В 2006 году работал главным тренером в московском «
Локомотиве
», где заработал себе имя в российском футболе, достигнув 16-матчевой беспроигрышной серии и претендовав с командой на чемпионство, однако был уволен 16 октября того же года после сенсационного вылета в
Кубке УЕФА
от бельгийского «
Зюлте-Варегема
» и домашнего поражения от
ФК «Москва»
.
29 декабря 2010 года подписал контракт с «
Краснодаром
»
; работал с клубом до 9 августа 2013 года.
С 17 июня
по 9 декабря
2014 года — главный тренер пермского «
Амкара
».
В 2016 году возглавил
сборную Сербии
. После того как под его руководством сборная пробилась на
чемпионат мира в России
, заняв первое место в своей группе, Муслин был уволен с поста главного тренера сборной
.
В октябре 2018 года возглавил клуб «
Аль-Фейха
» из Саудовской Аравии. Под его руководством клуб провёл 12 матчей, в которых потерпел шесть поражений. В начале февраля Муслин был уволен
.