Уже в XVIII веке места для захоронений практически не осталось, и было принято решение хоронить
монахов
в саду на горе (нынешняя территория
Ботанического сада НАН Украины
). Примерно тогда же в монастыре стали предавать земле и мирян.
В 1920-е годы кладбище было закрыто, а в 1930—1960-е года практически полностью уничтожено.
Сегодня сохранено или восстановлено чуть более 10 могил.
Персоналии, погребенные на территории Выдубицкого некрополя
Афанасьев, Евгений Иванович
— Доктор медицины, профессор Киевского университета, автор многих научных статей. Способствовал улучшению уровня общественной санитарии в Киеве. При жизни пользовался большим уважением киевлян.
Гандзюк, Яков Григорьевич
— генерал-майор Русской армии, военный деятель Украинской Народной Республики. В январе 1918 года был захвачен в плен и, после отказа перейти на сторону большевиков, расстрелян (на теле найдено 12 штыковых ран). Летом 1918 г. тело генерала нашли в общей могиле на одном из кладбищ и перезахоронили с воинскими почестями на Выдубицком кладбище у монастыря. В 1950-е годы его могила была уничтожена; восстановлена в 1990-х годах в виде памятника с изображением скрещенных сабель с надписью: «Нет больше той любови, как если кто положит душу свою за своих друзей».
Гогоцкий, Сильвестр Сильвестрович
— философ, учёный, доктор философии и древней филологии, заслуженный профессор и декан историко-филологического факультета университета св. Владимира, действительный статский советник.