Interested Article - Clustal
megan
- 2020-03-18
- 1
| ClustalW/ClustalX | |
|---|---|
|
|
| Тип | Биоинформатика |
| Автор | |
| Разработчики | Gibson T. ( EMBL ), Thompson J. ( CNRS ), Higgins D. ( UCD ) |
| Написана на | C++ |
| Операционные системы | UNIX , Linux , Mac , Windows |
| Последняя версия | 2.1 (17.11.2010) |
| Лицензия | GNU GPL 2 |
| Сайт | |
Clustal ( англ. Clus ter al ignment ) — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей .
Clustal использует метод попарного прогрессивного выравнивания .
Программа представлена в трех версиях:
- ClustalW — с интерфейсом командной строки .
- ClustalX — с графическим интерфейсом .
- Clustal Omega — более современная версия программы, позволяющая выравнивать сотни последовательностей в течение нескольких часов и являющаяся одной из наиболее эффективных программ для множественного выравнивания по данным тестов производительности . В этой разновидности используется только интерфейс командной строки.
Несмотря на то что ClustalW и ClustalX не были первыми инструментами для множественного выравнивания, они получили широкое распространение благодаря своей широкой доступности для персональных компьютеров и интуитивно понятному пользовательскому интерфейсу.
Clustal Omega
Все современные версии Clustal базируются на Clustal Omega ( ClustalΩ) . Clustal Omega предоставила новую систему оценки нуклеотидных последовательностей: сначала программа выравнивает наиболее схожие последовательности, постепенно переходя к наименее схожим, тем самым создавая глобальное выравнивание. Для проведения глобального выравнивания в этой программе необходимо иметь минимум три последовательности, для парного выравнивания можно использовать или LALIGN .
Алгоритм
Сначала ClustalΩ рассчитывает приблизительную матрицу расстояний одним из двух методов:
- быстрый метод, который считает совпадение пар аминокислотных остатков или коротких нуклеотидных фрагментов (2-4 основания);
- классический алгоритм попарного выравнивания последовательностей с аффинными штрафами за пропуски.
Затем методом присоединения соседей строится направляющее дерево, на котором и будет построена глобальная сеть выравниваний. Дерево укореняется методом средней точки (mid-point) .
Хотя другие программы для множественного выравнивания, основанные на методе согласованности (Probcons, T-Coffee, Probalign и MAFFT), превосходят по точности Clustal Omega, они используют больше оперативной памяти и медленнее чем Clustal .
Clustal 2 (ClustalW/ ClustalX)
ClustalX — это версия ClustalW с графическим интерфейсом. В данном обновлении не было новых функций, однако были обновлены и улучшены старые версии, описанные выше.
ClustalX используется для следующих функций :
- выполнить множественное выравнивание последовательностей;
- посмотреть на результаты выравнивания;
- внести правки, если это необходимо.
ClustalX, как и ClustalW, скомпилирована для загрузки на всех операционных системах: Linux, Mac OS X, Windows (как XP, так и Vista). Предыдущие версии по-прежнему доступны для загрузки на сайте.
Примечания
- Frédéric Dardel, François Képès. Bioinformatics: Genomics and Post-Genomics. Wiley. 2006. p.54
- Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R., McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I.M., Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J., Higgins D.G. ClustalW and ClustalX version 2 (неопр.) // Bioinformatics. — 2007. — Т. 23 , № 21 . — С. 2947—2948 . — doi : . — .
- Thompson J.D., Gibson T.J., Plewniak F., Jeanmougin F., Higgins D.G. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools (англ.) // : journal. — 1997. — Vol. 25 , no. 24 . — P. 4876—4882 . — doi : . — . — PMC .
- Sievers F., Wilm A., Dineen D.G., Gibson T.J., Karplus K., Li W., Lopez R., McWilliam H., Remmert M., Söding J., Thompson J.D., Higgins D.G. Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega (англ.) // Mol Syst Biol 7 : journal. — 2011. — Vol. 7 , no. 539 . — doi : .
- . Дата обращения: 7 июня 2021. 24 мая 2021 года.
- Григорий Мавропуло-Столяренко, Александр Тулуб, Василий Стефанов. . — Litres, 2021-04-01. — 253 с. — ISBN 978-5-04-028650-8 . 7 июня 2021 года.
- Fabiano Sviatopolk-Mirsky Pais, Patrícia de Cássia Ruy, Guilherme Oliveira, Roney Santos Coimbra. // Algorithms for Molecular Biology : AMB. — 2014-03-06. — Т. 9 . — С. 4 . — ISSN . — doi : . 20 мая 2014 года.
- (амер. англ.) . Evolution and Genomics . Дата обращения: 6 июня 2021. 7 июня 2021 года.
Ссылки
- (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
- (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
megan
- 2020-03-18
- 1