Клуб был основан 15 июля 2010 года
. Название клуба «Саксан» с
гагаузского
языка переводится как
«Сорока»
. В первый же год существования команда завоевала первое место в
, обеспечив тем самым себе право выступать в
Дивизионе «А»
. В сезоне 2013/14 «Саксан» досрочно, за четыре тура до конца чемпионата, занял первое место в Дивизионе «А», это позволило клубу выступать в высшей лиге страны —
Национальном дивизионе
.
Дебютный сезон
в высшей лиге Молдавии команда закончила на 5-м месте
. 29 мая стало известно, что главным тренером назначен
Влад Гоян
, контракт с которым подписан на один год
. Из-за расформирования клуба «
Тирасполь
» команда приняла участие в
первом квалификационном раунде Лиги Европы 2015/16
. Оба матча против
кипрского
«
Аполлона
» молдавский клуб проиграл со счётом 0:2
.
В
чемпионате Молдавии сезона 2015/16 годов
«Саксан» занял последнее 10-е место, но провёл и
следующий сезон
в высшем дивизионе, по итогам которого занял предпоследнее 10-е место и добровольно перешёл в лигу ниже (Дивизион «А»). В
команда заняла предпоследнее 12-е место уже в Дивизионе «А». После сезона-2018 (6-е место в Дивизионе «А») клуб был исключён из лиги.
3 января 2013 года гагаузский исполнитель Виталий Манжул представил окончательную версию гимна, который он написал специально для футбольного клуба «Саксан»
.