FastPCR — универсальная программная среда для подбора ПЦР- праймеров и проб , для ПЦР in silico , анализа олигонуклеотидов, выравнивания последовательностей ДНК, поиска повторяющихся последовательностей ДНК и решения других задач биоинформатики .

Возможности программы

FastPCR представляет собой интегрированную среду, в которой предоставляются комплексные средства для подбора любых ПЦР- праймеров : как для стандартной ПЦР, для длинных ПЦР-фрагментов ( англ. Long-range PCR ), для одновременной и многолокусной ( (англ.) ), обратной ПЦР ( (англ.) ) для кольцевых молекул, количественной ПЦР в реальном времени , (XCR), групп-специфической ПЦР для родственных последовательностей ( англ. Group-specific PCR) (общие праймеры для всех исследуемых последовательностей), уникальной ПЦР ( англ. Unique PCR) (в котором задача состоит в амплификации только конкретной последовательности среди родственных последовательностей); подбор праймеров для перекрывающегося ПЦР ( (англ.) ) для объединении нескольких ПЦР-продуктов в один общий ПЦР-продукт.

Программа автоматически обнаруживает микросателлитные локусы (SSR) и подбирает праймеры для этого участка. Подбор праймеров также возможен и для аминокислотной последовательности. Для сборки длинных фрагментов ДНК из коротких олигонуклеотидов служит инструмент ( ).

Программное обеспечение использует как стандартные, так и вырожденные последовательности праймеров, в том числе и для расчета температуры плавления праймеров на основе термодинамических параметров ближайший соседей.

ПЦР in silico позволяет искать комплементарные последовательности к праймерам или пробам на последовательности генома или на хромосомах и прогнозировать вероятные продукты ПЦР, а также искать неспецифические участки связывания праймера или зонда. Виртуальная ПЦР полезна для вычисления температуры связывания пробы или праймера с ДНК-мишенью, а также для вычисления температуры отжига в ПЦР.

Длинные олигонуклеотиды могут быть подобраны для анализа с помощью микрочипов и других подобных молекулярных проб в количественном ПЦР.

ПЦР-праймеры анализируются на наличие вторичных структур, включая Хугстиновские структуры типа G-квадруплекс , петли, внутримолекулярные и межмолекулярные димеры в паре праймеров.

FastPCR имеет возможность работать с длинными последовательностями, такими как хромосомы, а также со списком индивидуальных нуклеиновых кислот и белковых последовательностей. Программа позволяет редактировать последовательность и проводить её анализ.

Программа выявляет различные типы повторяющихся последовательностей.

В программу входят различные инструменты для биоинформатики для анализа сдвига в нуклеотидной последовательности как GC, AT, пуринов и пиримидинов, анализа лингвистической сложности последовательности; генерации случайной последовательности ДНК, поиск сайта рестрикции для I-II-III типов рестриктаз , а также для поиска и искусственная генерации сайта рестрикции в кодирующей последовательности.

Программа поддерживает кластеризацию последовательностей и поиска последовательностей.

Другие программы

См. также

• Биоинформатика
• Полимеразная цепная реакция

Примечания

Литература

• Kalendar R, Khassenov B, Ramankulov Y, Samuilova O, Ivanov KI 2017. . , 109: 312-319.
• Kalendar R, Muterko A, Shamekova M, Zhambakin K 2017. . , 1620: 1-31.
• Kalendar R, Tselykh TV, Khassenov B, Ramanculov EM 2017. . , 1620: 33-64.
• Kalendar R, Lee D, Schulman AH 2014. . , 1116: 271-302.
• Kalendar R, Lee D, Schulman AH 2011. . , 98(2): 137-144.

Ссылки