SBGN ( англ. Systems Biology Graphical Notation ) — это язык графического представления элементов биологических систем и взаимодействий между ними, разработанная группой биохимиков , молекулярных биологов и биоинформатиков .

История

Первые работы по созданию непротиворечивой и исчерпывающей системы, описывающей взаимодействия элементов биологических систем, провел Курт Кон (Kurt Kohn) в Национальном Институте Рака (NCI) . Консорциум специалистов для разработки стандарта SBGN был создан Хироаки Китано (Hiroaki Kitano), директором Токийского Института Системной Биологии, в 2005 году.

Спецификация SBGN Process Description, переименованного впоследствии в Process Diagrams, была выпущена 23 Августа 2008 года . Изменения и исправления к спецификации опубликованы 1-го сентября 2009 года . Спецификация SBGN Entity relationship была опубликована первого сентября 2009 года одновременно с первой спецификацией SBGN Activity Flow .

Виды диаграмм

Спецификация языка SBGN описывает три типа диаграмм:

• Диаграмма процессов ( Process Descriptions , PD )
• Диаграмма взаимодействий ( Entity Relationships , ER )
• Диаграмма потоков деятельности ( Activity Flows , AF )

Используя эти три диаграммы биологи могут недвусмысленно представлять графически знания о структуре взаимодействий в биологической системе. При разработке стандартов большое внимание было уделено созданию ограниченного набора графических элементов (алфавита) со строго определенной семантикой. Ограниченность графического алфавита и простая грамматика делают SBGN простым и удобным, пригодным не только для научных публикаций, но и для использования в книгах и учебных пособиях.

Диаграмма процессов представляет биологическую систему как сеть взаимосвязанных и организованных во времени процессов .

Диаграмма взаимодействий представляет биологическую систему в виде набора парных взаимодействий без учета их организации во времени. Основной причиной создания этой диаграммы была необходимость преодоления эффекта, так называемого, комбинаторного взрыва . Системы описываемые SBGN-ER представляются как наборы правил, описывающих влияние элементов системы на взаимодействия внутри системы .

Диаграмма потоков деятельности , в отличие от двух предыдущих, описывает систему не как совокупность физических агентов, молекулярных пулов ( SBGN-PD ) или отдельных агентов ( SBGN-ER ), а как поток информации между различными биохимическим активностями. Активность может быть реализована разными биологическими агентами (например разными ферментами имеющими общий EC номер), а также один агент может принимать участие в реализации нескольких биологических активностей (функций) .

Программные продукты, поддерживающие стандарты SBGN (главным образом SBGN-PD ) уже доступны .

См. также

• UML

Ссылки

• от 5 января 2009 на Wayback Machine

Примечания