С VI века до н. э. на месте Влёры существовала греческая колония
Авлон
(
др.-греч.
Αὐλών
)
. В течение IV века до н. э. часто упоминается в качестве важного порта для кораблей, которые плыли из
Отранто
и
Бриндизи
, и переправочного пункта между двумя другими античными городами в Албании
Бутринтом
и
Аполлонией
.
В 1481 году греческий военачальник на неаполитанской службе
Крокодилос Кладас
при поддержке местных греческих и албанских повстанцев отбил город у турок. Город десять лет находился под контролем
Неаполитанского королевства
.
В средние века город был также известен под названием
Вало́на
(
итал.
Valona
).
28 ноября
1912 года
Исмаил Кемали
провозгласил во Влёре независимость страны, город стал первой столицей независимой Албании. В 1920 году, во время
войны с Италией
, Влёра стала местом ожесточённых боёв.
С 1955 по 1962 годы база Паша-Лиман близ
Орикума
использовалась
ВМФ СССР
как военно-морская база, а затем, в связи с выходом Албании из
Варшавского договора
, была потеряна в этом качестве
.