Interested Article - Конденсин

xandria
  • 2021-11-07
  • 1

Интерфазное ядро (слева) и набор митотических хромосом (справа) из культуры клеток человека. Штрих = 10 мкм.

Конденсины — большие белковые комплексы, которые играют главную роль в расхождении хромосом во время митоза и мейоза .

Субъединичный состав

Эукариотические конденсины

Субъединичный состав комплексов конденсина

Большинство эукариотических клеток имеют два вида конденсиновых комплексов, которые называются конденсин I и конденсин II . Каждый из них состоит из пяти субъединиц . Конденсины I и II имеют общую пару субъединиц, SMC2 и SMC4, которые принадлежат к большому семейству хромосомных АТФаз , известному как SMC-белки ( англ. Structural Maintenance of Chromosomes ). Каждый из этих комплексов содержит определённый набор регуляторных субъединиц (кляйзиновую субъединицу и пару субъединиц с HEAT-повторами ). У нематоды Caenorhabditis elegans есть третий конденсиновый комплекс (родственный конденсину I), который участвует в дозовой компенсации . Этот комплекс называется конденсин I DC , и в нём субъединица SMC4 заменена на схожий белок DPY-27.

Комплекс Субъединица Класс S. cerevisiae S. pombe C. elegans D. melanogaster Позвоночные (гены человека)
конденсин I и II SMC2 АТФаза Smc2 Cut14 MIX-1 DmSmc2 CAP-E ( SMC2 )
конденсин I и II SMC4 АТФаза Smc4 Cut3 SMC-4 DmSmc4 CAP-C ( SMC4 )
конденсин I CAP-D2 HEAT Ycs4 Cnd1 DPY-28 CG1911 CAP-D2 ( NCAPD2 )
конденсин I CAP-G HEAT Ycg1 Cnd3 CAP-G1 cap-g CAP-G ( NCAPG )
конденсин I CAP-H kleisin Brn1 Cnd2 DPY-26 barren CAP-H ( )
конденсин II CAP-D3 HEAT - - HCP-6 CG31989 CAP-D3 ( NCAPD3 )
конденсин II CAP-G2 HEAT - - CAP-G2 -? CAP-G2 ( NCAPG2 )
конденсин II CAP-H2 kleisin - - KLE-2 CG14685 CAP-H2 ( NCAPH2 )
конденсин I DC DPY-27 АТФаза - - DPY-27 - -

Структура и функции конденсина I неизменны от дрожжей к человеку, но у дрожжей нет конденсина II . По всей видимости нет никакой связи между наличием у эукариотического организма конденсина II и размером его генома. Напротив, у примитивной красной водоросли есть конденсины I и II, хотя размер её генома мал даже по сравнению с дрожжами .

Прокариотические конденсины

У прокариот есть конденсин-подобные комплексы, которые также обеспечивают организацию и расхождение хромосом. Прокариотические конденсины можно разделить на два типа: SMC-ScpAB и MukBEF . У большинства видов эубактерий и архей присутствуют конденсины SMC-ScpAB, а у γ-протеобактерий — MukBEF.

Комплекс Субъединица Классификация B. subtilis E.coli
SMC-ScpAB SMC АТФаза SMC/BsSMC SMC -
SMC-ScpAB ScpA kleisin ScpA ScpA -
SMC-ScpAB ScpB winged-helix ScpB ScpB -
MukBEF MukB АТФаза - - MukB
MukBEF MukE ? - - MukE
MukBEF MukF kleisin - - MukF

Механизм действия

Одиночное конденсиновое кольцо окружает два участка двухцепочечной ДНК, а затем замыкается при помощи дополнительных не SMC субъединиц. Таким образом эти белки обеспечивают конденсацию хроматина, образование петель и правильную укладку ДНК в хроматиде.

Активность

Очиненный конденсин I использует энергию АТФ, что бы создавать на ДНК положительные супервитки . Он проявляет ДНК-зависимую АТФазную активность in vitro . Димер SMC2-SMC4 способен ренатурировать комплементарную одноцепочечную ДНК . Для этой активности ему не требуется АТФ.

Структура

Димеры SMC, которые являются центральными субъединицами конденсинов, имеют уникальную V-образную форму . Такую форму удалось определить у конденсина I с помощью электронной микроскопии .

Функции в митозе

Распределение конденсина I (зелёный) и конденсина II (красный) в метафазных хромосомах человека. Штрих = 1 мкм.

В культивируемых клетках человека конденсиновые комплексы I и II неодинаково ведут себя в процессе прохождения клеточного цикла . В течение интерфазы конденсин II находится в ядре и принимает участие в начальных стадиях конденсации хромосом во время профазы . Конденсин I, напротив, в течение интерфазы находится в цитоплазме , попадает к хромосомам только после исчезновения ядерной оболочки в конце профазы. В течение прометафазы и метафазы , оба конденсина участвуют в конденсации хромосом, в результате которой сестринские хроматиды полностью оформляются . Оба комплекса, по-видимому, остаются связанными с хромосомами даже после расхождения сестринских хроматид в анафазе. По крайней мере, одна субъединица конденсина I напрямую взаимодействует с циклин-зависимой киназой (Cdk) .

Другие функции

Недавние исследования показали, что конденсины участвуют в широком спектре процессов, происходящих в хромосомах вне митоза и мейоза. У почкующихся дрожжей, например, конденсин I (единственный конденсин этого организма) помогает в регуляции числа копий тандемных повторов , а также в кластеризации генов тРНК . У дрозофилы субъединицы конденсина II участвуют в растворении политенных хромосом и формировании в питающих клетках. Также существуют доказательства, что они осуществляют негативную регуляцию при генетической трансвекции диплоидных клеток. У A. thaliana конденсин II необходим для формирования устойчивости растения к бору , возможно, он предотвращает повреждение ДНК . Было показано, что в клетках человека конденсин II инициирует события, связанные с расхождением сестринских хроматид в митозе, уже во время S-фазы митотического цикла .

Родственные белки

В клетках эукариот есть два дополнительных класса комплексов из SMC-белков , это когезины , которые содержат SMC1 и SMC3 и участвуют в связывании сестринских хроматид , а также комплекс SMC5/6, который содержит SMC5 и SMC6, он участвует в рекомбинационной репарации.

См. также

Примечания

  1. Hirano T. Condensins: universal organizers of chromosomes with diverse functions (англ.) // Genes Dev : journal. — 2012. — Vol. 26 , no. 15 . — P. 1659—1678 . — doi : . — . — PMC .
  2. Wood A. J., Severson A. F., Meyer B. J. Condensin and cohesin complexity: the expanding repertoire of functions (англ.) // Nat Rev Genet : journal. — 2010. — Vol. 11 , no. 6 . — P. 391—404 . — doi : . — . — PMC .
  3. Hirano T., Kobayashi R., Hirano M. конденсинs, chromosome condensation complex containing XCAP-C, XCAP-E and a Xenopus homolog of the Drosophila Barren protein (англ.) // Cell : journal. — Cell Press , 1997. — Vol. 89 , no. 4 . — P. 511—521 . — doi : . — .
  4. ↑ Ono T., Losada A., Hirano M., Myers M. P., Neuwald A. F., Hirano T. Differential contributions of конденсин I and конденсин II to mitotic chromosome architecture in vertebrate cells (англ.) // Cell : journal. — Cell Press , 2003. — Vol. 115 , no. 1 . — P. 109—121 . — doi : . — .
  5. Schleiffer A., Kaitna S., Maurer-Stroh S., Glotzer M., Nasmyth K., Eisenhaber F. Kleisins: a superfamily of bacterial and eukaryotic SMC protein partners (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2003. — Vol. 11 , no. 3 . — P. 571—575 . — doi : . — .
  6. Neuwald A. F., Hirano T. HEAT repeats associated with condensins, cohesins, and other complexes involved in chromosome-related functions (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2000. — Vol. 10 , no. 10 . — P. 1445—1452 . — doi : . — .
  7. Csankovszki G., Collette K., Spahl K., Carey J., Snyder M., Petty E., Patel U., Tabuchi T., Liu H., McLeod I., Thompson J., Sarkeshik A., Yates J., Meyer B. J., Hagstrom K. Three distinct condensin complexes control C. elegans chromosome dynamics (англ.) // Curr. Biol. : journal. — 2009. — Vol. 19 , no. 1 . — P. 9—19 . — doi : . — .
  8. Sutani T., Yuasa T., Tomonaga T., Dohmae N., Takio K., Yanagida M. Fission yeast конденсин complex: essential roles of non-SMC subunits for condensation and Cdc2 phosphorylation of Cut3/SMC4 (англ.) // Genes Dev. : journal. — 1999. — Vol. 13 , no. 17 . — P. 2271—2283 . — doi : . — .
  9. Freeman L., Aragon-Alcaide L., Strunnikov A. The конденсин complex governs chromosome condensation and mitotic transmission of rDNA (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2000. — Vol. 149 , no. 4 . — P. 811—824 . — doi : . — .
  10. Fujiwara T., Tanaka K., Kuroiwa T., Hirano T. Spatiotemporal dynamics of конденсинs I and II: evolutionary insights from the primitive red alga Cyanidioschyzon merolae (англ.) // Mol. Biol. Cell. : journal. — 2013. — Vol. 24 , no. 16 . — P. 2515—2527 . — doi : . — .
  11. Mascarenhas J., Soppa J., Strunnikov A. V., Graumann PL. Cell cycle-dependent localization of two novel prokaryotic chromosome segregation and condensation proteins in Bacillus subtilis that interact with SMC protein (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2002. — Vol. 21 , no. 12 . — P. 3108—3118 . — doi : . — .
  12. Yamazoe M., Onogi T., Sunako Y., Niki H., Yamanaka K., Ichimura T., Hiraga S. Complex formation of MukB, MukE and MukF proteins involved in chromosome partitioning in Escherichia coli (англ.) // (англ.) ( : journal. — 1999. — Vol. 18 , no. 21 . — P. 5873—5884 . — doi : . — .
  13. Kimura K., Hirano T. ATP-dependent positive supercoiling of DNA by 13S condensin: a biochemical implication for chromosome condensation (англ.) // Cell : journal. — Cell Press , 1997. — Vol. 90 , no. 4 . — P. 625—634 . — doi : . — .
  14. Sutani T., Yanagida M. DNA renaturation activity of the SMC complex implicated in chromosome condensation (англ.) // Nature : journal. — 1997. — Vol. 388 , no. 6644 . — P. 798—801 . — doi : . — .
  15. Melby T. E., Ciampaglio C. N., Briscoe G., Erickson HP. The symmetrical structure of structural maintenance of chromosomes (SMC) and MukB proteins: long, antiparallel coiled coils, folded at a flexible hinge (англ.) // (англ.) ( : journal. — 1998. — Vol. 142 , no. 6 . — P. 1595—1604 . — doi : . — .
  16. Anderson D. E., Losada A., Erickson H. P., Hirano T. Condensin and cohesin display different arm conformations with characteristic hinge angles (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2002. — Vol. 156 , no. 6 . — P. 419—424 . — doi : . — .
  17. Ono T., Fang Y., Spector D. L., Hirano T. Spatial and temporal regulation of Condensins I and II in mitotic chromosome assembly in human cells (англ.) // Molecular Biology of the Cell : journal. — 2004. — Vol. 15 , no. 7 . — P. 3296—3308 . — doi : . — .
  18. Hirota T., Gerlich D., Koch B., Ellenberg J., Peters J. M. Distinct functions of condensin I and II in mitotic chromosome assembly (англ.) // (англ.) ( : journal. — (англ.) ( , 2004. — Vol. 117 , no. Pt 26 . — P. 6435—6445 . — doi : . — .
  19. Kimura K., Hirano M., Kobayashi R., Hirano T. Phosphorylation and activation of 13S condensin by Cdc2 in vitro (англ.) // Science : journal. — 1998. — Vol. 282 , no. 5388 . — P. 487—490 . — doi : . — .
  20. Johzuka K., Terasawa M., Ogawa H., Ogawa T., Horiuchi T. Condensin loaded onto the replication fork barrier site in the rRNA gene repeats during S phase in a FOB1-dependent fashion to prevent contraction of a long repetitive array in Saccharomyces cerevisiae. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2006. — Vol. 26 , no. 6 . — P. 2226—2236 . — doi : . — .
  21. Haeusler R. A., Pratt-Hyatt M., Good P. D., Gipson T. A., Engelke D. R. Clustering of yeast tRNA genes is mediated by specific association of condensin with tRNA gene transcription complexes. (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2008. — Vol. 22 , no. 16 . — P. 2204—2214 . — doi : . — .
  22. Hartl T. A., Smith H. F., Bosco G. Chromosome alignment and transvection are antagonized by condensin II. (англ.) // Science : journal. — 2008. — Vol. 322 , no. 5906 . — P. 1384—1387 . — doi : . — .
  23. Bauer C. R., Hartl T. A., Bosco G. Condensin II promotes the formation of chromosome territories by inducing axial compaction of polyploid interphase chromosomes. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2012. — Vol. 8 , no. 8 . — P. e1002873 . — doi : . — .
  24. Sakamoto T., Inui Y. T., Uraguchi S., Yoshizumi T., Matsunaga S., Mastui M., Umeda M., Fukui K., Fujiwara T. Condensin II alleviates DNA damage and is essential for tolerance of boron overload stress in Arabidopsis. (англ.) // Plant cell : journal. — 2011. — Vol. 23 , no. 9 . — P. 3533—3546 . — doi : . — .
  25. Ono T., Yamashita D., Hirano T. Condensin II initiates sister chromatid resolution during S phase (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2013. — Vol. 200 , no. 4 . — P. 429—441 . — doi : . — .

Внешние ссылки

Источник —

xandria
  • 2021-11-07
  • 1
  • Tags:

Same as Конденсин

The title for the last searches