Interested Article - Галактокиназа

Галактокиназа 2
Идентификаторы
Символ ГАЛК2
ген NCBI
ХГНК
ЮниПрот
Другие данные
номер ЕС
Кристаллическая структура активного центра галактокиназы Lactococcus lactis . Галактокиназа показана зелёным, фосфат — оранжевым, а остатки, ответственные за связывание сахарного лиганда, показаны пурпурным: Arg-36, Glu-42, Asp-45, Asp-183 и Tyr-233. Arg-36 и Asp-183 галактокиназы Lactococcus lactis аналогичны Arg-37 и Asp-186 галактокиназы человека. (Из PDB )

Галактокиназа фермент (фосфотрансфераза), облегчающий фосфорилирование α-D-галактозы до галактозо-1-фосфата за счет одной молекулы АТФ . Галактокиназа катализирует вторую стадию пути Лелуара, метаболического пути, обнаруженного у большинства организмов для катаболизма α-D-галактозы до глюкозо-1-фосфата . Впервые выделенная из печени млекопитающих , галактокиназа широко изучалась у дрожжей , архей , растений , и человека .

Структура

Галактокиназа состоит из двух доменов, разделенных большой щелью. Эти две области известны как N- и С-концевые домены, а адениновое кольцо АТФ связывается в гидрофобном кармане, расположенном на их границе раздела. N-концевой домен отмечен пятью нитями смешанных бета-листов и пятью альфа-спиралями , а С-концевой домен характеризуется двумя слоями антипараллельных бета-листов и шестью альфа-спиралями . Галактокиназа не принадлежит к семейству сахаркиназ , а скорее к классу АТФ-зависимых ферментов, известному как надсемейство GHMP . GHMP — это аббревиатура, относящаяся к её первоначальным членам: галактокиназа, гомосеринкиназа, мевалонаткиназа и фосфомевалонаткиназа. Члены суперсемейства GHMP имеют большое трехмерное сходство, несмотря на идентичность последовательностей только на 10-20 %. Эти ферменты содержат три хорошо консервативных мотива (I, II и III), второй из которых участвует в связывании нуклеотидов и имеет последовательность Pro -XXX- Gly - Leu -X- Ser-Ser - Ala .

Специфика сахаров

Галактокиназы у разных видов обнаруживают большое разнообразие субстратной специфичности . Галактокиназа E. coli может также фосфорилировать 2-дезокси-D-галактозу, 2-амино-дезокси-D-галактозу, 3-дезокси-D-галактозу и D-фукозу . Фермент не переносит никаких модификаций C-4, но изменения в положении C-2 D-галактозы не влияют на функцию фермента . Галактокиназы как человека, так и крысы также способны успешно фосфорилировать 2-дезокси-D-галактозу . С другой стороны, галактокиназа из S. cerevisiae высокоспецифична в отношении D-галактозы и не может фосфорилировать глюкозу , маннозу , арабинозу , фукозу, лактозу , галактит или 2-дезокси-D-галактозу . Более того, кинетические свойства галактокиназы также различаются у разных видов . Cпецифичность сахаров галактокиназ из разных источников была значительно расширена за счет направленной эволюции и структурной белковой инженерии . Соответствующие широко пермиссивные сахароаномерные киназы служат краеугольным камнем для гликорандомизации in vitro и in vivo .

Механизм

Недавно стала понятной роль остатков активного сайта в галактокиназе человека. Asp -186 отрывает протон от C1-OH α-D-галактозы, и образующийся алкоксид - нуклеофил атакует γ- фосфор АТФ. Фосфатная группа переносится на сахар, и Asp-186 может быть депротонирован водой . Соседний Arg -37 стабилизирует Asp-186 в его анионной форме, а также было доказано, что он необходим для функции галактокиназы в экспериментах по точечной мутации . Остатки аспарагиновой кислоты и аргинина в активном центре высококонсервативны среди галактокиназ .

Вероятный галактокиназный механизм . Остаток аспартата стабилизируется в его анионной форме соседним остатком аргинина.

Биологическая функция

Путь Лелуара катализирует превращение галактозы в глюкозу. Галактоза содержится в молочных продуктах , а также во фруктах и овощах и может вырабатываться эндогенно при расщеплении гликопротеинов и гликолипидов . В пути Лелуара необходимы три фермента: галактокиназа, галактозо-1-фосфат уридилилтрансфераза и УДФ-галактозо-4-эпимераза. Галактокиназа катализирует первую стадию катаболизма галактозы, образуя галактозо-1-фосфат .

Связанные заболевания

Галактоземия , редкое нарушение обмена веществ, характеризующееся снижением способности метаболизировать галактозу, может быть вызвана мутацией любого из трех ферментов пути Лелуара . Дефицит галактокиназы, также известный как галактоземия II типа, представляет собой рецессивное нарушение обмена веществ, вызванное мутацией галактокиназы человека. Выявлено около 20 мутаций, вызывающих галактоземию II типа, основным симптомом которой является раннее начало катаракты . В клетках хрусталика человеческого глаза альдозоредуктаза превращает галактозу в галактитол. Поскольку галактоза не катаболизируется до глюкозы из-за мутации галактокиназы накапливается галактитол. Этот градиент галактита через мембрану клеток хрусталика запускает осмотическое поглощение воды, что приводит к набуханию и возможному апоптозу клеток хрусталика .

Список примечаний

  1. James B. Thoden, Hazel M. Holden. (англ.) // Journal of Biological Chemistry. — 2003-08. — Vol. 278 , iss. 35 . — P. 33305–33311 . — doi : . 16 июня 2022 года.
  2. . Medical Dictionary . Дата обращения: 26 января 2013. 28 сентября 2013 года.
  3. Perry A. Frey. (англ.) // The FASEB Journal. — 1996-03. — Vol. 10 , iss. 4 . — P. 461–470 . — ISSN . — doi : .
  4. M A Schell, D B Wilson. (англ.) // Journal of Biological Chemistry. — 1979-05. — Vol. 254 , iss. 9 . — P. 3531–3536 . — doi : . 11 января 2021 года.
  5. Christopher A. Sellick, Richard J. Reece. (англ.) // Journal of Biological Chemistry. — 2006-06. — Vol. 281 , iss. 25 . — P. 17150–17155 . — doi : . 16 октября 2022 года.
  6. "Substrate specificity and mechanism from the structure of Pyrococcus furiosus galactokinase". Journal of Molecular Biology . 337 (2): 387—98. March 2004. doi : . PMID .
  7. Marie-José Foglietti, François Percheron. (фр.) // Biochimie. — 1976-06. — Vol. 58 , livr. 5 . — P. 499–504 . — doi : . 11 ноября 2019 года.
  8. "Galactokinase of Vicia faba seeds". European Journal of Biochemistry . 136 (1): 155—9. October 1983. doi : . PMID .
  9. H. M. Holden, J. B. Thoden, D. J. Timson, R. J. Reece. (англ.) // Cellular and Molecular Life Sciences. — 2004-10. — Vol. 61 , iss. 19—20 . — P. 2471–2484 . — ISSN . — doi : .
  10. Clare F. Megarity, Meilan Huang, Claire Warnock, David J. Timson. (англ.) // Bioorganic Chemistry. — 2011-06. — Vol. 39 , iss. 3 . — P. 120–126 . — doi : . 16 июня 2022 года.
  11. M. Tang, K. Wierenga, L.J. Elsas, K. Lai. (англ.) // Chemico-Biological Interactions. — 2010-12. — Vol. 188 , iss. 3 . — P. 376–385 . — doi : . 11 июля 2022 года.
  12. Jie Yang, Xun Fu, Qiang Jia, Jie Shen, John B. Biggins. (англ.) // Organic Letters. — 2003-06-01. — Vol. 5 , iss. 13 . — P. 2223–2226 . — ISSN . — doi : . 26 августа 2022 года.
  13. David J Timson, Richard J Reece. ] // BMC Biochemistry. — 2003. — Т. 4 , вып. 1 . — С. 16 . — doi : . 21 мая 2014 года.
  14. D G Walker, H. H. Khan. (англ.) // Biochemical Journal. — 1968-06-01. — Vol. 108 , iss. 2 . — P. 169–175 . — ISSN . — doi : . 26 августа 2022 года.
  15. "Creation of the first anomeric D/L-sugar kinase by means of directed evolution". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 100 (23): 13184—9. November 2003. doi : . PMID .
  16. Jie Yang, Xun Fu, Jianchun Liao, Lesley Liu, Jon S. Thorson. (англ.) // Chemistry & Biology. — 2005-06. — Vol. 12 , iss. 6 . — P. 657–664 . — doi : . 14 июня 2018 года.
  17. Gavin J Williams, Richard W Gantt, Jon S Thorson. (англ.) // Current Opinion in Chemical Biology. — 2008-10. — Vol. 12 , iss. 5 . — P. 556–564 . — doi : . 22 октября 2022 года.
  18. Joseph M. Langenhan, Byron R. Griffith, Jon S. Thorson. (англ.) // Journal of Natural Products. — 2005-11-01. — Vol. 68 , iss. 11 . — P. 1696–1711 . — ISSN . — doi : . 26 августа 2022 года.
  19. Gavin J. Williams, Jie Yang, Changsheng Zhang, Jon S. Thorson. (англ.) // ACS Chemical Biology. — 2011-01-21. — Vol. 6 , iss. 1 . — P. 95–100 . — ISSN . — doi : . 26 августа 2022 года.
  20. Richard W. Gantt, Pauline Peltier-Pain, Jon S. Thorson. (англ.) // Natural Product Reports. — 2011. — Vol. 28 , iss. 11 . — P. 1811 . — ISSN . — doi : .
  21. Hazel M. Holden, Ivan Rayment, James B. Thoden. (англ.) // Journal of Biological Chemistry. — 2003-11. — Vol. 278 , iss. 45 . — P. 43885–43888 . — doi : . 3 августа 2022 года.
  22. David J. Timson, Richard J. Reece. (англ.) // European Journal of Biochemistry. — 2003-04. — Vol. 270 , iss. 8 . — P. 1767–1774 . — ISSN . — doi : .

Ссылки

Источник —

Same as Галактокиназа