В январе
1934 года
совершила первый на ТОФ групповой поход вместе с «
Щ-102
» и «
Щ-103
», в том же году совершила поход с «Щ-103».
В годы Второй мировой войны несла позиционную и дозорную службу в прибрежных водах. Совершила один боевой поход.
В конце 1940-х годов возвращаясь с учений «Щ-104» обнаружила дрейфующий небольшой советский сейнер. Во время шторма его вынесло в океан, топливо и продовольствие закончились, средств радиосвязи на судне не было. После нескольких неудачных попыток судно было взято на буксир и доставлено в порт, после чего субмарина отправилась на базу
.