Загадочный инопланетный организм выбирает доктора Келлер в качестве носителя. Чтобы спасти её от смерти, пробужденный из стазиса Беккет и атлантийцы вынуждены отчаянно искать сыворотку. Причём найти её нужно до того, как паразит сумеет захватить Атлантиду.

Оставшиеся в живых репликаторы из группы Неама прибывают на Атлантиду в поисках способа вознесения.

Родни МакКей заражается паразитом, который вызывает симптомы, характерные для болезни Альцгеймера . Самое ужасное, что ему уже ничем нельзя помочь. По крайней мере, так заявляет доктор Келлер. Но так ли безнадёжна ситуация на самом деле?

Шепард и Беккет присоединяются к команде майора Энни Телди на планете с одной из исследовательских лабораторий Майкла, скрытых в системе пещер планеты и предназначавшихся для создания ранних версий человек-ирактусных гибридов. К сожалению для атлантийцев, гибриды Майкла проснулись.

Тейла выдаёт себя за королеву улья Тодда (Кристофер Хейердал), давая ему возможность вступить в переговоры с другим ульем и его королевой.

Атлантийцы прибывают на планету, где Рейфы преследуют Беглеца. События принимают неожиданный оборот, когда Беглец захватывает Келлер — ему нужно, чтобы она оказала медицинскую помощь его 10-летней спутнице. МакКей и Декс отправляются на поиски Дженнифер.

Дэниэл Джексон возвращается на Атлантиду, чтобы найти лабораторию мятежного лантийского учёного Януса. Найдя эту лабораторию, они с МакКеем невольно активируют подпространственный передатчик. Спустя некоторое время Атлантиду навещают таинственные инопланетяне и похищают Родни и Дэниэла.

Шепард должен спасти МакКея и Дэниэла Джэксона из лаборатории Януса до того, как Тодд, угнавший звёздный крейсер Земли, доберется до них первым.

Шепард и его отряд встречают мужчину и женщину, двоих из того немногочисленного числа баларанцев, переживших на своей родной планете эпидемию хоффанской чумы, а теперь живущих среди народа, которому помогает доктор Беккет.

Атлантийцы обвиняются в преступлениях против народов Пегаса на трибунале. Процесс был начат некой «Коалицией», день за днём набирающей свою силу и влияние в галактике Пегас. Вполне вероятно, за Коалицией стоят дженаи.

В поиске ребёнка Тейлы, Майкл и его гибриды захватывают Атлантиду. В то время как гибриды один за другим берут под свой контроль все новые секторы города, взводы Шепарда и Лорна пытаются отбить у них город обратно.

Родни МакКей приглашён на научную презентацию устройства управления погодой. Но совсем скоро все начинает идти не так, как хотелось бы.

На орбите Атлантиды появляется корабль рейфов и присылает просьбу о помощи. Отряд отправляются на разведку и узнает, что рейфов и их улей поразило странное заболевание.

Детектив Джон Шепард и агент ФБР Ричард Вулси расследуют в Лас-Вегасе (шт. Невада) дело, касающееся нескольких убийств, отличительная черта которых — тела выглядят так, как будто из них высосали жизнь. Вполне вероятно, что в Лас-Вегасе орудует голодный рейф.

Команда узнает, что ненасытные Рейфы сумели приобрести несколько МНТ для усиления ещё более устрашающего корабля-улья — и теперь он направляется к Земле.