Interested Article - ImageJ

ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений . Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние . Открытый API позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия . ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии , географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО .

Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений , автоматические сравнения вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии . Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений .

Пользоваться ImageJ можно через онлайн- апплет или загрузив приложение. Приложение работает во всех операционных системах , для которых есть виртуальная машина Java Virtual Machine версии от 1.4: Microsoft Windows , Mac OS , Mac OS X , Linux и Sharp Zaurus PDA . Исходный код ImageJ находится в .

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

Особенности

ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, в частности, TIFF , PNG , GIF , JPEG , BMP , DICOM , FITS , а также форматы необработанных (англ. raw) данных. ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, объединенных в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади и статистические показатели пиксельных значений областей изображения, выделяемых вручную или при помощи пороговых функций, измерять расстояния и углы. строить гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает базовые функции обработки изображений, например, логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки , фурье-анализ , повышение резкости, сглаживание , обнаружение границ и медианный фильтр . Программа позволяет выполнять геометрические преобразования : масштабирование , поворот, отражение и т.д. Количество одновременно используемых изображений ограничивается только объёмом доступной памяти.

История

До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа NIH Image для компьютеров Macintosh и операционных систем до Mac OS X . Ее развитием стала программа для работы с изображениями, полученными на сканирующих микроскопах, применяемых для физических исследований. Также была разработана версия для Windows , поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны .

Примечания

— 2006.
Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2007. — July ( vol. 43 , no. 1 Suppl ). — P. 25—30 . — doi : . — .
Girish V., Vijayalakshmi A. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2004. — Vol. 41 , no. 1 . — P. 47 . — . 11 апреля 2011 года.
Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (неопр.) // J Digit Imaging. — 2005. — Т. 18 , № 2 . — С. 91—9 . — doi : . — .
Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2004. — Vol. 64 , no. 2 . — P. 176—184 . — doi : . — .
Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2004. — Vol. 90 , no. 4 . — P. 879—881 . — doi : . — .
Burger W., Burge M. (англ.) . — Springer , 2007. — ISBN 1846283795 . 17 мая 2014 года.
Dougherty, G. (англ.) . — Cambridge University Press , 2009. — ISBN 9780521860857 .
Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) // (англ.) ( : diario. — 2007. — Luglio ( v. 43 , n. 1 Suppl ). — P. 31, 33—6 . — doi : . — .
(неопр.) . Дата обращения: 18 ноября 2008. 20 апреля 2012 года.

Литература

Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Image Processing with ImageJ. — 2nd Edition. — Packt Publishing, 2015. — 256 с. — ISBN 978-1-78588-983-7 .
Борис Шилов, Николай Энглевский. ImageJ Программа для изучения медико-биологических изображений. Руководство для исследователя. — LAP Lambert Academic Publishing, 2013. — 312 с. — ISBN 978-3-659-37594-1 .

Ссылки

от in The Citizen Scientist , the journal of the .

Дистрибутивы

Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.

(рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. ).
, разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.

Подключаемые модули

@ Sourceforge.net
от 15 января 2020 на Wayback Machine
аэроакустика, гистограммы реального времени, деконволюции.
Большой от Gabriel Landini
от Albert Cardona.
Плагины для от GCSCA
плагин для морфологического интеллектуального анализа данных, 3D моделирования, а также сшивания изображений, их регистрации, редактирования и аннотации.
от Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
от Stephan Saalfeld: облегченная SIFT-реализация под GPL, см. больше о
от Ignacio Arganda-Carreras: плагин для жесткой и гибкой регистрации изображений.
от Biomedical Imaging Group (EPFL)
от 6 июля 2011 на Wayback Machine с плагинами ImageJ
в виде плагина ImageJ, Университет Париж-юг XI , Orsay

Программа NIH Image

[_e67c55ca5f6d0f10-1] — 2006.

[2] Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2007. — July ( vol. 43 , no. 1 Suppl ). — P. 25—30 . — doi : . — .

[3] Girish V., Vijayalakshmi A. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2004. — Vol. 41 , no. 1 . — P. 47 . — . 11 апреля 2011 года.

[4] Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (неопр.) // J Digit Imaging. — 2005. — Т. 18 , № 2 . — С. 91—9 . — doi : . — .

[5] Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2004. — Vol. 64 , no. 2 . — P. 176—184 . — doi : . — .

[6] Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2004. — Vol. 90 , no. 4 . — P. 879—881 . — doi : . — .

[7] Burger W., Burge M. (англ.) . — Springer , 2007. — ISBN 1846283795 . 17 мая 2014 года.

[8] Dougherty, G. (англ.) . — Cambridge University Press , 2009. — ISBN 9780521860857 .

[9] Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) // (англ.) ( : diario. — 2007. — Luglio ( v. 43 , n. 1 Suppl ). — P. 31, 33—6 . — doi : . — .

[10] (неопр.) . Дата обращения: 18 ноября 2008. 20 апреля 2012 года.