Основан в 2018 году под названием «Юниор Севан». Учредителем клуба стала сеть футбольных школ «Юниор»
.
В сезоне-2018/19 принял участие в турнире Первой лиги
, в котором занял 1-е место, но не перешёл в Премьер-лигу из-за неполучения соответствующей лицензии
. 25 июня 2019 года сменил название на «Севан»
. В сезоне-2020/21 занял 1-е место и вышел в Премьер-лигу (в заключительном туре был обыгран «
Пюник-2
» со счётом 7:1), при этом в весенней части команда выиграла все 13 матчей, а победная серия составила 14 игр
.
В сезоне 2021/22 клуб начал выступать в Премьер-лиге, где провёл 13 игр, из которых 5 выиграл, 5 сыграл вничью и 3 проиграл, разность мячей — 14-11.
1 декабря 2021 года Дисциплинарный комитет Федерации футбола Армении проголосовал за исключение «Севана» из Премьер-лиги Армении после того, как он не явился на 2 матча подряд (против «Алашкерта» и ЦСКА). В результате все результаты «Севана» были исключены из таблицы чемпионата
.
В сезонах 2018/19 и 2019/20 проводил домашние матчи на поле
в
Дзорахбюре
(
Котайкская область
)
. В сезоне 2020/21 — в
Аштараке
(на стадионе «
Касахи Марзик
») и
Ереване
(на стадионе «
Мика
»)
. На стадионе в Севане в рамках проекта
Федерации футбола Армении
по строительству и ремонту футбольных стадионов и спортивных школ
проводились работы по реконструкции
, которые были приостановлены вследствие уголовного дела о злоупотреблениях
.