Interested Article - PHYLIP

PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) — программное обеспечение для построения филогенетических деревьев . Пакет состоит из 35 программ, которые не имеют графического интерфейса . Входящие данные представлены в собственном формате PHYLIP. Файл outtree, содержащий дерево, представлен в универсальном Ньюик-формате.

С сентября 1980 года , момента первого выхода программы, имеет более 28 000 официально зарегистрированных пользователей.

Существует ряд программных продуктов, предоставляющих графический интерфейс к функционалу PHYLIP . На русском языке бесплатно распространяется система UGENE , позволяющая строить деревья по алгоритмам PHYLIP , визуализировать их, а также сохранять в формате Newick.

Программы PHYLIP

Названия программы	Описание программы
protpars	Оценивает филогению белковых последовательностей при помощи метода максимальной бережливости.
dnapars	Оценивает филогению ДНК последовательностей при помощи метода максимальной бережливости.
dnapenny	ДНК метод ветвей и границ. Ищет все наиболее экономные филогении для аминокислотных последовательностей.
dnamove	Интерактивное построение филогении из аминокислотных последовательностей, оценка при помощи метода максимальной экономии для ДНК.
dnacomp	Оценка филогении по данным аминокислотных последовательностей при помощи критерия совместимости.
dnaml	Оценивает филогению по нуклеотидным последовательностям используя метод максимального правдоподобия.
dnamlk	ДНК метод максимального правдоподобия с молекулярными часами.
proml	Оценивает филогению по последовательностям аминокислот при помощи метода максимального правдоподобия.
promlk	Метод максимального правдоподобия с молекулярными часами для белковых последовательностей.
restml	Оценка филогении методом максимального правдоподобия с использованием информации о сайтах рестрикции (присутствие или отсутствие индивидуальных сайтов).
dnainvar	Для данных о последовательности нуклеиновой кислоты по четырем видам, вычисляет филогенетические инварианты Lake's и Cavender's, которые проверяют альтернативную топологию дерева.
dnadist	Метод расстояний для ДНК, который считает по аминокислотным последовательностям 4 разные дистанции между особями. Расстояние затем может быть использовано в программах с матрицами расстояний.
protdist	Оценка расстояния по методу наибольшего правдоподобия.
restdist	Расстояния, рассчитанные по данным о сайтах рестрикции или данных о фрагментах рестрикции.
seqboot	Читает данные и выдает набор данных при помощи статистического бутстрэпа.
fitch	Метод матрицы расстояния Fitch-Margoliash. Оценка филогении по данным о матрице расстояния при помощи "модели совокупного дерева", согласно которой расстояния, как ожидается, будут равняться суммам длин ветвей между видами.
kitsch	Метод матрицы расстояния Fitch-Margoliash с молекулярными часами. Оценка филогении по данным о матрице расстояния при помощи "ультраметрической" модели, которая совпадает с моделью совокупного дерева, за исключением того, что во внимание приняты эволюционные часы.
neighbor	Реализация метода Neighbor-Joining (метода присоединения соседей) и метода UPGMA (метод невзвешенной попарной группировки с усреднением).
contml	Оценивает филогению по данным частоты генов методом максимального правдоподобия (все различия из-за дрейфа генов в отсутствие новых мутаций). Эта программа также может проводить анализ методом максимального правдоподобия признаки, которые эволюционируют как модель броуновского движения, предполагая, что признаки эволюционируют с равной скоростью.
contrast	Читает дерево из файла и выдает независимый различия для признаков, чтобы затем использовать их в многопеременной статистикой.
gendist	Программа генетических расстояний, которая считает т по одной из трех формул генетических расстояний используя данный о частоте генов.
pars	Неупорядоченный метод бережливости со многими состояниями, рассматривающий отдельные признаки.
mix	Оценка филогении некоторыми методами бережливости для дискретных признаков с двумя состояниями (0 и 1). Позволяет использовать метод бережливости Вагнера, метод бережливости Camin-Sokal или их произвольную комбинацию.
penny	Разделение или связывание смешанных методов, которые находят все большую бережливость филогении для данных по отдельным признакам с двумя состояниями, для метода Вагнера, Camin-Sokal, и смешанных критериев бережливости используется метод ветвей-и-границ точного поиска.
move	Интерактивное конструирование филогении от данных по отдельным признакам с двумя состояниями (0 и 1). Оценивает бережливость и критерии совместимости той филогении и показывает восстановленные состояния по всему дереву.
dollop	Оценка филогении при помощи Dollo или критериями бережливости полиморфизма данных об отдельных признаках с двумя состояниями (0 и 1).
dolpenny	Находит все большинство бережливой филогении для данных отдельных признаков с двумя состояниями, для Dollo или критериев бережливости полиморфизма, используется метод ветвей-и-границ точного поиска.
dolmove	Интерактивное конструирование филогении от данных об отдельном признаке с двумя состояниями (0 и 1) используя Dollo или критерии бережливости полиморфизма. Оценивает бережливость и критерии совместимости филогении и показывает восстановленные состояния по всему дереву.
clique	Находит самую многочисленную клику взаимно совместимых знаков и филогению, которую они рекомендуют для данных об отдельном признаке с двумя состояниями (0 и 1). Самая многочисленная клика (или все клики в пределах данного диапазона самого большого размера) находятся очень быстрым методом поиска ветвей и связей.
factor	Перекодирующая программа признака, которая берет дискретные данные со многими состояниями с признаком состояния деревьев и производит соответствующий набор данных с двумя состояниями (0 и 1).
drawtree	Программа рисует не укорененное дерево подобно drawgram.
consense	Консенсусная программа дерева, которая вычисляет консенсус дерева при помощи метода majority-rule consensus tree, который также позволяет легко находить строгий консенсус дерева.
treedist	Вычисляет Robinson-Foulds симметричные различия расстояний между деревьями , которые допускают различия в топологии дерева.
retree	Интерактивная программа перестройки дерева, которая читает в дереве (с длинами ветвей, если необходимо) и позволяет вам переукоренять дерево, щелкать ветвями, менять имена видов и длины ветвей, и затем выписывать результат. Может использоваться, чтобы конвертировать укорененные и не укорененные деревья между собой.