гамбит готов доказать, что не он убийца, а заодно предотвратить покушение, поэтому он сбегает из под надзора Квакера и Росомахи и отправляется на съезд, где Келли будет выступать. По ходу действия выясняется, что убить сенатора собирается вовсе не Гамбит, а Мистик, принявшая его обличье ради политической провокации. В результате небольшой потасовки сенатор спасен, а Квакер отправлен обратно в будущее; Мистик же оказывается приемной матерью Шельмы, которая дает ей уйти.
Но, несмотря ни на что, будущее не изменилось: Магнето похитил Келли прямо из рабочего кабинета…

Магнето хочет убить сенатора Келли, но вдруг появляются пластиковые стражи, на которых не действуют силы Магнето и забирают сенатора с собой. Они отвозят его к Боливару Траску, работавшему над созданием Стражей. Траск намерен пропихнуть Келли в президенты США , но новосозданный Страж отказывается вернуть Келли в штаб избирательной кампании. У Форм-Мастера свой подход к сложившейся ситуации: он горит идеей заменить мозги всех ведущих политиков мира (в том числе и Келли) на подчиненные ему компьютеры. Сенатора спасают объединившие усилия команда Икс и Магнето, заодно уничтожив завод и уничтожив тело Форм-Мастера. Келли меняет свою точку зрения касательно мутантов и, став президентом США, амнистирует Зверя.

Скотт и Джина венчаются, чему не рад также влюбленный в Джину Логан — только он не пришел на свадьбу. В это же время возвращается Морф, чей разум был кардинально изменен силами зловещего Мистера Злыдня. Морф крайне озлоблен на бывших товарищей, считая, что те его бросили (в чем отчасти прав); используя способность к перевоплощению, он вносит сумятицу в ряды Людей Икс.

Скотт и Джина попадают в плен к Злыдню, который собирается использовать их силы в злых целях. Росомаха спасает Джубили от ненавистной к мутантам группировки «Друзья человечества» и, вернувшись в штаб, распознает перевертыша под личиной профессора, но Морфу удается уйти. Команда идет за ним по пятам и выходит на остров Злыдня. Морф, страдая от частичного раздвоения личности, отвлекает внимание Злыдня, пока Циклоп освобождает себя и Джину от оков и наносит сильные увечья хозяину острова, который поспешно сбегает; его примеру следует и Морф, на поиски которого отправляется Логан. В это время где-то на севере Ксавье и Магнит попадают под оползень…

Люди Икс обнаруживают некий пространственно-временной разрыв возле Килиманджаро , и Гроза, в детстве жившая поблизости, вместе с Шельмой отправляются на разведку. На месте выясняется, что деревня, где жила Гроза, полуразрушена, и виной всему юный мутант Мишнари — когда-то Шторм вдохнула в него жизнь, и мальчик обрел способность к развитию невероятно огромной скорости; в Мишнари вселился Король теней, который заставлял маленькую Грозу воровать и которого много лет назад заточил Ксавье, и теперь он требует у Грозы отдать ему её тело взамен на подростка.
В это время Росомаха безуспешно пытается поймать Морфа, а Ксавье и Магнит выбираются из-под снега и обнаруживают перед собой затерянный мир, обитателей которого создал сам Магнит. В этом месте силы обоих не действуют, но Чарльз может ходить…

В постсоветской России идет гражданская война. С целью восстановления СССР военные возвращают к жизни некогда забракованного андроида «Омега-Ред» (другой вариант перевода - «Красный Омега»), но тот задумал взять бразды правления в свои руки. Колосс обращается к Людям Икс за помощью в победе над монстром, но никого, кроме Джубили, в резиденции не оказалось, поэтому Колосс отправляется в Россию вместе с ней. Вовремя подоспевший Росомаха помогает освободить пленников Омеги и на время задержать андроида, после чего рассказывает, что того невозможно уничтожить. Прибывает подмога в лице остальной команды Людей Икс. Они одерживают победу над войсками, но на Омегу их силы практически не действуют; тогда Гроза, выиграв время, вновь замораживает Омегу.

Росомаху заманивает в ловушку отряд Альфа — команда канадских мутантов, в которой он некогда служил. Логан нужен для того, чтобы военные во главе с генералом Чейзеном выяснили секрет создания его адамантиевого скелета. Облучение ничего не дает, и Чейзен дает приказ убить Росомаху и вынуть скелет из его тела; тогда весь отряд Альфа, за исключением его лидера Мстителя, приходит на помощь старому другу, и тот, улучив момент, сбегает из лаборатории.

Во время тренировки Циклопа некто звонит Гамбиту, управляющему симулятором, в результате чего тот приходит в ужас и отправляется к себе на родину, случайно поставив симулятор на максимальную сложность, в результате чего Скотт получает серьёзные травмы. Дело в том, что Гамбит некогда состоял в лиге Воров, издавна противостоявшей лиге Убийц, и теперь, если похищенный Убийцами брат Гамбита Бобби не принесет вовремя дань Всесильной (божеству, покровительствующему обеим лигам), то она его убьет. Взамен на Бобби и дань Убийцы требуют самого Гамбита…

Возвратившись в своё время, Квакер обнаруживает, что мир почти не изменился после его вмешательства. Мало того — чума свирепствует на улицах. Квакер вновь возвращается в девяностые годы двадцатого века и мешает Грайдену Криду Младшему (главе расистской группировки «Друзья человечества») заразить Зверя во время выступления последнего. Вместо этого заражается сам Крид, вслед за которым отправляются Квакер и Люди Икс. Оказывается, вирус был создан Апокалипсисом, принявшим на время человеческий облик. Команда успешно уничтожает вирус, после чего погибает от руки разъяренного Апокалипсиса. В этот же момент будущее Бицепса — 3999 год — начинает меняться. Компьютер говорит Бицепсу, что именно из-за предотвращения заражения мутантов чумой их род вымер…

После столкновения Людей Икс с бандой Тени, Шельма начинает сходить с ума: ей повсюду мерещится странная женщина из её прошлого, однажды стертого Ксавье. Тень заманивает Шельму в больницу, в одной из палат которой лежит та самая женщина. Тень через прикосновение отдает часть своей памяти Шельме, и та вспоминает, как, будучи в составе банды, однажды впитала в себя силы и разум Мисс Чудо, из-за чего та впала в кому. Теперь Мисс Чудо пытается взять вверх над разумом Шельмы и захватить её тело, но не без помощи Джины Шельме удается навеки заточить своё второе я в подсознании. На следующий день она приносит цветы в палату и дотрагивается до лба Мисс Чудо. Уголок рта последней слегка шевелится, и показывается намек на то, что её сознание к ней возвращается.

Зверь работает над восстановлением зрения слепой от рождения девушки Карли, в которую влюблен, но после нападения на больницу «Друзей Человечества» Хэнк вынужден передать операцию своему другу, доктору Полсену, дабы пациентам и персоналу больницы не угрожала опасность. Поведение «Друзей человечества» приводит Логана в ярость, и тот под видом пострадавшего от мутантов человека проникает в их штаб-квартиру.

Монстр Моджо , телебосс из другого измерения, увольняет свою звезду Прострельщика ввиду низких рейтингов; на его место решено взять Людей Икс, которых Моджо и похищает (за исключением Гамбита и Джубили). Он заставляет мутантов попарно сражаться с созданными им образами в короткометражных «шоу», в конце которых главный герой обязательно погибает. Тем не менее, Джине удается, используя телепатию, поломать технику Моджо, и в этот же момент Прострельщик освобождает героев. Как результат — Моджо потерял зрителей, а Люди Икс вернулись в свой мир.

Скотт, Джина и Логан находят Морфа, выступающего в театре и использующего свои способности для исполнения ролей. Прямо в его гримёрной на троицу нападает команда Злыдня, которая похищает Джину. Тем временем, Ксавье и Магнит попадают в плен к мутоидам, некогда созданным Магнето; теперь они служат Мистеру Злыдню. Вскоре после этого друзей освобождает лидер сопротивления Казар, недолюбливающий Магнето за его прошлые дела в диком мире. Вместе они пытаются тайком пробраться в башню Злыдня, где располагается контролирующее способности мутантов устройство, но там их уже поджидают мутоиды. Казару удается бежать, но мутанты вновь становятся пленниками Злыдня, который при помощи способного к гипнозу и поглощению чужой энергии монстра Саурона заставляет Чарльза вызвать оставшихся членов команды в дикий мир.

Люди Икс прибывают в дикий мир, где попадают в засаду. Мутанты пытаются бороться с врагами, но их силы не действуют; одному лишь Росомахе удается бежать, и он случайно сталкивается с Казаром.

Морлоки крадут у некой Леди с прозвищем «Рука Смерти» оружие, которое должно помочь им добыть сокровища, но терпят фиаско в бою с киборгами, которые пленят подземных мутантов. Под страхом смерти один из морлоков вызывает Росомаху в подземку, чтобы тот помог Руке Смерти, узнавшей про сокровища, пробить оболочку инопланетного корабля (где, как уверены все присутствующие в подземелье, и находятся сокровища); вслед за Логаном отправляются Гамбит и Джубили. В Руке Смерти Логан узнает свою бывшую возлюбленную Юрико, ставшую киборгом и считающую Росомаху виновником гибели её отца. Логан отказывается помогать ненавидящей его Юрико, но в драке последняя попадает в силовое поле корабля, и Логан повреждает его, пытаясь освободить Юрико, что ему удаётся. Стенка корабля разрывается, и наружу выбирается нечто ужасное…

Профессор отправляет своих учеников, кроме Грозы, на космодром с целью проникнуть на шаттл и отправиться вместо астронавтов на станцию Игл-1; Джубили же поручено задание отвлечь охрану. Люди Икс благополучно прибывают на станцию, но там их ждёт западня и отправляются в космос: Красный Эрик, эмиссар Шиарской гвардии, хочет использовать станцию землян для атаки корабля принцессы Ши’ара Лиландры . Лиландра похитила священный кристалл Эмкрон, который хочет заполучить её брат Дкен, но благодаря Джине этот план провалился. После уничтожения станции Люди Икс отправляются на Землю, но для этого они должны пролететь через плотное радиационное облако. Джина берёт задачу посадить корабль, в то время как вся команда укрывается в Солнечном зонде, защищённом от радиации. Во время прохождения через облако радиации Джина теряет сознание, а её тело охватывает пламя...

После приземления все считают Джину погибшей, но вдруг она взлетает из-под воды с криком «Я Феникс!» и теряет сознание; Джину отправляют в больницу. Тем временем профессор попадает под влияние Лиландры и случайно высвобождает свою темную сторону, которая нападает на Джубили и Логана; когда двойник нападает на Скотта, Феникс пробуждается и уничтожает противника. После Ксавье отправляется на остров Мюр, оставляя в качестве главного Циклопа. Внезапно в комнату профессора телепортируется Лиландра. Она объясняет Чарльзу, что Эмкрон не должен попасть в руки её брата, так как способен уничтожить обе галактики. В следующую минуту за принцессой приходит Джаггернаут…

Джаггернаут и Чёрный Том, будучи в сговоре с Красным Эриком, похищают Лиландру и осуществляют попытку убийства Ксавье. Профессора спасает Банши, после чего Ксавье связывается с Людьми Икс, которые они по предложению Росомахи и настоянию Циклопа прибывают на остров. Эрик пытается узнать у Лиландре о местонахождении кристалла, но принцесса связывается с профессором и указывает тому о месте своего пленения — фамильном замке Банши. Люди Икс прибывают в замок, и завязывается бой. В это время прилетает Гладиатор , который легко расправляется с Джаггернаутом, но забрать Лиландру ему мешает Феникс в обличье Джины…

Феникс отравляет Людей Икс на звёздный крейсер Лиландры, но по пути на него нападают пираты во главе с Корсаром — отцом Циклопа (о чем знает лишь Джина); пираты похищают кристалл и Скотта. При помощи Циклопа Корсар хочет уничтожить Дкена во время осуществления сделки, но и Дкен играет нечестно. Он натравливает на Корсара свой взвод, который успешно побеждают вовремя прибывшие Люди Икс. К несчастью, Дкену все же удается высвободить силу кристалла.

Повреждённый Эмкрон поглощает Дкена, а после начинает втягивать в себя всю галактику. Феникс переносит Людей Икс на корабль Корсара и они пытаются улететь, но в итоге также оказываются внутри кристалла; на Земле же творится хаос из-за разбушевавшейся природы, которой кое-как стараются противостоять различные мутанты во всех частях света. Тем временем, Дкен, ставший внутри Эмкрона подобием божества, всячески истязает своих пленников, однако Феникс освобождает всех, за исключением самого Дкена, и восстанавливает Эмкрон. Мир спасён, но Феникс, не покидая Джины, отправляется на Солнце, чтобы сохранить кристалл в неприкосновенности.

Потеряв Джину, Скотт не может найти себе покоя и покидает команду. Он возвращается в приют, где когда-то вырос, и знакомится там с мальчиком-мутантом Расти, способным создавать и контролировать пламя. Расти, как и ещё троих детей-мутантов, усыновил местный меценат Киллгрейв, баллотирующийся на пост губернатора; мальчик очень боится возвращаться к Киллгрейву, но хозяйка приюта Сара ему не верит и возвращает ребенка богачу. Скотт заподозрил что-то неладное, и, как оказалось, не зря: Киллгрейв сам является мутантом, способным к гипнозу, и он использует детей в своих корыстных целях. Скотту и Саре удается выкрасть детей у психа, после чего разъяренный Киллгрейв нападает на приют. Это снимают репортеры, тем самым, дискредитировав мутанта в глазах общественности. Прогнав врага, Скотт решает вернуться в команду; внезапно Церебро обнаруживает Джину — она ещё жива…

Джубили ссорится с профессором, так как тот считает её слишком юной и во многом ограничивает; тем временем, бывший из Людей Икс Бобби Дрейк, более известный как Айсберг, нападает на секретные правительственные склады. Зверь, Циклоп и Росомаха ловят Бобби и доставляют его в школу Ксавье, пытаясь узнать причину нападения, но Бобби не говорит об этом никому, кроме Зверя. Джубили, подслушавшая их разговор, освобождает Айсберга и отправляется с ним на склады, но там попадают в засаду. Люди Икс отправляются вслед за нерадивой молодёжью, однако завязывается драка со странным отрядом под предводительством Форджа. После победы и перемирия, они возвращаются в школу. Джубили уговаривает Бобби остаться, но он уходит.

В Диком Мире успешно идет восстание против Саурона, захватившего власть после ухода Злыдня. Ка-Зар настигает обессиленного узурпатора, но в последний момент того спасает Зеладейна, жрица бога Гарокка. Она сажает Саурона, к тому моменту превратившемуся в Карла Лайкоса (его истинное обличье), в свой самолет и оправляет в США. Там Лайкоc, чтобы выжить, высасывает жизненную энергию у случайных прохожих, но, поглотив силы подвернувшегося под руку Росомахи, высвобождает Саурона. Монстр выводит из строя Шельму и похищает Грозу, и вслед за ним отправляется команда Икс в лице Росомахи, Джубили, Шельмы и Зверя. Они встречают Ка-Зара и вместе с ним побеждают Саурона, который вновь становится Лайкосом, но уже поздно: при помощи гипноза Саурон лишил Грозу самоконтроля…

Чтобы усмирить разбушевавшуюся Грозу, Лайкос поглощает значительную часть её сил и снова принимает облик монстра. Придя в себя, Гроза вознамерилась уничтожить Гарока, что на руку последнему: каждый раз, когда «ведьма» использует свой дар, Гарокк становится сильнее. Он превращает значительную часть Дикого Мира в каменистую пустыню и, добравшись до вулканической гряды, возрождается в виде гиганта. Саурон, в свою очередь, высасывает силы уже из самого Гарока, вследствие чего они уравниваются в размерах и вступают в бой. Оба монстра погибают, а Лайкос становится человеком уже навсегда.

Люди Икс находят Джину и возвращают домой, но, как оказалось, Феникс все ещё не покинул тела девушки. Мало того, он собирается свою новую оболочку для получения новых, неизведанных ранее ощущений. Это на руку элитному клубу мутантов, именующих себя Внутренним Кругом; Эмма Фрост и Джейсон Вингард, состоящие в клубе, похищают Джину и погружают в мир иллюзий, где Вингард притворяется её возлюбленным…

Люди Икс пытаются победить Темного Феникса, но все тщетно: он превосходит их по силе в сотни раз, тем не менее, не уничтожает ввиду телепатической связи Скотта и Джины. Темный Феникс покидает Землю и, столкнувшись с крейсером Ши’ара, на глазах у находящихся на том военных уничтожает целую планетную систему (впрочем, оказавшуюся и так безжизненной). Феникс возвращается на Землю и посещает родной дом Джины, где его уже поджидает команда. Зверь пробует подавить сознание врага, используя свой новый прибор, но тот оказывается бесполезен; тогда Ксавье проникает в подсознание Джины и пленит там Темного Феникса. Внезапно приземляется корабль Ши’ара. Из него выходит Лиландра и говорит Чарльзу, что, ради сохранения жизни во Вселенной, Темный Феникс должен умереть. Это значит, что и Джина тоже…

Джаггернаут поднимается со дна залива, куда его бросил Гладиатор. Он вновь жаждет мести и, добравшись до базы Икс, начинает крушить её с целью убить сводного брата. В это время некий молодой ученый находит рубин Цитторак и скрижаль, некогда давшие силу самому Джаггернауту, и, прочитав текст скрижали, забирает у злодея силу; тот вновь превращается в Кейна Марко, попадает под завал и оказывается при смерти. Чарльз пытается спасти сводного брата, для чего погружается в разум последнего, но узнает многие неприятные для себя воспоминания из детства Кейна. Тем временем, Циклоп и Росомаха вопреки своей воли находят нового Джаггернаута и похищают у него рубин, с помощью которого Кейн возвращает себе привычное обличье. Он говорит, что ничего не изменилось и что он по прежнему будет добиваться смерти Чарльза, но, тем не менее, уходит без боя. Чарльз понимает это как своеобразное выражение благодарности.

Магнит за счёт своей силы и учёных мутантов построил астероид "М" для мутантов, и, предупредив правительства всех стран, начинает собирать мутантов и увозить их на астероид. Ксавье, Гамбит и Зверь решают присоединиться к Магниту и переговорить с тем, ибо люди всего мира считают астероид с мутантами угрозой. Когда Магнит и остальные прибывают на Геношу за тамошними мутантами, охрана острова атакует пришельцев, и в результате битвы Магнит теряет много сил. Радикально настроенный мутант Фабьен Кортес помогает ему подкачать силы за счет своих способностей, и уже после прибытия на астероид старается быть все время рядом с Эриком. После того, как Эрику удается уничтожить ракеты, направленные с Земли, он узнает, что без его ведома был совершен удар по людям, и понимает, что виной всему Кортес; он пытается застать психопата врасплох, но Кортес откачивает из Магнита слишком много сил и выпускает того в капсуле на орбиту. Вызвав всех мутантов к месту преступления, он обвиняет в убийстве Магнита Людей Икс...

Чарльз, Зверь и группа людей, находившихся на астероиде в качестве гостей, вынуждены сбежать, Гамбит же остаётся прикрывать их и попадает в плен. Кортес требует от Гамбита признать свою причастность к этому, но, не добившись признания, отправляет его в камеру; тем временем, профессор, Шельма, Росомаха и Зверь поминают якобы погибшего Магнита и вновь отправляются на астероид. К Гамбиту в камеру проникает Амелия (бывшая возлюбленная профессора) и просить признать его вину за гибель Магнита, однако Гамбит говорит ей, что этого не делал, и озадачивает её тем, что Кортес был первым, кто добрался до каюты Магнита, несмотря на то, что его комната находится на другом конце астероида. Не обнаружив записей о происходившем в то время в каюте Магнита, она хитростью выманивает Кортеса из его каюты и обнаруживает запись убийства Магнита. Переделав и оснастив космическими технологиями Ши’ара свой самолёт, Шельма, Зверь и профессор отправляются остановить Кортеса. Зверь пытается деактивировать ядерные ракеты, но не успевает управиться и с 20%, когда Кортес их запускает. Внезапно появляется Магнит, восполнивший свои силы при помощи магнитного поля Земли, и уничтожает ракеты, а затем и астероид "М" вместе с Кортесом, которого оставил там. Но злодея спасают Апокалипсис и Птица Смерти.

После ушиба психологическая защита Ксавье оказалась ослабленной и образовалась щель в астральной сфере, в которую Чарльз когда-то заточил Повелителя Теней (он же Призрак), в результате чего тот вырывается и завладевает телом профессора. Он мучает его, а также Джубили, Росомаху и Грозу кошмарами. Джине после нескольких неудачных попыток удаётся проникнуть в разум Ксавье и вместе с ним вступить в бой с Повелителем Теней, в ходе которого они побеждают и отправляют его обратно в астральную тюрьму.
По словам Чарльза, Повелитель Теней оказал ему услугу, заставив понять, зачем он создал команду Икс и возглавил борьбу за мирное сосуществование мутантов и людей.

Циклоп отправляется в гости к ученому Тейлору Прескотту, создавшему удаленную коммуну для мутантов, но по дороге его самолет сбивают, после чего Скотт теряет свою способность. В самом городке творится что-то странное: все жители запуганы, а новый знакомый Скотта, доктор Даррел Танака, отказывается отвечать на вопросы касательно Прескотта. Как выясняется, власть в поселении узурпировала троица алчных мутантов во главе с Соларром. Они пленили Прескотта, а жителей используют для добычи лично для них золота из рудника; Скотта же решено показательно убить на рассвете. Во время церемонии Скотт убеждает мутантов поднять восстание против Солара, а Танака с помощью своего дара лекаря возвращает Скотту утраченную способность. Вместе они побеждают узурпатора и освобождают ученого.

Росомаха, Гамбит и Шельма отправляются на горнолыжный курорт, где жители пытаются поймать некоего демона. Троица попадает под обвал и находит пристанище в местном монастыре. Ночью один из монахов, брат Рейнхард, совершает покушение на спящего Гамбита, но сбегает, когда в келью заходит Шельма. Девушка преследует неприятеля и случайно натыкается на «демона» — бывшего циркача Курта Вагнера, сына Мистик; как выясняется, он один из монахов. Узнав о том, что именно его горожане считают демоном, Рейнхард натравливает людей на монастырь, который вследствие непродолжительного сражения мутантов и людей сгорает. Когда Курт спасает Рейнхарда на глазах у всех, отношение к нему меняется в лучшую сторону. Рейнхард раскаивается, а к Логану возвращается вера в Бога.

Профессор, Гроза и Росомаха прогуливаются на поляне возле школы, как вдруг возникает мощнейшая вспышка, предвещающая смещение времени, и профессор исчезает. Гроза и Росомаха оказываются в разрываемом войной мире, где армия мутантов во главе с Магнитом ведёт войну против людей; в этой реальности они обручены и не помнят ничего до того, как время изменилось. Квакер и его сестра Шарда оправляются с 2055 года в 90-е, но застают уже новое будущее. Они встречаются с Грозой и Росомахой и говорят о спасении Чарльза Ксавье от мутанта Фицроя, который предал мутантов и отправился в 1959 год, с его дружком Каплуном и стражем Нимродом, чтобы убить Ксавье. Гроза и Росомаха соглашаются помочь и отправляются с Квакером и Шардой в 1959 год, чтобы спасти будущего профессора, но терпят неудачу: он был подорван в собственной лаборатории...

Мойра Мактаггерт занимается лечением своего сына-мутанта Кевина (он же Протей), способного временно искажать реальность и вселяться в других людей. Внезапно Протей, с рождения живший в пределах лаборатории, вырывается наружу и познает неведанный доселе мир. Мойра обращается за помощью к Чарльзу, и тот вместе со Зверем, Шельмой и Росомахой отправляется на остров Мьюр. Протею удается покинуть остров, и он начинает сеять хаос на улицах города. Столкнувшись с Людьми Икс, мальчик искажает Логана, чем наносит последнему очередную психическую травму, и отправляется на поиски отца — ныне перспективного политика Джо Мактаггерта…

Ртуть и Алая Ведьма узнают у Эволюционера, проводящего эксперименты по выведению гибридов человека и животного, о своем происхождении. Их отцом оказывается Магнит, которого они заманивают в ловушку; когда того удается поймать, подвластные Эволюционеру существа пленят и близнецов, и пытавшегося помочь Росомаху. Эволюционер хочет использовать гены Магнита, Ртути и Алой Ведьмы для создания новых, неуязвимых гибридов, а Логана превращает в монстра. Тем не менее, Магнит легко уничтожает свои оковы и освобождает своих детей; когда же на помощь приходят Ксавье и Зверь, Эволюционер поспешно покидает насиженное место вместе со своей лабораторией. В этот же момент всё вокруг (в том числе, и Росомаха) принимает своё истинное обличье. Ртуть и Алая Ведьма пока не готовы простить своего отца, по вине которого погибла их мать, но Чарльз уверяет Эрика, что со временем они помирятся.

Росомаха, до конца не оправившись после столкновения с Протеем, приезжает в Японию . Но и там неспокойно: рыбаки, некогда бывшие семьей Логана, вынуждены платить дань преступникам во главе с Серебряным Самураем. В конце концов, Логан поддерживает идею восстания, разжигаемую молодым рыбаком, и деревня дает обидчикам отпор.

Росомахе по почте приходят некие фотографии, от которых тот начинает сходить с ума. Он и последовавший за ним Хэнк попадают в ту самую лабораторию, где Росомахе вживили адамантин, где сталкиваются с Саблезубым. Разъяренный Логан вступает с ним в драку, считая, что из-за Саблезубого их друзья Странник и Лиса погибли от рук Омеги, но те также объявляются в лаборатории. Выясняется, что ученые программировали разум всех четверых мутантов, вживляя им ложные воспоминания, чтобы в определенный момент использовать подопытных в качестве убийц-марионеток…

Рассказ Россомахи возвращает нас в Париж времен Второй мировой войны . Вместе с Капитаном Америка , Логан сражался против немецких оккупантов . Чтобы сорвать планы фашистов, Логану было поручено спасти французского ученого Кокто, который находился в плену у Красного Черепа .