Interested Article - 28S рРНК

delana
  • 2021-10-26
  • 1

Филогения митохондриальной и ядерной 28S рибосомной ДНК трех видов моллюсков, принадлежащих к роду Waldo

28S рибосомная РНК — структурная рибосомная РНК (рРНК) эукариотических цитоплазматических рибосом и, таким образом, одна из основных компонентов всех эукариотических клеток. Она имеет размер 25S у растений и 28S у млекопитающих, отсюда название 25S – 28S рРНК .

В сочетании с на 5'-стороне, это эукариотический ядерный гомолог и рибосомной РНК .

Использование в филогении

Гены, кодирующие 28S рРНК, называют 28S рДНК. Сравнение последовательностей этих генов иногда используется в молекулярном анализе для построения филогенетических деревьев , например, у простейших , грибов , насекомых , тихоходок , и позвоночных .

Состав

28S рРНК имеет длину, как правило, 4000–5000 нт .

У некоторых эукариот 28S рРНК в рибосоме расщеплена на две части, что может происходить как до сборки рибосомы, так и после сборки. На последнее указывает поверхностное расположение места разреза в одном из исследований . Явление названо «скрытым разрывом» (hidden break) .

Базы данных

Несколько баз данных предоставляют выравнивания и последовательностей рРНК LSU для целей:

  • RDP, Проект базы данных рибосом;
  • SILVA, проект базы данных генов рибосомных РНК.

Примечания

  1. Lodish, Harvey F. / Harvey F. Lodish, James E. Darnell. — Scientific American Books, 1995-01-01. — ISBN 978-0-7167-2380-6 .
  2. Eperon, I. C. (1980-07-31). "Distinctive sequence of human mitochondrial ribosomal RNA genes". Nature (англ.) . 286 (5772): 460—467. doi : . PMID .
  3. Doris, Stephen M. (October 2015). "Universal and domain-specific sequences in 23S–28S ribosomal RNA identified by computational phylogenetics". RNA . 21 (10): 1719—1730. doi : .
  4. Lafontaine, D. L. J. (2001). "The function and synthesis of ribosomes". Nature Reviews Molecular Cell Biology . 2 (7): 514—520. doi : . PMID .
  5. Baroin, A. (1988-05-01). "Partial phylogeny of the unicellular eukaryotes based on rapid sequencing of a portion of 28S ribosomal RNA". Proceedings of the National Academy of Sciences (англ.) . 85 (10): 3474—3478. doi : . ISSN . PMID .
  6. James, Timothy Y. (2006). "Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny". Nature . 443 (7113): 818—822. doi : . PMID .
  7. Whiting, Michael F. (1997-03-01). "The Strepsiptera Problem: Phylogeny of the Holometabolous Insect Orders Inferred from 18S and 28S Ribosomal DNA Sequences and Morphology". Systematic Biology (англ.) . 46 (1): 1—68. doi : . ISSN . PMID .
  8. Jørgensen, Aslak (2010-03-01). "Molecular phylogeny of Arthrotardigrada (Tardigrada)". Molecular Phylogenetics and Evolution . 54 (3): 1006—1015. doi : . PMID .
  9. Le, Hoc Lanh Vân (1993-03-01). "A 28S rRNA-Based Phylogeny of the Gnathostomes: First Steps in the Analysis of Conflict and Congruence with Morphologically Based Cladograms". Molecular Phylogenetics and Evolution . 2 (1): 31—51. doi : . PMID .
  10. Mallatt, Jon (December 1998). . Molecular Biology and Evolution . 15 (12): 1706—1718. doi : . PMID .
  11. ↑ Natsidis, Paschalis (December 2019). "Computational discovery of hidden breaks in 28S ribosomal RNAs across eukaryotes and consequences for RNA Integrity Numbers". Scientific Reports . 9 (1): 19477. doi : .
  12. Ben-Shem, A. et al. The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Å resolution. Science. 334, 1524–1529 (2011).
  13. . RDP Release 11, Update 5 (30 сентября 2016). Дата обращения: 31 декабря 2016. 19 августа 2020 года.
  14. Olsen, G. J. (1992-05-11). "The Ribosomal Database Project". Nucleic Acids Research . 20 (suppl): 2199—2200. doi : . ISSN . PMID .
  15. Cole, James R. (2014-01-01). "Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis". Nucleic Acids Research . 42 (D1): D633—D642. doi : . ISSN . PMID .
  16. Quast, C. (2013-01-01). "The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools". Nucleic Acids Research . 41 (D1): D590—D596. doi : . ISSN . PMID .
Источник —

delana
  • 2021-10-26
  • 1
  • Tags:

Same as 28S рРНК

The title for the last searches