Алгоритм Смита — Ватермана предназначен для получения локального выравнивания последовательностей , то есть для выявления сходных участков двух нуклеотидных или белковых последовательностей . В отличие от алгоритма Нидлмана — Вунша , который осуществляет выравнивание последовательностей по всей длине, алгоритм Смита — Ватермана сравнивает отрезки всех возможных длин и оптимизирует меру сходства по всем отрезкам и всем выравниваниям этих отрезков.

Алгоритм был предложен и в 1981 . Подобно алгоритму Нидлмана — Вунша, алгоритм Смита — Ватермана использует принцип динамического программирования . Он гарантирует нахождение оптимального, относительно используемой им меры оценки качества, локального выравнивания. Эта мера оценки — так называемый вес, или счёт (Score) выравнивания, предусматривающий использование и (то есть вставки и делеции).

Примечания