Постройка обсерватории проходила в 1966—1968 годах. До 1981 года обсерватория носила название «The Mount Hopkins Observatory», а в 1981 года была названа в честь
Фреда Лоуренса Уиппла
— эксперта в области планетной астрономии, почетного директора Смитсонианской астрофизической обсерватории, а также основателя обсерватории на горе Хопкинса. Обсерватория известна своими пионерскими работами в области наземной гамма-астрономии посредством наблюдения
Черенковского излучения
.