Уезд Цзытун был образован ещё во времена империи Цинь, и существует уже более 23 веков.
В 1950 году в провинции Сычуань был образован Специальный район Мяньян (绵阳专区), которому, среди прочих, был подчинён и уезд Цзытун. В 1970 году он был преобразован в Округ Мяньян (绵阳地区). В 1985 году округ Мяньян был преобразован в городской округ Мяньян.
Уезд пострадал от
толчков 12-16 мая 2008 года
. Был уничтожен ряд построек, повреждена инфраструктура, были проблемы с питьевой водой. Также был сильно повреждён храм Цицюйшань, включенный в список национальных исторических памятников Китая
.