Interested Article - ImageJ
- 2021-09-06
- 1
ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений . Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние . Открытый API позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия . ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии , географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО .
Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений , автоматические сравнения вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии . Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений .
Пользоваться ImageJ можно через онлайн- апплет или загрузив приложение. Приложение работает во всех операционных системах , для которых есть виртуальная машина Java Virtual Machine версии от 1.4: Microsoft Windows , Mac OS , Mac OS X , Linux и Sharp Zaurus PDA . Исходный код ImageJ находится в .
Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).
Особенности
ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, в частности, TIFF , PNG , GIF , JPEG , BMP , DICOM , FITS , а также форматы необработанных (англ. raw) данных. ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, объединенных в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади и статистические показатели пиксельных значений областей изображения, выделяемых вручную или при помощи пороговых функций, измерять расстояния и углы. строить гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает базовые функции обработки изображений, например, логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки , фурье-анализ , повышение резкости, сглаживание , обнаружение границ и медианный фильтр . Программа позволяет выполнять геометрические преобразования : масштабирование , поворот, отражение и т.д. Количество одновременно используемых изображений ограничивается только объёмом доступной памяти.
История
До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа NIH Image для компьютеров Macintosh и операционных систем до Mac OS X . Ее развитием стала программа для работы с изображениями, полученными на сканирующих микроскопах, применяемых для физических исследований. Также была разработана версия для Windows , поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны .
Примечания
- — 2006.
- Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) // vol. 43 , no. 1 Suppl ). — P. 25—30 . — doi : . — . : journal. — 2007. — July (
- Girish V., Vijayalakshmi A. (англ.) // Vol. 41 , no. 1 . — P. 47 . — . 11 апреля 2011 года. : journal. — 2004. —
- Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (неопр.) // J Digit Imaging. — 2005. — Т. 18 , № 2 . — С. 91—9 . — doi : . — .
- Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) // Vol. 64 , no. 2 . — P. 176—184 . — doi : . — . : journal. — 2004. —
- Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) // Vol. 90 , no. 4 . — P. 879—881 . — doi : . — . : journal. — 2004. —
- Burger W., Burge M. (англ.) . — Springer , 2007. — ISBN 1846283795 . 17 мая 2014 года.
- Dougherty, G. (англ.) . — Cambridge University Press , 2009. — ISBN 9780521860857 .
- Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) // v. 43 , n. 1 Suppl ). — P. 31, 33—6 . — doi : . — . : diario. — 2007. — Luglio (
- . Дата обращения: 18 ноября 2008. 20 апреля 2012 года.
Литература
- Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Image Processing with ImageJ. — 2nd Edition. — Packt Publishing, 2015. — 256 с. — ISBN 978-1-78588-983-7 .
- Борис Шилов, Николай Энглевский. ImageJ Программа для изучения медико-биологических изображений. Руководство для исследователя. — LAP Lambert Academic Publishing, 2013. — 312 с. — ISBN 978-3-659-37594-1 .
Ссылки
- от in The Citizen Scientist , the journal of the .
Дистрибутивы
Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.
- (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. ).
- , разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.
Подключаемые модули
- @ Sourceforge.net
- от 15 января 2020 на Wayback Machine
- аэроакустика, гистограммы реального времени, деконволюции.
- Большой от Gabriel Landini
- от Albert Cardona.
- Плагины для от GCSCA
- плагин для морфологического интеллектуального анализа данных, 3D моделирования, а также сшивания изображений, их регистрации, редактирования и аннотации.
- от Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
- от Stephan Saalfeld: облегченная SIFT-реализация под GPL, см. больше о
- от Ignacio Arganda-Carreras: плагин для жесткой и гибкой регистрации изображений.
- от Biomedical Imaging Group (EPFL)
- от 6 июля 2011 на Wayback Machine с плагинами ImageJ
- в виде плагина ImageJ, Университет Париж-юг XI , Orsay
Программа NIH Image
- 2021-09-06
- 1