Interested Article - Гистондеацетилаза 3

tammi
  • 2020-07-29
  • 1

Гистондеацетилаза 3 ( англ. Histone deacetylase 3 ) — фермент , кодируемый у человека геном HDAC3 .

Функция

Гистоны играют важнейшую роль в регуляции транскрипции , клеточного цикла и процессов развития. Ацетилирование/деацетилирование гистонов изменяет структуру хромосом и влияет на доступ факторов транскрипции к ДНК . Белок , кодируемый этим геном принадлежит семейству гистондезацетилаз/acuc/APHA. Он имеет функциональность гистондеацетилазы и подавляет транскрипцию, когда связан с промотором . Он может участвовать в регуляции транскрипции путём связывание с фактором транскрипции цинковый палец YY1 . Этот белок также может негативно регулировать функцию p53 и, таким образом, модулировать рост клеток и апоптоз . Этот ген рассматривается в качестве потенциального гена-супрессора опухоли .

Этот фермент участвует в координации синантропного бактериально-зависимого кишечного гомеостаза при экспрессии в эпителиальных клетках кишечника.

Альтернативные функции

Гистондезацетилазы могут регулировать с помощью эндогенных факторов, биологически активных компонентов, синтетических ингибиторов и бактериально полученных сигналов. Исследования на мышах с определённой делецтией HDAC3 в (IEC) показали экспрессию гена дерегулированных IEC. В этих делециях мутантных мышей, наблюдались потеря клеток Панета , нарушение функции IEC и изменения в составе кишечных комменсальных бактерий. Тот факт что эти негативные эффекты не наблюдались у стерильных мышей, указывает на то, что эффекты делеции видны только в присутствии кишечной микробной колонизации. Но негативные последствия делеций HDAC3 происходят не из-за наличия изменённого микробиоценоза, потому что колонии нормальных стерильных мышей с изменённой микрофлорой не показали негативных эффектов, наблюдаемых у делеционных мутантов.

Хотя точный механизм и специфика сигналов не вполне понятны, ясно что HDAC3 взаимодействует с полученными сигналами синантропных бактерий кишечной микрофлоры . Эти взаимодействия ответственны за калибровки откликов эпителиальных клеток в плане необходимости установки нормальных отношений между хостовыми и синантропными клетками, а также для поддержания кишечного гомеостаза .

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при исследовании функций HDAC3. Условная линия * , называемая Hdac3 tm1a(EUCOMM)Wtsi была создана в рамках программы , проектом мутагенеза с высокой пропускной способностью генерирации и распространения животных моделей болезней заинтересованным ученым .

Мужские и женские особи проходили стандартизированный фенотипический скриннинг для определения последствий делеции .

Двадцать шесть тестов проводились на мутантных мышах и наблюдались два существенных нарушения . Не было гомозиготных мутантных эмбрионов определено во время беременности, и в отдельных исследованиях ни доживали до конца лактации. Остальные тесты были проведены на гетерозиготных мутантных взрослых мышах; никаких существенных отклонений не наблюдались у этих животных .

Взаимодействия

HDAC3, как было выявлено, взаимодействует с:

См. также

Примечания

  1. ↑ - Ensembl , May 2017
  2. ↑ - Ensembl , May 2017
  3. Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. Emiliani S., Fischle W., Van Lint C., Al-Abed Y., Verdin E. Characterization of a human RPD3 ortholog, HDAC3 (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1998. — April ( vol. 95 , no. 6 ). — P. 2795—2800 . — doi : . — . — PMC .
  6. Dangond F., Hafler D.A., Tong J.K., Randall J., Kojima R., Utku N., Gullans S.R. Differential display cloning of a novel human histone deacetylase (HDAC3) cDNA from PHA-activated immune cells (англ.) // (англ.) ( : journal. — 1998. — March ( vol. 242 , no. 3 ). — P. 648—652 . — doi : . — .
  7. .
  8. Donohoe D.R., Bultman S.J. Metaboloepigenetics: interrelationships between energy metabolism and epigenetic control of gene expression (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2012. — Vol. 227 , no. 9 . — P. 3169—3177 . — doi : . — . — PMC .
  9. Haberland M., Montgomery R.L., Olson E.N. The many roles of histone deacetylases in development and physiology: implications for disease and therapy (англ.) // Nat. Rev. Genet. : journal. — 2009. — Vol. 10 , no. 1 . — P. 32—42 . — doi : . — . — PMC .
  10. Kim G.W., Gocevski G., Wu C.J., Yang X.J. Dietary, metabolic, and potentially environmental modulation of the lysine acetylation machinery (англ.) // Int J Cell Biol : journal. — 2010. — Vol. 2010 . — P. 632739 . — doi : . — . — PMC .
  11. Dashwood R.H., Ho E. Dietary histone deacetylase inhibitors: from cells to mice to man (англ.) // Semin. Cancer Biol. : journal. — 2007. — Vol. 17 , no. 5 . — P. 363—369 . — doi : . — . — PMC .
  12. . Дата обращения: 25 мая 2015. Архивировано из 20 марта 2012 года.
  13. . Дата обращения: 25 мая 2015. 24 сентября 2015 года.
  14. Skarnes W.C., Rosen B., West A.P., Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica A.O., Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong P.J., Stewart A.F., Bradley A. A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function (англ.) // Nature : journal. — 2011. — Vol. 474 , no. 7351 . — P. 337—342 . — doi : . — . — PMC .
  15. Dolgin E. Mouse library set to be knockout (англ.) // Nature. — 2011. — June ( vol. 474 , no. 7351 ). — P. 262—263 . — doi : . — .
  16. Collins F.S., Rossant J., Wurst W. A mouse for all reasons (англ.) // Cell . — Cell Press , 2007. — January ( vol. 128 , no. 1 ). — P. 9—13 . — doi : . — .
  17. ↑ Gerdin A.K. The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2010. — Vol. 88 , no. S248 . — doi : .
  18. van der Weyden L., White J.K., Adams D.J., Logan D.W. The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2011. — Vol. 12 , no. 6 . — P. 224 . — doi : . — . — PMC .
  19. Hoogeveen A.T., Rossetti S., Stoyanova V., Schonkeren J., Fenaroli A., Schiaffonati L., van Unen L., Sacchi N. The transcriptional corepressor MTG16a contains a novel nucleolar targeting sequence deranged in t (16; 21)-positive myeloid malignancies (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2002. — September ( vol. 21 , no. 43 ). — P. 6703—6712 . — doi : . — .
  20. Amann J.M., Nip J., Strom D.K., Lutterbach B., Harada H., Lenny N., Downing J.R., Meyers S., Hiebert S.W. ETO, a target of t(8;21) in acute leukemia, makes distinct contacts with multiple histone deacetylases and binds mSin3A through its oligomerization domain (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2001. — October ( vol. 21 , no. 19 ). — P. 6470—6483 . — doi : . — . — PMC .
  21. Petre-Draviam C.E., Williams E.B., Burd C.J., Gladden A., Moghadam H., Meller J., Diehl J.A., Knudsen K.E. A central domain of cyclin D1 mediates nuclear receptor corepressor activity (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2005. — January ( vol. 24 , no. 3 ). — P. 431—444 . — doi : . — .
  22. Lin H.M., Zhao L., Cheng S.Y. Cyclin D1 Is a Ligand-independent Co-repressor for Thyroid Hormone Receptors (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — August ( vol. 277 , no. 32 ). — P. 28733—28741 . — doi : . — .
  23. Watamoto K., Towatari M., Ozawa Y., Miyata Y., Okamoto M., Abe A., Naoe T., Saito H. Altered interaction of HDAC5 with GATA-1 during MEL cell differentiation (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2003. — December ( vol. 22 , no. 57 ). — P. 9176—9184 . — doi : . — .
  24. Ozawa Y., Towatari M., Tsuzuki S., Hayakawa F., Maeda T., Miyata Y., Tanimoto M., Saito H. Histone deacetylase 3 associates with and represses the transcription factor GATA-2 (англ.) // (англ.) ( : journal. — (англ.) ( , 2001. — October ( vol. 98 , no. 7 ). — P. 2116—2123 . — doi : . — .
  25. ↑ Zhang J., Kalkum M., Chait B.T., Roeder R.G. The N-CoR-HDAC3 nuclear receptor corepressor complex inhibits the JNK pathway through the integral subunit GPS2 (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2002. — March ( vol. 9 , no. 3 ). — P. 611—623 . — doi : . — .
  26. Wen Y.D., Cress W.D., Roy A.L., Seto E. Histone deacetylase 3 binds to and regulates the multifunctional transcription factor TFII-I (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — January ( vol. 278 , no. 3 ). — P. 1841—1847 . — doi : . — .
  27. Tussié-Luna M.I., Bayarsaihan D., Seto E., Ruddle F.H., Roy A.L. Physical and functional interactions of histone deacetylase 3 with TFII-I family proteins and PIASxbeta (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2002. — October ( vol. 99 , no. 20 ). — P. 12807—12812 . — doi : . — . — PMC .
  28. ↑ Fischle W., Dequiedt F., Fillion M., Hendzel M.J., Voelter W., Verdin E. Human HDAC7 histone deacetylase activity is associated with HDAC3 in vivo (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — September ( vol. 276 , no. 38 ). — P. 35826—35835 . — doi : . — .
  29. ↑ Grozinger C.M., Hassig C.A., Schreiber S.L. Three proteins define a class of human histone deacetylases related to yeast Hda1p (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1999. — April ( vol. 96 , no. 9 ). — P. 4868—4873 . — doi : . — . — PMC .
  30. ↑ Fischle W., Dequiedt F., Hendzel M.J., Guenther M.G., Lazar M.A., Voelter W., Verdin E. Enzymatic activity associated with class II HDACs is dependent on a multiprotein complex containing HDAC3 and SMRT/N-CoR (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2002. — January ( vol. 9 , no. 1 ). — P. 45—57 . — doi : . — .
  31. ↑ Grozinger C.M., Schreiber S.L. Regulation of histone deacetylase 4 and 5 and transcriptional activity by 14-3-3-dependent cellular localization (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2000. — July ( vol. 97 , no. 14 ). — P. 7835—7840 . — doi : . — . — PMC .
  32. Petrie K., Guidez F., Howell L., Healy L., Waxman S., Greaves M., Zelent A. The histone deacetylase 9 gene encodes multiple protein isoforms (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — May ( vol. 278 , no. 18 ). — P. 16059—16072 . — doi : . — .
  33. Zhou X., Richon V.M., Rifkind R.A., Marks P.A. Identification of a transcriptional repressor related to the noncatalytic domain of histone deacetylases 4 and 5 (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2000. — February ( vol. 97 , no. 3 ). — P. 1056—1061 . — doi : . — . — PMC .
  34. Baek S.H., Ohgi K.A., Rose D.W., Koo E.H., Glass C.K., Rosenfeld M.G. Exchange of N-CoR corepressor and Tip60 coactivator complexes links gene expression by NF-kappaB and beta-amyloid precursor protein (англ.) // Cell : journal. — Cell Press , 2002. — July ( vol. 110 , no. 1 ). — P. 55—67 . — doi : . — .
  35. Mahlknecht U., Will J., Varin A., Hoelzer D., Herbein G. Histone deacetylase 3, a class I histone deacetylase, suppresses MAPK11-mediated activating transcription factor-2 activation and represses TNF gene expression (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2004. — September ( vol. 173 , no. 6 ). — P. 3979—3990 . — doi : . — .
  36. ↑ Yoon H.G., Chan D.W., Reynolds A.B., Qin J., Wong J. N-CoR mediates DNA methylation-dependent repression through a methyl CpG binding protein Kaiso (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2003. — September ( vol. 12 , no. 3 ). — P. 723—734 . — doi : . — .
  37. ↑ Yoon H.G., Chan D.W., Huang Z.Q., Li J., Fondell J.D., Qin J., Wong J. Purification and functional characterization of the human N-CoR complex: the roles of HDAC3, TBL1 and TBLR1 (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2003. — March ( vol. 22 , no. 6 ). — P. 1336—1346 . — doi : . — . — PMC .
  38. ↑ Li J., Wang J., Wang J., Nawaz Z., Liu J.M., Qin J., Wong J. Both corepressor proteins SMRT and N-CoR exist in large protein complexes containing HDAC3 (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2000. — August ( vol. 19 , no. 16 ). — P. 4342—4350 . — doi : . — . — PMC .
  39. ↑ Underhill C., Qutob M.S., Yee S.P., Torchia J. A novel nuclear receptor corepressor complex, N-CoR, contains components of the mammalian SWI/SNF complex and the corepressor KAP-1 (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2000. — December ( vol. 275 , no. 51 ). — P. 40463—40470 . — doi : . — .
  40. ↑ Guenther M.G., Lane W.S., Fischle W., Verdin E., Lazar M.A., Shiekhattar R. A core SMRT corepressor complex containing HDAC3 and TBL1, a WD40-repeat protein linked to deafness (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2000. — May ( vol. 14 , no. 9 ). — P. 1048—1057 . — . — PMC .
  41. ↑ Guenther M.G., Yu J., Kao G.D., Yen T.J., Lazar M.A. Assembly of the SMRT-histone deacetylase 3 repression complex requires the TCP-1 ring complex (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2002. — December ( vol. 16 , no. 24 ). — P. 3130—3135 . — doi : . — . — PMC .
  42. ↑ Franco P.J., Li G., Wei L.N. Interaction of nuclear receptor zinc finger DNA binding domains with histone deacetylase (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2003. — August ( vol. 206 , no. 1—2 ). — P. 1—12 . — doi : . — .
  43. Shi Y., Hon M., Evans R.M. The peroxisome proliferator-activated receptor delta, an integrator of transcriptional repression and nuclear receptor signaling (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2002. — March ( vol. 99 , no. 5 ). — P. 2613—2618 . — doi : . — . — PMC .
  44. Wu W.S., Vallian S., Seto E., Yang W.M., Edmondson D., Roth S., Chang K.S. The growth suppressor PML represses transcription by functionally and physically interacting with histone deacetylases (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2001. — April ( vol. 21 , no. 7 ). — P. 2259—2268 . — doi : . — . — PMC .
  45. Nicolas E., Ait-Si-Ali S., Trouche D. The histone deacetylase HDAC3 targets RbAp48 to the retinoblastoma protein (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2001. — August ( vol. 29 , no. 15 ). — P. 3131—3136 . — doi : . — . — PMC .
  46. Fischle W., Verdin E., Greene W.C. Duration of nuclear NF-kappaB action regulated by reversible acetylation (англ.) // Science : journal. — 2001. — August ( vol. 293 , no. 5535 ). — P. 1653—1657 . — doi : . — .
  47. Fajas L., Egler V., Reiter R., Hansen J., Kristiansen K., Debril M.B., Miard S., Auwerx J. The retinoblastoma-histone deacetylase 3 complex inhibits PPARgamma and adipocyte differentiation (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2002. — December ( vol. 3 , no. 6 ). — P. 903—910 . — doi : . — .
  48. Lai A., Lee J.M., Yang W.M., DeCaprio J.A., Kaelin W.G., Seto E., Branton P.E. RBP1 recruits both histone deacetylase-dependent and -independent repression activities to retinoblastoma family proteins (англ.) // (англ.) ( : journal. — 1999. — October ( vol. 19 , no. 10 ). — P. 6632—6641 . — . — PMC .
  49. Schroeder T.M., Kahler R.A., Li X., Westendorf J.J. Histone deacetylase 3 interacts with runx2 to repress the osteocalcin promoter and regulate osteoblast differentiation (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2004. — October ( vol. 279 , no. 40 ). — P. 41998—42007 . — doi : . — .
  50. Vaute O., Nicolas E., Vandel L., Trouche D. Functional and physical interaction between the histone methyl transferase Suv39H1 and histone deacetylases (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2002. — January ( vol. 30 , no. 2 ). — P. 475—481 . — doi : . — . — PMC .
  51. Li G., Franco P.J., Wei L.N. Identification of histone deacetylase-3 domains that interact with the orphan nuclear receptor TR2 (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2003. — October ( vol. 310 , no. 2 ). — P. 384—390 . — doi : . — .
  52. Franco P.J., Farooqui M., Seto E., Wei L.N. The orphan nuclear receptor TR2 interacts directly with both class I and class II histone deacetylases (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2001. — August ( vol. 15 , no. 8 ). — P. 1318—1328 . — doi : . — .
  53. Tan F., Lu L., Cai Y., Wang J., Xie Y., Wang L., Gong Y., Xu B.E., Wu J., Luo Y., Qiang B., Yuan J., Sun X., Peng X. Proteomic analysis of ubiquitinated proteins in normal hepatocyte cell line Chang liver cells (англ.) // Proteomics : journal. — 2008. — July ( vol. 8 , no. 14 ). — P. 2885—2896 . — doi : . — .
  54. Yang W.M., Yao Y.L., Sun J.M., Davie J.R., Seto E. Isolation and characterization of cDNAs corresponding to an additional member of the human histone deacetylase gene family (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 1997. — October ( vol. 272 , no. 44 ). — P. 28001—28007 . — doi : . — .
  55. Yao Y.L., Yang W.M., Seto E. Regulation of transcription factor YY1 by acetylation and deacetylation (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2001. — September ( vol. 21 , no. 17 ). — P. 5979—5991 . — doi : . — . — PMC .

Литература

  • Verdin E., Dequiedt F., Kasler H.G. Class II histone deacetylases: versatile regulators (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2003. — Vol. 19 , no. 5 . — P. 286—293 . — doi : . — .

Ссылки

Источник —

tammi
  • 2020-07-29
  • 1
  • Tags:

Same as Гистондеацетилаза 3

The title for the last searches