Начинал свою профессиональную карьеру в исландском клубе «
Хабнарфьордюр
». Сыграв в 2001 году в его составе 11 игр и забив один мяч, Ханнес завоевал бронзовые медали
чемпионата Исландии
и дошёл до финала
. Затем выступал за норвежский «
Викинг
» и английский «
Сток Сити
». В августе 2006 года подписал контракт с клубом
датской Суперлиги
«
Брондбю
». В чемпионате дебютировал 9 сентября в матче с «
Ольборгом
», выйдя на поле с первых минут
. 24 сентября забил свой первый мяч в Дании, на 16-й минуте открыв счёт в игре с «
Оденсе
»
. В общей сложности за «Брондбю» Ханнес отыграл девять матчей, в которых отличился два раза, после чего вернулся в норвежский «
Викинг
», вместе с которым в 2007 году завоевал бронзовые медали
Типпелиги
. В марте 2008 года перебрался в
чемпионат соседней Швеции
, подписав контракт с «
Сундсваллем
»
. 7 апреля в своём дебютном матче чемпионата с «
Хаммарбю
» Сигурдссон забил два гола, однако это не спасло его команду от поражения со счётом 3:5
. По итогам сезона «Сундсвалль» занял пятнадцатое место и напрямую вылетел в
Суперэттан
. В конце 2010 года Ханнес покинул шведский клуб, возвратившись в родной «
Хабнарфьордюр
». В середине июля приехал на просмотр в нальчикский «
Спартак
»
, с которым в итоге и заключил контракт
. 21 августа в матче с московским «
Спартаком
» дебютировал в
чемпионате России
, выйдя на 74-й минуте вместо
Сергея Пилипчука
. Покинул команду в декабре 2011 года
. В феврале 2012 года подписал контракт с клубом «
Атырау
» из
Казахстана
.