С 1990 года — командир разведвзвода 75-й мотострелковой дивизии в Закавказье (
Нахичевань
).
1992-1993 гг. - командир группы специального назначения 2 батальона 9 отдельной бригады специального назначения (в/ч 83483, г. Кировоград, Украина) Южного оперативного командования (г. Одесса, Украина) ВС Украины.
С конца 1993 года — командир группы специального назначения в 218-м отдельном батальоне специального назначения
Московского военного округа
.
С 1994 года — командир группы, после — заместитель командира отряда и командир отряда специального назначения. Участник ликвидации межнациональных вооружённых конфликтов, первой и второй чеченских войн. В январе 1995 года был тяжело ранен в голову в Чеченской республике.
С 2000 года — заместитель командира 45-го отдельного разведывательного полка (город Кубинка Московской области).
В 2001 году
Указом Президента Российской Федерации
от 4 августа 2001 года за мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга на территории Северо-Кавказского региона, подполковнику Панькову Вадиму Ивановичу присвоено звание
Героя Российской Федерации
с вручением медали «Золотая звезда» (№ 732).
В 2007 году — старший офицер разведывательного отдела штаба Воздушно-десантных войск, в том же году возвращён на должность заместителя командира 45-го отдельного разведывательного полка.
В июне 2012 года стал дипломантом вручаемой «Союзом десантников России» совместно с Союзом ветеранов военной разведки Премии «Общественное признание» в номинации «Служба Родине в Воздушно-десантных войсках и войсках специального назначения»
.