Interested Article - Биоинформатика

Целью проекта «Биоинформатика» является создание и улучшение русскоязычных статьей, посвященных высокопроизводительным технологиям современной биологии и методам биоинформатического анализа данных. Улучшение статьей является частью учебного процесса студентов ФББ МГУ , ФКН ВШЭ и ШБ. Этот проект в значительной степени вдохновлен аналогичным проектом в МФТИ .

Правила

  1. Участники могут выбрать одну из статей представленных в таблице ниже или предложить статью самостоятельно, в этом случае статью необходимо согласовать с преподавателем.
  2. Целью работы является получение статьей статуса добротной или улучшения ее статуса в ряду добротная-хорошая-избранная. Улучшение статуса автоматически обозначает получение максимального балла. Пожалуйста, ознакомьтесь с требованиями к статье и процедурой выдвижения
  3. Над каждой статьей работают два студента: вы можете сами выбрать, с кем вы работаете над статьей.
  4. Выбрав статью, вы должны сами вписать свои имена и ники в таблицу ниже.
  5. Статью необходимо подготовить не позднее 24.04.2020 и прислать ссылку на нее преподавателю для проверки текста
  6. Статья, не получившая статус, может быть зачтена в том случае, если она
    1. Была согласована с преподавателем и выдвинута на статус добротной не позднее 03.05.2020
    2. Все замечания, высказанные опытными участниками Википедии до 03.05.2020, должны были учтены, а необходимые исправления внесены до 12.05.2020.
  7. Проверка будет осуществляться по состоянию на 12.05.2020

Кураторы проекта

Статьи, над которым работают участники проекта (2020 год)

Статья Участники Ники Что сделать Статус, дата сдачи
Количественный анализ экспрессии генов улучшить структуру, расширить
Транскриптомика одиночных клеток Потанина, Скаков Darya Potanina Согласовано 03.05.2020, получен статус
Анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов (WGCNA) Азбукина, Мыларщиков DmitryOne Согласовано 20.04.20, номинировано, ведется работа
ChIP-seq Мищенко, Галкин Prosto polinushka, Scibroth добавить новую информацию о модификациях, обновить информацию о софте Согласовано 18.04.2020, номинировано
Поиск пиков в данных ChiP-Seq
Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов in silico Кучеренко Creepyorange
Функциональная аннотация геномов млекопитающих Бартыш, Гладнева Katyabartysh, Eva Tern Согласовано 12.04.2020, получен статус
Энциклопедия_элементов_ДНК
Молекулярный докинг Елизарова evel147 Дополнить информацией из литературы и статей Согласовано 18.04.20, получен статус
Вложенная полимеразная цепная реакция Буян, Кравченко Павел Крав Перевести на русский, обязательно добавить раздел про nested PCR в основную статью Полимеразная цепная реакция и связать с новой страницей Согласовано 29.03.2020, получен статус
Полимеразная цепная реакция в реальном_времени Чашникова, Миронова mimiroha Сделать текст более структурированным, дополнить совеременной информацией про приложения, связать с ChIP и Количественным анализом экспрессии Согласовано 12.05.2020, номинировано, замечания учтены
16S рРНК Гусева, Юдина Eguseva Дополнить, дописать, зачем используется и почему, связать с релевантными страницами Согласовано 30.03.2020, получен статус
Методы секвенирования нового поколения Веселова, Никитин yas0n1a, Nikkent Дополнить, структурировать текст, добавить иллюстрации и примеры Согласовано 23.04.2020, получен статус
Микробиом Камышева, Шпудейко Дополнить, структурировать текст, добавить иллюстрации и примеры Согласовано 29.03.2020, получен статус
Предсказание структуры белка Угольков, Васильева Ugol24d Дополнить - перечислить подходы, софт, etc Согласовано 20.04.2020, получен статус
Модель замен Довести до добротной
FASTA Бусыгин Дополнить, довести до добротной Согласовано 16.04.2020, получен статус
Молекулярная эволюция Цветков, Григорьян Расширить Согласовано 22.04.2020, номинировано, проигнорированы замечания
Двугибридный анализ Серебренникова, Морозов Дополнить, сделать более читаемой. Согласовано 23.04.2020, номинировано, ведется работа
Нанопоровое секвенирование Календр, Рюмина E.caterina Ryu, Romanbioengee Дописать про методы анализа, довести до добротной Согласовано 14.04.2020, получен статус
Количественный анализ альтернативного сплайсинга Ириоглов, Черкашина Дополнить примерами, структурировать Согласовано 24.04.2020, номинировано
Сборка Golden Gate Зинкевич Arsen-z Перевести на русский и доработать Согласовано 20.04.2020, получен статус, статья рекомендована в хорошие.
ATAC-seq Минина Minina Создание новой статьи Согласовано 05.03.2020, получен статус
Эпигеномика Минина Minina Создание новой статьи Согласовано 05.03.2020, получен статус
Пространственная транскриптомика Козюлина, Гурылева Создание новой статьи Согласовано 24.04.2020, получен статус
Биоинформатика Попов А, Селифанова М Привести в порядок, добавить актуальную информацию

Архив

(2019 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Статья Участники Ники Что сделать Статус
Групповой анализ дифференциальной экспрессии Маргасюк, Посицельская Sergey Margasyuk получен статус
Количественный анализ экспрессии генов Николаева согласовано, требуются стилистические правки
Транскриптомика одиночных клеток Исаев, Карпухина serj.hop AnnShw
Анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов (WGCNA)
Секвенирование РНК Морозова morozova_ea обновить согласовано, получен статус
Визуализация данных секвенирования РНК Волынкина, Галивонджян InnaVolynkina Добавить новую информацию, подробнее описать, подправить битые ссылки согласовано, получен статус
Коррекция на множественное тестирование Матвейшина, Котюргин Mek1314 получен статус
ChIP-seq Сефербекова, Теплова zairasef, AdaTeplova добавить новую информацию о модификациях, улучшить текст, связать с поиском пиков согласовано, получен статус
Поиск пиков в данных ChiP-Seq
Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов in silico
секвенирование экзома Карань, Пиунова akartar.n, согласовано, получен статус
Функциональная аннотация геномов млекопитающих
Кэп-анализ_экспрессии_генов_(CAGE) Васильева, Шагиев Yeessa, Cyber500 получен статус
Cytoscape Кузнецова, Максимов согласовано, получен статус
SAMtools Аксенова, Панова Maribish, Nooroka согласовано, получен статус
Предсказание генов Борисов, Зареченская согласовано, получен статус
Проект «Раковый геном» Рюмин, Чаплий ruminkd, chaplyk согласовано, получен статус
Энциклопедия_элементов_ДНК
AutoDock Герасева, Преображенская Geraseva сделать текст более читаемым, улучшить структуру согласовано, получен статус
Молекулярный докинг Усманов, Положинцев Rustamusmanov973, Temasonos Дополнить информацией из литературы и статей согласовано
Промотор Литвин, Радкевич Litvinanna, Emir.radkevich Улучшить, добавить инструменты поиска Согласовано, получен статус
Выравнивание последовательностей Гавриш, Авдюнина GGleb42WP, P.avdiunina Расширить статью, добавить информацию согласовано, получен статус
Калашникова, Гладкова AKalashnikova, Gladmarine перевести, придумать русское название согласовано, получен статус

(2018 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Статья Участник[и] Ник[и]
Групповой анализ дифференциальной экспрессии Широковских, Байкузина Tana_shir, P.baikuzina
Транскриптомика одиночных клеток
GenBank Фролова, Шошинова Froltasa, GloomyArmA
Анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов (WGCNA)
Коррекция на множественное тестирование
Визуализация данных секвенирования РНК
Кэп-анализ_экспрессии_генов_(CAGE)
Модель_замен Корзина Askorzina
Поиск пиков в данных ChiP-Seq
Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов in silico
Секвенирование РНК
секвенирование экзома
Функциональная аннотация геномов млекопитающих
Cytoscape
Теплокарта Стариков, Ефремов Staytunedpls, Aleks.a.efremov
Генная_онтология Желтова, Самборская Annetezv, margarita.samborskaya
SAMtools
Интерактом Кашко, Кудрин Natilika,
Предсказание генов
Проект «Раковый геном»
Энциклопедия_элементов_ДНК
FAIRE-Seq Князева, Медведева Naguest, Mmutilda
Секвенирование древней ДНК Шугаева, Дианкин Talianash, Warrdeyl
Формат файлов GFF Сафронов, Мальков Grigorij Saf, Ne0blako
(перевод) Горбачева, Ильницкий DariaGorbacheva, ilnitsky_ivan
(перевод) Николаева, Сигорских Daria Nikolaeva, Andrey Sigorskikh
(перевод) Очередько, Бойко Boiko.sash, elenaoch
(перевод) Макарова, Волик makarve,

(2017 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Статья Количество студентов на статью Участник[и] Ник[и]
Ensembl 2 Злобин, Маслова alex_the_evil, Valmarfgecnf
Групповой анализ дифференциальной экспрессии 2
Мотив (молекулярная биология) 2 Молдован, Пензар Arajmob,Dmitrypenzar1996
Транскриптомика одиночных клеток 2 Адамейко, Галкин Delfinio, Radiation7
Метод дробовика 2 Беженцев, Сахарова Malenkaya vrednaya polymeraza, Eka_Sa
ДНК-микрочип 2 Кузнецова, Ливенский kuznetmaria, livenskyi
TopHat 2 Березина, Валяева Krevetkakrevetochka, Annvalyaeva
KEGG 2 Скибина Е., Волосникова М. ES Skibina, Marinarazdvatri
UniProt 2 Дидковская Н., Санжаева У. Nataliyadi, USanzhaeva
Белок-белковые взаимодействия 2 Хвень, Яровенко Irishkasuperfresh, Brokoro
AutoDock 2 Белоусов, Пушкарёва belv, opushkareva
GenBank 2 Кузнецов, Софронова
Анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов (WGCNA) 2
Коррекция на множественное тестирование 2 Степаков, Менделевич , Strausyatina
Логотип последовательностей 2 Рябых, Погорельская alexapogorelskaya
Фармакогенетика 2 Безсуднова, Мухалева Redgzb, Bezu
MEME 2 Хачатурян, Буянова Zyukeriya, sonya_sofia7
Атлас ракового генома 2 Швецова, Корягина theurgeforhappiness, liluoppi
BWA (выравнивание биологических последовательностей) 1 Prosvirov Kirill Akado2009
STRING 1 Кононкова A_Kononkova
Визуализация данных секвенирования РНК 1
Кэп-анализ_экспрессии_генов_(CAGE) 1 Елена Шушкевич ElenaShush
Модель_замен 1
Поиск пиков в данных ChiP-Seq 1
Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов in silico 1
Секвенирование РНК 1 Ася Стол smartnbeautiful
секвенирование экзома 1 Дюгай Илья
Функциональная аннотация геномов млекопитающих 1 Ксения Янкина Salatcesar
Cytoscape 1 Ковальчук Михаил kvlml
ChIP-seq 1 Ярослав Лозинский Lozinsky.yaroslav
Теплокарта 1 Симонова Александра alexandrevna
Генная_онтология 1 Сегодин Виталий MC Poh
Метод присоединения соседей 1 Тихонова Полина tikhonovapolly
Pfam 1 Мошенский Денис loven-doo
SAMtools 1 Холина Татьяна rainy_TK
Анализ метаболических потоков 1 Демкив Андрей Andrey_demkiv
Байесовский подход в филогенетике 1 Худякова Ксения khudyakova
Интерактом 1 Богдан Кириллов Bakirillov
Позиционная весовая матрица 1 Сингх Лавприт Preety
Предсказание генов 1 Чайников Антон mrgutkun
Проект «Раковый геном» 1 Теванян Элен Элен Теванян
Энциклопедия_элементов_ДНК 1 Филиппова Екатерина edfilippova
FAIRE-Seq 1 Миронов Алексей
Секвенирование древней ДНК 1 Кунин Михаил
Формат файлов GFF 1 Ольга Васюткина sunnymouse

(2016 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Участник[и] Ник[и] Статья Комментарий Статус дата окончания правки
Панкевич Pankevich-ev STARR-seq перевод согласовано
Образцова, Попов Alcedattis Пространственное_выравнивание перевод согласовано
Гафуров, Меерсон, Носикова FBA Анализ_метаболических_потоков перевод, согласовано
Дудина, Елисеев, Малеева Dudinadar, Glennerad Секретомика перевод, согласовано
Абдрахманов, Анисимова SunnyBeque Метагеномика перевод согласовано
Галкин Фёдор Предсказание генов перевод согласовано
Босхомджиева Баина, Андреева Анна bainabos, lazyraccoon Интерактом перевод согласовано
Гусев, Евстафьева, Желудкевич zheludkevich.anna Коррекция на множественное тестирование доведение до статуса добротной согласовано
Нуждина Екатерина Alezanalp BWA (выравнивание биологических последовательностей) создание новой статьи, применение, алгоритмы, проблемы список литературы согласован
Беседина Лиза, Вакуленко Юля biobesedina, vakulenko_julia Байесовский подход в филогенетике Перевод согласовано
Шафиков Радик iltarn.mos Секвенирование ДНК одиночных клеток создание новой статьи согласовано
Травин Дмитрий, Трушина Наталия, Козлова Мария TravinD, Nitrushina Баркодирование ДНК перевод согласовано
Мазитова Саша AlMazitova Метод дробовика перевод согласовано
Минькина Елена Meatargz Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов in silico создание новой статьи согласовано
Тишина Соня, Федорова Алла sonirabi, Triasteran Множественное_выравнивание_последовательностей перевод согласовано
Марсиаль Mahoul Ensembl перевод согласовано
Сутормин Дмитрий, Новикова Мария, Ежова Маргарита sutormin94, Vadius Marie, rita501 Вызов пиков создание новой статьи согласовано, нет списка литературы
Кунин Михаил mikhail_kunin GenBank перевод согласовано
Медведев, Мамедов D.o.medvedev, Z_Krookie Фармакогенетика перевод согласовано
Котлов avkitex AutoDock перевод и дополнение AutoDock согласовано
Бикметов Bikdm Анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов (WGCNA) перевод Согласовано
Трофимов Предсказание функции белка перевод не согласовано

(2015 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Участник[и] Ник[и] Статья Комментарий Статус дата окончания правки
Алешин Vasily msu11 Кэп-анализ_экспрессии_генов_(CAGE) улучшение существующей статьи источники согласованы
Аккуратов eakkuratov зачем нужно, что рисуют, примеры программ: genome browser, IGV, tablet, sashimi plot (MISO), … источники согласованы
Галицына, Бредихин Rilalim raordan, kerkomen SAMtools и формат bam/sam. зачем нужен, как пользоваться источники согласованы
Филаретов Dragongene может стоит придумать русское название источники согласованы
Столярова, Бутусова taisniqm, amadreaera Позиционная весовая матрица источники согласованы
Клинк GalkaKlink GOstat, gorilla, goseq и т. д. Нужно придумать русское название.
Фоменко, Чаплин lenafomenko, Chaplin_av Описание БД: история, что есть, как пользоваться. источники согласованы
Девяткин AndreiDeviatkin методы изучения редактирования РНК секция в Секвенирование_РНК
Ланина No.lanina Энциклопедия_элементов_ДНК улучшение существующей статьи согласован перевод
Моисеева janemoiseeva Функциональная аннотация геномов млекопитающих
Калинина, Новаковский, Елисеева MarinaKalinina, fransilvion, julia-eliseeva согласован перевод
Безменова, Сафина bsshka, noraneko Предпочтение кодонов , нужно придумать русское название источники согласованы
Бурская, Сигалова GreyCrow Модель_замен , нужно придумать русское название источники согласованы
Артюхов, Прохорова eugeniaprokhorova Проект «Раковый геном» ,
Климчук Olesyaklm
Белова, Гречникова секвенирование экзома согласован перевод
Максудов, Нафеев, Шарафиев pipeline

(2014 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Участник[и] Ник[и] Статья Комментарий Статус дата окончания правки
Кэп-анализ_экспрессии_генов_(CAGE) улучшение существующей статьи
Кулешов Maxim Kuleshov ДНК-микрочип улучшение существующей статьи Источники одобрены 10.05.2014
Дворкина, Муравьева DashaDv, Fox.fbb.msu ПЦР в реальном времени улучшение существующей статьи Источники одобрены 09.05.2014
Шадрина, Захаров Olya_ldvgr, Matvey zaharov 25 FAIRE-Seq Источники одобрены 09.05.2014
Зотова, Акулич Umbrella22 ChIP-seq Источники одобрены 09.05.2014
Антоненко, Шилин Eka-hal-lo, I.Shilin Секвенирование древней ДНК неандертальцы, денисовец и т. д Источники одобрены 09.05.2014
Осипова Elosip Транскриптомика одиночных клеток методы, проблемы, достижения 15.05.2014
Брильков brilkov Секвенирование ДНК одиночных клеток методы, проблемы, достижения
Шехирева, Залевский KsushaSh,Aozalevsky Предсказание вторичной структуры РНК Источники одобрены 9.05.2014
Аюпов, Андрианов ARustam, Esquel roche
Шмаков, Ситник Arxcaeli, Zaheridor Белок-белковые взаимодействия Перевод 15.05.2014
Поршнев, Шашков ShashkovS MEME принципы работы Источники одобрены 15.05.2014
Тахавеев, Кондратьев Vakeel Cytoscape зачем нужен, основные применения Источники одобрены 10.05.2014
Балакирева TopHat принципы работы, зачем нужен, альтернативы Источники одобрены 8.05.2014
зачем нужно, что рисуют, примеры программ: genome browser, IGV, tablet, sashimi plot (MISO), ...
SAMtools и формат bam/sam. зачем нужен, как пользоваться
Bioconductor
Гаранина, Гараева irinagaranina, alice_garaeva Теплокарта улучшение существующей статьи Источники одобрены 9.05.2014
Sequence logo может стоит придумать русское название
Позиционная весовая матрица
Гущина, Лунева Gushchina Генная_онтология Источники одобрены 9.05.2014
Gene set enrichment analysis GOstat, gorilla, goseq и т.д. Нужно придумать русское название.
Кузькина karatuk nj-tree Нужно придумать русское название. Метод_присоединения_соседей Перевод английской вики. Согласовано. 12.05.2014
Котляров Nikmort Коррекция на множественное тестирование
Мансурходжаев, Васетенков Tim KEGG Описание БД: история, что есть, как пользоваться. Источники одобрены 11.05.2014
Абдуллаев, Абашкин , Dmitro_Fbb Pfam Описание БД: история, что есть, как пользоваться. Источники одобрены
Сернова wild_cat_NVS UniProt Описание БД: история, что есть, как пользоваться. Источники одобрены 08.05.2014
Шарапова, Андреянова Yana,ekaandreyanova Формат файлов GFF Источники одобрены 09.05.2014
Иванова, Цепкова Della FeniX, Секвенирование_РНК улучшение существующей статьи 09.05.2014
методы изучения редактирования РНК секция в Секвенирование_РНК
Энциклопедия_элементов_ДНК улучшение существующей статьи

(2013 год) Статьи, над которым работали участники проекта

Участник[и] Статья Комментарий Статус
Александров, Аюпов Источники одобрены
Вербицкая Бисульфитное секвенирование Русская статья сильно меньше английской Перевод с английского
Анисенко, Золотарев, Галиева Открытый хроматин необходимо активное взаимодействие с участниками, пишущими про DNase и FAIRE Источники одобрены
Братцева, Ибрагимов DNase-seq DNase I hypersensitive sites sequencing Источники одобрены
Изотова FAIRE-Seq
Гуляева, Козлова Иммунопреципитация В списке изначально был RIP-[seq, chip, etc], однако это при отсутствии статьи по иммунопреципитации это как-то преждевременно Источники одобрены
Ярахмедов, Иванов Статья должна описывать основные типы анализа клеточной РНК сгруппированные по ее (РНК) типу: по биологическому типу: polyA/not-polyA, short, microRNA, non-coding RNA, etc.; по локализации: цитоплазма, ядро, ядрышко и т.д. - см варианты в ENCODE.
Джумашев, Коннова Кэп-анализ экспрессии генов Cap analysis gene expression Источники одобрены
Калинина ДНК-микрочип Существующая статья совсем маленькая Источники одобрены
Карпов, Евсютина Секвенирование спаренных концов Необоходимо написать общую статью про и добавить разделы или отдельные статьи про RNA-PET (Карпов) и про DNA-PET (Евсютина) Источники одобрены
Карпова Секвенирование РНК RNA-seq Источники одобрены
Дзама, Маллохассани Альтернативный сплайсинг Существующая статья совсем маленькая. Источники одобрены
Кирюхина ChIP-seq необходимо взаимодействие с авторами статьи про иммунопреципитацию
Лопатина Определение конформации хромосом Источники одобрены
Максимычев ChIA-PET Источники одобрены
Журавлева, Нафеев Позиционирование нуклеосом Источники одобрены
Золотарева, Рябичко Протеомика Должны быть описаны основные варианты масс-спек анализа протеомов. Источники одобрены
Караваева, Тухбатова Repli-chip, Repli-seq Источники одобрены
Кузнецов Двугибридный анализ Источники одобрены
Маслова, Миссарова Методы секвенирования нового поколения Высокоэффективное секвенирование Небольшая статья про просто секвенирование уже есть. Следует либо дополнить ее, либо написать новую. В последнем случае надо не забыть добавить ссылку на статью про секвенирование. Необходимо взаимодействие с участниками, пишущими про отдельные методы Источники одобрены
Медведева, (Ширшиков отказался) Illumina/Solexa_method Существует статья про компанию, нужна про принцип метода.
Мигур, Пятницкий SOLiD Источники одобрены
Мукосей, Лапшин Helicos Biosciences Источники одобрены
Никулина Источники одобрены
Потанин Ion semiconductor sequencing Источники одобрены
Нарайкина, Шелякин Одномолекулярное секвенирование в реальном времени Источники одобрены
Борисевич Нанопоровое секвенирование Источники одобрены
Попков, Сапунов Картирование коротких ридов надо подумать над названием Источники одобрены
Свистунова, Солдатов Источники одобрены
Синицын, Ступников Количественный анализ альтернативного сплайсинга Источники одобрены
Сливко-Кольчик, Танас differential (two samples) analysis of gene expression and alternative splicing надо написать разделы в Количественный анализ экспрессии генов и Количественный анализ альтернативного сплайсинга . Рекомендуется объединить усилия с участниками, пишущими про time series. Источники одобрены
Червонцева, Тетерина time series analysis of gene expression and alternative splicing Дописать необходимые разделы в Количественный анализ экспрессии генов и Количественный анализ альтернативного сплайсинга . Необходимо обратить внимания на все сложные модели (кроме попарных сравнений) а не только на временные зависимости. Рекомендуется объединить усилия с участниками, пишущими про парные сравнения. Источники одобрены
Чернецова, Труханов Однонуклеотидный полиморфизм дописать саму статью и добавить методы поиска Источники одобрены
Шерстюк, Чуклина, Мухина Полногеномный поиск ассоциаций Так как на русском статьи про нет, то стоит начать с нее, а "SNP imputation" сделать разделом или отдельной страницей - в зависимости от объема. Источники одобрены
Давтян Предлагается примкнуть к группе пишущей про GWAS
Балычев Выравнивание последовательностей Перевод с английского
Источник —

Same as Биоинформатика