Гонсало Варгас — воспитанник школы «Дефенсор Спортинга», в основном составе которого он дебютировал в 2001 году. Через 3 года Варгас перешёл в аргентинскую «Химнасию» из
Ла-Платы
. В Аргентине Варгас выступал весьма успешно — в среднем он забивал голы в каждом втором матче.
В 2006 году, по окончании Клаусуры, в которой Варгас стал лучшим бомбардиром, уругваец был приобретён «Монако», однако во Франции карьера у него не сложилась. Нападающий смог отметиться лишь одним забитым голом в рамках
Кубка Франции
, а в
чемпионате Франции
на поле появлялся считанное число раз. Не помогла даже аренда в «Сошо», где за год он сыграл во всех турнирах лишь 10 матчей и забил 3 гола.
В сезоне 2008/09 «Монако» отдал Варгаса в аренду в мексиканский клуб «Атлас», где Гонсало проявил себя более удачно — он стал твёрдым игроком основы и забил 10 мячей за сезон. После истечения контракта с «Монако» Варгас остался в «Атласе». В 2010 году Варгас был отдан в аренду в «Архентинос Хуниорс», а с 2011 года вновь выступает за «Химнасию», вылетевшую во
Второй дивизион чемпионата Аргентины
.
В составе
сборной Уругвая
Фабиан Каноббио выступал на
Кубке Америки 2007 года
, где уругвайцы заняли 4-е место. Все три своих мяча Варгас забил в товарищеских матчах, в том числе он оформил дубль в ворота
сборной Румынии
23 мая 2006 года. Итоговый результат игры — 2:0.