С 1 сентября 1940 года факультет приказом Народного комиссара обороны СССР от 24 августа 1940 года № 0195 переподчиняется начальнику Санитарного управления Красной Армии.
В 1943 году факультет был реорганизован. За это время было произведено девять выпусков, дипломы получили 1336 военных врачей.
В середине 1951 года на основании приказа Военного министра СССР № 2342-1/20 от б.07.1951 г. военно-медицинский факультет воссоздан, но был расформирован 1 августа 1958 года, в связи с сокращением Вооружённых Сил СССР. Основной профиль за этот период — первичная подготовка военных врачей авиации ВС СССР.
В 1965 году, в соответствии с постановлением Совмина СССР от 30.12.1964, опять был открыт военно-медицинский факультет. Специиализация факультета - подготовка врачей для ВВС.
Выпускники факультета были участниками единственной в истории СССР программы подготовки врачей-летчиков
— начальник Службы авиационной и космической медицины — заместитель начальника Центрального военно-медицинского управления Минобороны России (1991—1995)
Катуков Валерий Юрьевич, заместитель Председателя Инновационного совета при Председателе СМ РСФСР; руководитель секретариата заместителя Председателя СМ РСФСР; заведующий Отделом Аппарата Правительства РФ; заместитель Министра РФ (МЧС РФ); руководитель департамента Управления Администрации президента РФ. (1991-1999 гг). Доктор биологических наук.
Специальности
лечебное дело (терапия, хирургия, врач общей практики)