Interested Article - Белковый микрочип

Белковый микрочип - технология, применяющаяся в молекулярной биологии. Белковый микрочип представляет собой твердую подложку (основание), на которую ковалентно пришиваются тысячи различных белков ( антигены , антитела , ферменты и т.д.) в различных точках микрочипа. Каждый отдельный белок формирует область своей высокой концентрации на микрочипе. Данная технология очень схожа с технологией ДНК-микрочипа , только в качестве зондов выступают не молекулы одноцепочной ДНК, а белки.

Типы белковых микрочипов

В настоящее время относительно широко используются три типа белковых микрочипов: аналитические, функциональные и обратно-фазовые микрочипы.

Аналитические микрочипы

Данные микрочипы обычно используются для профилирования сложной смеси белков: измерения сродства, специфичности, уровня экспрессии белка в смеси. В данной методике библиотеки антител , аптамеров , антигенов наносятся на твердые подложки, составляющие основу микрочипа. Далее такой чип погружается в белковую смесь, для которую надо профилировать. Белковые микрочипы с использованием антител были наиболее распространенными в 00-х годах 21 века. Аналитические микрочипы могут быть использованы для поисков дифференциальной экспрессии и в клинической диагностике. В качестве примера можно привести сравнение здоровых и больных тканей, а также ответ ткани на изменение условий окружающей среды .

Функциональные микрочипы

Данный тип микрочипов отличается от аналитических тем, что на твердом основании располагаются полностью функциональные белки или домены, а не аналитическая триада (антитела, аптамеры, антигены). Такие микрочипы позволяют анализировать биохимическую активность целого протеома в единственном эксперименте. Кроме того используются для изучения многочисленных взаимодействий белков с другими белками, ДНК, РНК, липидами, низкомолекулярными лигандами .

Обратно-фазовые микрочипы (ОФМ)

При изготовлении микрочипов данного типа клетки, изолированные из разных тканей подвергаются лизису. Лизат наносится на нитроцеллюлозную мембрану при помощи специальной машины - формируя микрочип, Затем каждая ячейка полученного микрочипа анализируется разными антителами против интересующего белка. Данный тип микрочипов позволяет обнаружить белки, или их конформационные изменения, которые появляются только во время определенных болезней .

Примечания

David A. Hall, Jason Ptacek, Michael Snyder. // Mechanisms of ageing and development. — 2007-1. — Т. 128 , вып. 1 . — С. 161–167 . — ISSN . — doi : . 10 января 2016 года.
Paul Bertone, Michael Snyder. // The FEBS journal. — November 2005. — Т. 272 , вып. 21 . — С. 5400–5411 . — ISSN . — doi : . 31 января 2018 года.
A. Sreekumar, M. K. Nyati, S. Varambally, T. R. Barrette, D. Ghosh. // Cancer Research. — 2001-10-15. — Т. 61 , вып. 20 . — С. 7585–7593 . — ISSN . 31 января 2018 года.
H. Zhu, M. Bilgin, R. Bangham, D. Hall, A. Casamayor. // Science (New York, N.Y.). — 2001-09-14. — Т. 293 , вып. 5537 . — С. 2101–2105 . — ISSN . — doi : . 31 января 2018 года.
David A. Hall, Heng Zhu, Xiaowei Zhu, Thomas Royce, Mark Gerstein. // Science (New York, N.Y.). — 2004-10-15. — Т. 306 , вып. 5695 . — С. 482–484 . — ISSN . — doi : . 5 июня 2018 года.
Runa Speer, Julia D. Wulfkuhle, Lance A. Liotta, Emanuel F. Petricoin. // Current Opinion in Molecular Therapeutics. — June 2005. — Т. 7 , вып. 3 . — С. 240–245 . — ISSN . 5 июня 2018 года.