Interested Article - Список растений с секвенированным геномом

kassidy
  • 2021-09-15
  • 1

Список растений с секвенированным геномом включает растения, для которых в публичном доступе имеется полная собранная, аннотированная последовательность генома . В список не включены растения, геномы которых не собраны и представлены отдельными последовательностями. Также в представленный список не включены растения для которых доступны только геномы органелл ( пластид и митохондрий ). Для всех клад живых организмов, см. .

Водоросли

В данном случае водоросли понимаются широко, как сборная группа без таксономического значения, объединяющая фотосинтезирующие эукариотические организмы .

Организм (штамм) Клада Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Glaucophyte (Глаукофитовые водоросли) Rutgers University 2012
BBAN7 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Сравнительные анализ 15 Mb Joint Genome Institute 2012
Chlamydomonas reinhardtii CC-503 cw92 mt+ Chlorophyta (Зелёные водоросли) Модельный организм 111 Mb 17,737 University of California at Los Angeles (англ.) на сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). ENA 2007
Chlorella variabilis NC64A Chlorophyta (Зелёные водоросли) 2010
sp. C-169 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Модельный организм (предполагается использование для получения биотоплива ) Joint Genome Institute 2007
Dunaliella salina CCAP19/18 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Галофил , используется для получения биотоплива и синтеза β- каротина Joint Genome Institute Organelle genomes complete, nuclear genome in progress
CCMP1545 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Представитель морского фитопланктона Joint Genome Institute 2007
RCC299/NOUM17 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Joint Genome Institute 2007
Ostreococcus lucimarinus CCE9901 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Простой эукариотический организм с маленьким геномом 13.2 Mb 7,796 2007
Ostreococcus tauri OTH95 Chlorophyta (Зелёные водоросли) 2006
Ostreococcus sp. RCC809 Chlorophyta (Зелёные водоросли) 7,773 Joint Genome Institute 2008
Volvox carteri Chlorophyta (Зелёные водоросли) Многоклеточная водоросль, модельный организм ~131.2 Mb 14,971 2010
Chondrus crispus Rhodophyta (Красные водоросли) 105 Mb 9,606 Genoscope/Station Biologique de Roscoff 2013
strain:10D Rhodophyta (Красные водоросли) 16.73 Mb 5,017 2004, 2007
Rhodophyta (Красные водоросли) Термо-ацидофильный организм ( экстремофил ) 13.7 Mb 6,623 2005 2005 2013
Rhodophyta (Красные водоросли) 19.7 Mb 8,355 2013
Rhodophyta (Красные водоросли) 43 Mb 10,327 2013
Heterokontophyta (Страменопилы) Представитель из супергруппы SAR Station Biologique de Roscoff 2010

Мохообразные

Организм (разновидность, сорт) Отдел Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
ssp. patens str. Gransden 2004 Bryophyta (Мхи) Модельное растение , сформировавшегося при ранней дивергенции наземных растений 2008

Высшие растений (сосудистых растений)

Организм (разновидность, сорт) Отдел Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Sеlaginella moellendorffii ( плаунок Мёллендорфа ) Lycopodiophyta (Плауновидные) Модельный организм 2011

Покрытосеменные

Амборелловые (Amborellales)

Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Amborella trichopoda Amborellaceae (Амборелловые) Базальные покрытосеменные 2013

Эвдикоты

Лютикоцветные (Ranunculales)
Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Aquilegia coerulea (водосбор голубой) Ranunculaceae (Лютиковые) Базальные эвдикоты Неизданный геном
Протеецветные (Proteales)
Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Nelumbo nucifera (лотос орехоносный) Nelumbonaceae (Лотосовые) Базальные эвдикоты 2013
Гвоздичноцветные (Caryophyllales)
Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Beta vulgaris (свекла обыкновенная) Chenopodiaceae (Маревые) Сельскохозяйственная культура 714-758 Мб 27,421 2013
Chenopodium quinoa (киноа) Chenopodiaceae (Маревые) Сельскохозяйственная культура 1.39-1.50 Гб 44,776 3,486 подмости, эшафот Н50 в 3.84 Мб, 90 % собранного генома содержится в 439 лесов 2017
Amaranthus hypocondriacus Amaranthaceae (Амарантовые) Сельскохозяйственная культура 403.9 Мб 23,847 16 крупных лесов от 16.9 до 38,1 Мб. N50 и Л50 сборки 24.4 Мб и 7, соответственно. 2016
Розиды (Rosids)
Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Betula nana (карликовая берёза) Betulaceae (Берёзовые) Арктический кустарник 450 Mbp 2013
Brassicaceae (Капустные) Сравнительный анализ геномов Капустных 2013
Arabidopsis lyrata Brassicaceae (Капустные) Модельный организм 2011
Arabidopsis thaliana экотип: Columbia Brassicaceae (Капустные) Модельный организм 135 Mbp 2000
Barbarea vulgaris Сурепка обыкновенная

G-type

Brassicaceae (Капустные) Модельный организм при изучение специфических ветвей вторичного метаболизма и механизмов защиты от фитопатогенов 2017
Brassica rapa (репа) Brassicaceae (Капустные) Сельскохозяйственная овощная культура и модельное растение 2011
Capsella rubella (пастушья сумка) Brassicaceae (Капустные) Близкий родственник модельного организма Arabidopsis thaliana 130Mbp 26,521 JGI 2013? 2013
Eutrema salsugineum (эвтрема) Brassicaceae (Капустные) Близкий родственник A. thaliana , обладает высокой солеустойчивостью 240Mbp 26,351 JGI 2013
Eutrema parvulum (эвтрема) Brassicaceae (Капустные) Сравнительный анализ геномов Капустных 2013
alabamica Brassicaceae (Капустные) Сравнительный анализ геномов Капустных 2013
Sisymbrium irio (гулявник) Brassicaceae (Капустные) Сравнительный анализ геномов Капустных 2013
Thellungiella parvula Brassicaceae (Капустные) Близкий родственник A. thaliana , обладает высокой солеустойчивостью 2011
Cannabis sativa (конопля посевная) Cannabaceae (Коноплёвые) Сельскохозяйственная техническая и лекарственная культура ca 820Mbp 30,074 based on transcriptome assembly and clustering Illumina/454

scaffold N50 16.2 Kbp

2011
Carica papaya (папайя) Caricaceae (Кариковые) Сельскохозяйственная плодовая культура 372Mbp 28,629 contig N50 11kbp

scaffold N50

1Mbp

total coverage ~3x (Sanger)

92,1 % unigenes mapped

235Mbp anchored (of this 161Mbp also oriented)

2008
Kalanchoe sp. (каланхое) Crassulaceae (Толстянковые) Растение с CAM-метаболизмом 2013?
Citrullus lanatus (арбуз) Cucurbitaceae (Тыквенные) Сельскохозяйственная бахчевая культура ca 425Mbp 23,440 BGI Illumina

coverage 108.6x

contig N50 26.38 kbp

Scaffold N50 2.38 Mbp

genome covered 83,2 %

~97 % ESTs mapped

2012
Cucumis melo (дыня) DHL92 Cucurbitaceae (Тыквенные) Vegetable crop 450Mbp 27,427 454

13.5x coverage

contig N50: 18.1kbp

scaffold N50: 4.677 Mbp

WGS

2012
Cucumis sativus (огурец) 'Chinese long' inbred line 9930 Cucurbitaceae (Тыквенные) Vegetable crop 350 Mbp (Kmer depth) 367 Mbp (flow cytometry) 26,682 contig N50 19.8kbp

scaffold N50 1,140kbp

total coverage ~72.2 (Sanger + Ilumina)

96,8 % unigenes mapped

72,8 % of the genome anchored

2009
Hevea brasiliensis (гевея бразильская ) Euphorbiaceae (молочайные) the most economically important member of the genus Hevea 2013
Jatropha curcas Palaan Euphorbiaceae (молочайные) bio-diesel crop 2011
Manihot esculenta (маниок съедобный) Euphorbiaceae (молочайные) Humanitarian importance ~760Mb 30,666 JGI 2012
Ricinus communis (клещевина) Euphorbiaceae (молочайные) Oilseed crop 320Mbp 31,237 JCVI Sanger coverage~4.6x contig N50 21.1 kbp scaffold N50 496.5kbp 2010
Cajanus cajan (голубиный горох) var. Asha Fabaceae (Бобовые) Модельный организм (представитель семейства Бобовые) 2012
Arachis duranensis (геномный диплоид дикого арахиса) accession V14167 Fabaceae (Бобовые) Wild ancestor of peanut, an oilseed and grain legume crop Illumina 154x coverage, contig N50 22 kbp, scaffold N50 948 kbp 2016
Arachis ipaensis (геномный диплоид дикого арахиса ) accession K30076 Fabaceae (Бобовые) Wild ancestor of peanut, an oilseed and grain legume crop Illumina 163x coverage, contig N50 23 kbp, scaffold N50 5,343 kbp 2016
Cicer arietinum (нут бараний) Fabaceae (Бобовые) filling 2013
Cicer arietinum L. (нут бараний) Fabaceae (Бобовые) 2013
Glycine max (соя) var. Williams 82 Fabaceae (Бобовые) Protein and oil crop 1115Mbp 46,430 Contig N50:189.4kbp

Scaffold N50:47.8Mbp

Sanger coverage ~8x

WGS

955.1 Mbp assembled

2010
Lotus japonicus (лядвенец) Fabaceae (Бобовые) Модельный организм (представитель семейства Бобовые) 2008
Medicago truncatula (люцерна усечённая) Fabaceae (Бобовые) Модельный организм (представитель семейства Бобовые) 2011
Phaseolus vulgaris (фасоль обыкновенная) Fabaceae (Бобовые) Модельный организм (представитель семейства Бобовые) 520Mbp 31,638 JGI 2013?
Linum usitatissimum (лён обыкновенный) Linaceae (Льновые) Crop ~350Mbp 43,384 BGI et al. 2012
Durio zibethinus (дуриан цибетиновый) Malvaceae (Мальвовые) Tropical fruit tree ~738Mbp 2017
Gossypium raimondii (хлопчатник) Malvaceae (Мальвовые) One of the putative progenitor species of tetraploid cotton 2013?
Theobroma cacao (какао) Malvaceae (Мальвовые) Flavouring crop 2010
Theobroma cacao (какао) cv. Matina 1-6 Malvaceae (Мальвовые) Most widely cultivated cacao type 2013
Azadirachta indica (ним) Meliaceae (Мелиевые) Source of number of Terpenoids, including biopesticide azadirachtin, Used in Traditional Medicine 364 Mbp ~20000 Illumina GAIIx, scaffold N50 of 452028bp, Transcriptome data from Shoot, Root, Leaf, Flower and Seed 2012 and 2011
Eucalyptus grandis (эвкалипт) Myrtaceae (Миртовые) Fibre and timber crop 2011
Fragaria vesca (земляника лесная) Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная ягодная культура 240 Mbp 34,809 scaffold N50: 1.3 Mbp

454/Illumina/solid

39x coverage

WGS

2011
Malus domestica (яблоня домашняя) «Golden Delicious» Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура ~742.3 Mbp 57,386 contig N50 13.4 (kbp??)

scafold N50 1,542.7 (kbp??)

total coverage ~16.9x (Sanger + 454)

71,2 % anchored

2010
Prunus amygdalus (миндаль) Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?
Prunus avium (черешня) cv. Stella Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?
Prunus mume (абрикос японский) Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2012
Prunus persica (персик) Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 265Mbp 27,852 Sanger coverage:8.47x

WGS

ca 99 % ESTs mapped

215.9 Mbp in pseudomolecules

2013
(белая китайская груша) cv. Dangshansuli Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2012
Pyrus communis (груша обыкновенная) cv. Doyenne du Comice Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?
Citrus clementina (клементин) Rutaceae (Рутовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?
Citrus sinensis (апельсин) Rutaceae (Рутовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?, 2013
Populus trichocarpa (тополь) Salicaceae (Ивовые) Carbon sequestration, model tree, timber 510 Mbp (cytogenetic) 485 Mbp (coverage) 73,013 [Phytozome] Scaffold N50: 19.5 Mbp

Contig N50:552.8 Kbp [phytozome]

WGS

>=95 % cDNA found

2006
Vitis vinifera (виноград культурный) генотип PN40024 Vitaceae (Виноградовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2007
Астериды (Asterids)
Организм Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Mimulus guttatus (губастик) Phrymaceae (Фримовые) model system for studying ecological and evolutionary genetics ca 430Mbp 26,718 JGI Scaffold N50 = 1.1 Mbp

Contig N50 = 45.5 Kbp

2013?
Solanum lycopersicum (томат ) cv. Heinz 1706 Solanaceae (Пасленовые) Сельскохозяйственная культура ca 900Mbp 34,727 SGN Sanger/454/Illumina/Solid

Pseudomolecules spanning 91 scaffolds (760Mbp of which 594Mbp have been oriented)

over 98 % ESTs mappable

2011 2012
(Currant Tomato) Solanaceae (Пасленовые) closest wild relative to tomato Illumina

contig N50: 5100bp

~40x coverage

2012
Solanum tuberosum (картофель) Solanaceae (Пасленовые) Сельскохозяйственная овощная культура 844 Mbp kmer (856 Mbp) 39,031 PGSC Sanger/454/Illumina

79.2x coverage

contig N50: 31,429bp

scaffold N50: 1,318,511bp

2011
Solanum commersonii (commerson’s nightshade) Solanaceae (Пасленовые) Wild potato relative 838 Mbp kmer (840 Mbp) 37,662 UNINA, UMN, UNIVR, Sequentia Biotech, CGR Illumina

105x coverage

contig N50: 6,506bp

scaffold N50: 44,298bp

2015
Nicotiana benthamiana

(табак)

Solanaceae (Пасленовые) Close relative of tobacco ca 3Gbp Illumina

63x coverage

contig N50: 16,480bp

scaffold N50:89,778bp

>93 % unigenes found

2012
Nicotiana sylvestris (табак лесной) Solanaceae (Пасленовые) model system for studies of terpenoid production 2.636Gbp Philip Morris International 94x coverage

scaffold N50: 79.7 kbp

194kbp superscaffolds using physical Nicotiana map

2013
Nicotiana tomentosiformis Solanaceae (Пасленовые) Tobacco progenitor 2.682 Gb Philip Morris International 146x coverage

scaffold N50: 82.6 kb

166kbp superscaffolds using physical Nicotiana map

2013
Capsicum annuum (перец стручковый)

(a) cv. CM334 (b) cv. Zunla-1

Solanaceae (Пасленовые) Food crop ~3.48 Gbp (a) 34,903

(b) 35,336

N50 contig: (a) 30.0 kb (b) 55.4 kb

N50 scaffold: (a) 2.47 Mb (b) 1.23 Mb

(a) 2014 (b) 2014
Capsicum annuum var. glabriusculum (Chiltepin) Solanaceae (Пасленовые) Progenitor of cultivated pepper ~3.48 Gbp 34,476 N50 contig: 52.2 kb

N50 scaffold: 0.45 Mb

2014
Petunia (петуния) Solanaceae (Пасленовые) Economically important flower 2011
Utricularia gibba (пузырчатка) Lentibulariaceae (Пузырчатковые) model system for studying genome size evolution; a carnivorous plant 81.87 Mb 28,494 LANGEBIO, CINVESTAV Scaffold N50: 80.839 Kb 2013

Однодольные

Злакоцветные
Организм Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Setaria italica (могар) Poaceae (Злаки) Model of C4 metabolism 2012
Aegilops tauschii (эгилопс) Poaceae (Злаки) bread wheat D-genome progenitor ca 4.36Gb BGI Non-repetitive sequence assembled 2013
Poaceae (Злаки) Model monocot 2010
Poaceae (Злаки) C3 grass closely related to C4 species 960 Mb DDPSC 2016
Hordeum vulgare (ячмень обыкновенный) Poaceae (Злаки) Model of ecological adoption IBSC 2012
Oryza brachyantha (дикий рис) Poaceae (Злаки) Disease resistant wild relative of rice 2013
Oryza glaberrima (африканский рис) var CG14 Poaceae (Злаки) West-African species of rice 2010
Oryza rufipogon (красный рис) Poaceae (Злаки) Ancestor to Oryza sativa 406 Mb 37,071 SIBS Illumina HiSeq2000

100x coverage

2012
Oryza sativa (рис посевной длиннозёрный) ssp indica Poaceae (Злаки) Crop and model cereal 2002
Oryza sativa (рис посевной короткозерный) ssp japonica Poaceae (Злаки) Crop and model cereal 2002
Panicum virgatum (просо прутьевидное) Poaceae (Злаки) biofuel 2013?
Phyllostachys edulis (листоколосник бамбуковый) Poaceae (Злаки) 2013
Sorghum bicolor (сорго двуцветное) genotype BTx623 Poaceae (Злаки) Crop ca 730Mbp 34,496 contig N50:195.4kbp

scaffold N50: 62.4Mbp

Sanger, 8.5x coverage

WGS

2009
Triticum aestivum (пшеница мягкая) Poaceae (Злаки) 20 % of global nutrition Non-repetitive sequence assembled

Roche 454/Illumina WGS

2012
Triticum urartu (пшеница) Poaceae (Злаки) Bread wheat A-genome progenitor ca 4.94Gb BGI Non-repetitive sequence assembled

Illumina WGS

2013
Zea mays (кукуруза) ssp mays B73 Poaceae (Злаки) Cereal crop 2,300Mbp 39,656 contig N50 40kbp

scaffold N50: 76kbp

Sanger, 4-6x coverage per BAC

2009
Другие однодольные (не злаки)
Организм напрягать Семья Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Musa acuminata (банан заостренный) Musaceae (Банановые) А-генома современного банана сорта 523 Пмб 36,542 Н50 контигов: 43.1 Кб

Н50 лески: 1.3 Мб

2012
Муса balbisiana (банан Бальбиса) Musaceae (Банановые) Б-геном современного банана сорта 438 Пмб 36,638 Н50 контигов: 7.9 Кб 2013
Phoenix dactylifera (финиковая пальма) Arecaceae (Пальмовые) Древесных растений в засушливых регионах 658 Пмб 28,800 Н50 контигов: 6.4 Кб 2011
Elaeis масло (Африканская масличная Пальма) Arecaceae (Пальмовые) Масличная культура ~1800 Пмб 34,800 Н50 эшафот: 1.27 Мб 2013
Spirodela polyrhiza (многокоренник) Araceae (Ароидные) Водное растение 158 ВР 19,623 Н50 эшафот: 3.76 Мб 2014
Phalaenopsis equestris (фаленопсис наездник) Orchidaceae (Орхидные) Разведение родителем многих современных мотылек орхидеи, сортов и гибридов растений с crassulacean кислотный метаболизм (Кэм) Пмб 1600 29,431 Н50 эшафот: 359,115 Кб 2014

Голосеменные

Организм (вид, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Picea abies (ель европейская) Pinaceae (Сосновые) Лесоматериалами, tonewood в, декоративных, таких как Рождественская ёлка 20 Гб 28,354 Умео Научного Центра Завода / SciLifeLab, Швеция 2013
Picea glauca (ель сизая) Pinaceae (Сосновые) Лесная, Целлюлозно 20.8 Гб 56,064 Институциональное Сотрудничество 2013
Pinus taeda (сосна ладанная) Pinaceae (Сосновые) Лесоматериалами 20.15 Гб 50,172 Институциональное сотрудничество N50 Размер ремонтины: 66.9 кбп 2014

Без рубрики добавить…

геном из Galdieria sulphuraria, наконец, был опубликован (Schönknecht, г., У.-Х. Чен, и соавт. (2013). «Перенос генов от бактерий и архей способствовало эволюции экстремофильных эукариот.» Наука 339(6124): 1207—1210.) Размер генома составляет 13.7 МБ, и 6623 белок-кодирующих генов были аннотированы.

Накамура и соавт. опубликовал последовательность генома для Pyropia yezoensis (Накамура, Ю. Н. Сасаки, и соавт. (2013). «Первый симбионт-бесплатные геномной последовательности из морских красных водорослей, Susabi-нори Pyropia yezoensis.» Биохимия 8(3): e57122.).

Бхаттачария и соавт. опубликован геном Porphyridium purpureum (Бхаттачарья, Д., Д. С. цена, и соавт. (2013). «Геном красной водоросли Porphyridium purpureum.» Природа Коммуникаций 4.)

Пресс-релизы объявляет последовательность

Не соответствует требованиям абзаца первого настоящей статьи в почти полной последовательности с высоким качеством, опубликованные, собранный и общедоступной. Этот список включает в себя виды, где последовательности объявлено в пресс-релизах и сайтах, но не в данных-богатый публикацию в реферируемом журнале с doi.

См. также

Ссылки

  1. Price D. C., Chan C. X., Yoon HS; Price D. C., Chan C. X., Yoon H. S. Cyanophora paradoxa genome elucidates origin of photosynthesis in algae and plants (англ.) // Science : journal. — 2012. — Vol. 335 , no. 6070 . — P. 843—847 . — doi : . — Bibcode : . — .
  2. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 20 октября 2015 года.
  3. Merchant ; Merchant et al. The Chlamydomonas Genome Reveals the Evolution of Key Animal and Plant Functions (англ.) // Science : journal. — 2007. — Vol. 318 , no. 5848 . — P. 245—250 . — doi : . — Bibcode : . — .
  4. The Chlorella variabilis NC64A genome revals adaptation to photosymbiosis, coevolution with viruses, and cryptic sex (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2010. — September ( vol. 22 , no. 9 ). — P. 2943—2955 . — doi : . — .
  5. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 23 августа 2015 года.
  6. Smith; Smith. The Dunaliella salina organelle genomes: large sequences, inflated with intronic and intergenic DNA (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2010. — Vol. 10 , no. 1 . — P. 83 . — doi : . — .
  7. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 19 октября 2013 года.
  8. Green evolution and dynamic adaptations revealed by genomes of the marine picoeukaryotes Micromonas (англ.) // Science : journal. — 2009. — 10 April ( vol. 324 , no. 5924 ). — P. 268—272 . — doi : . — Bibcode : . — .
  9. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 22 июня 2015 года.
  10. Palenik, B. The tiny eukaryote Ostreococcus provides genomic insights into the paradox of plankton speciation (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2007. — Vol. 104 , no. 18 . — P. 7705—7710 . — doi : . — Bibcode : . — .
  11. Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2006. — August ( vol. 103 , no. 31 ). — P. 11647—11652 . — doi : . — Bibcode : . — .
  12. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 19 октября 2013 года.
  13. Prochnik S. E., Umen J., Nedelcu A. M., ; Prochnik S. E., Umen J., Nedelcu A. M., et al. Genomic analysis of organismal complexity in the multicellular green alga Volvox carteri (англ.) // Science : journal. — 2010. — 9 July ( vol. 329 , no. 5988 ). — P. 223—226 . — doi : . — Bibcode : . — .
  14. Collén, J. Genome structure and metabolic features in the red seaweed Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2013. — Vol. 110 . — P. 5247—5252 . — doi : . — .
  15. Genome sequence of the ultrasmall unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 10D (англ.) // Nature : journal. — 2004. — April ( vol. 428 , no. 6983 ). — P. 653—657 . — doi : . — Bibcode : . — .
  16. Nozaki. A 100%-complete sequence reveals unusually simple genomic features in the hot-spring red alga Cyanidioschyzon merolae (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2007. — Vol. 5 . — doi : .
  17. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 4 сентября 2004 года.
  18. Barbier, G. Comparative genomics of two closely related unicellular thermo-acidophilic red algae, Galdieria sulphuraria and Cyanidioschyzon merolae, reveals the molecular basis of the metabolic flexibility of Galdieria sulphuraria and significant differences in carbohydrate metabolism of both algae (англ.) // Plant Physiology : journal. — American Society of Plant Biologists , 2005. — February ( vol. 137 ). — P. 460—474 . — doi : . — .
  19. Schönknecht. (March 8, 2013) Gene Transfer from Bacteria and Archaea Facilitated Evolution of an Extremophilic Eukaryote (англ.) // Science : journal. — 2013. — March ( vol. 339 ). — P. 1207—1210 . — doi : . — .
  20. Bhattacharya. Genome of the red alga Porphyridium purpureum (англ.) // Nature Communications : journal. — Nature Publishing Group , 2013. — Vol. 4 . — doi : .
  21. Nakamura. (March 11, 2013) The First Symbiont-Free Genome Sequence of Marine Red Alga, Susabi-nori (Pyropia yezoensis) (англ.) // PLoS ONE : journal. — 2013. — Vol. 8 , no. 3 . — doi : .
  22. Cock J. M., Sterck L., Rouzé P., ; Cock J. M., Sterck L., Rouzé P., et al. The Ectocarpus genome and the independent evolution of multicellularity in brown algae (англ.) // Nature : journal. — 2010. — 3 June ( vol. 465 , no. 7298 ). — P. 617—621 . — doi : . — Bibcode : . — .
  23. The Physcomitrella genome reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants (англ.) // Science : journal. — 2008. — January ( vol. 319 , no. 5859 ). — P. 64—9 . — doi : . — Bibcode : . — .
  24. The Selaginella genome identifies genetic changes associated with the evolution of vascular plants (англ.) // Science : journal. — 2011. — 20 May ( vol. 332 , no. 6032 ). — P. 960—963 . — doi : . — Bibcode : . — .
  25. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 24 апреля 2011 года.
  26. Amborella Genome Project; Amborella Genome Project. The Amborella genome and the evolution of flowering plants (англ.) // Science : journal. — 2013. — 20 December ( vol. 342 , no. 6165 ). — P. 1241089 . — doi : . — .
  27. 28 июня 2013 года.
  28. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 20 февраля 2015 года.
  29. Ray Ming. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2013. — 10 May ( vol. 14 , no. 5 ). — P. R41 . — doi : . 27 декабря 2015 года.
  30. Juliane C. Dohm. The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet ( Beta vulgaris ) (англ.) // Nature : journal. — 2013. — December ( vol. 505 , no. 7484 ). — P. 546—549 . — doi : . — .
  31. Jarvis, David E.; Ho, Yung Shwen; Lightfoot, Damien J.; Schmöckel, Sandra M.; Li, Bo; Borm, Theo J. A.; Ohyanagi, Hajime; Mineta, Katsuhiko; Michell, Craig T. (англ.) // Nature : journal. — 2017. — 16 February ( vol. 542 , no. 7641 ). — P. 307—312 . — ISSN . — doi : . 13 июля 2017 года.
  32. . phytozome.jgi.doe.gov . Дата обращения: 21 июня 2017. 9 июня 2017 года.
  33. Clouse, J. W. (англ.) // The Plant Genome : journal. — 2016. — 1 March ( vol. 9 , no. 1 ). — ISSN . — doi : . 6 июня 2018 года.
  34. Genome sequence of dwarf birch (Betula nana) and cross-species RAD markers (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2013. — Vol. 22 , no. 11 . — P. 3098—3111 . — doi : . — .
  36. The Arabidopsis lyrata genome sequence and the basis of rapid genome size change (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2011. — April ( vol. 43 , no. 5 ). — P. 476—481 . — doi : .
  37. The Arabidopsis Genome Initiative. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana (англ.) // Nature : journal. — 2000. — December ( vol. 408 , no. 6814 ). — P. 796—815 . — doi : . — .
  38. Byrne, Stephen L. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2017. — 17 January ( vol. 7 ). — ISSN . — doi : . — . 21 января 2022 года.
  39. The genome of the mesopolypoid crop species Brassica rapa (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2011. — Vol. 43 . — P. 1035—1039 . — doi : . — .
  40. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 26 апреля 2015 года.
  41. The Capsella rubella genome and the genomic consequences of rapid mating system evolution. (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2013. — Vol. 45 , no. 7 . — P. 831—835 . — doi : . — .
  42. Yang, R. The Reference Genome of the Halophytic Plant Eutrema salsugineum (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2013. — Vol. 4 . — P. 46 . — doi : . — .
  43. The genome of the extremophile crucifer Thellungiella parvula (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2011. — Vol. 43 , no. 9 . — P. 913—918 . — doi : .
  44. The draft genome and transcriptome of Cannabis sativa (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2011. — Vol. 12 , no. 10 . — doi : . — .
  45. Ming, R. The draft genome of the transgenic tropical fruit tree papaya (Carica papaya Linnaeus) (англ.) // Nature : journal. — 2008. — Vol. 452 . — P. 991—996 . — doi : . — .
  46. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 5 октября 2016 года.
  47. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 15 июня 2017 года.
  48. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 2 февраля 2018 года.
  49. Huang S., Li R., Zhang1 Z; Huang S., Li R., Zhang1 Z. The genome of the cucumber, Cucumis sativus L (неопр.) // Nature Genetics . — 2009. — December ( т. 41 , № 12 ). — С. 1275— . — doi : . — .
  50. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 31 августа 2015 года.
  51. Sequence analysis of the genome of an oil-bearing tree, Jatropha curcas L. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2011. — February ( vol. 18 , no. 1 ). — P. 65—76 . — doi : . — .
  52. Prochnik et al. (2012), J. Tropical Plant Biology
  53. Draft genome sequence of the oilseed species Ricinus communis (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group , 2010. — Vol. 28 , no. 9 . — P. "951—956" . — doi : .
  54. Nagendra K. Singh. The first draft of the pigeonpea genome sequence (неопр.) // . — 2012. — Т. 21 , № 1 . — С. 98—112 . — doi : . — .
  55. Draft genome sequence of pigeonpea ( Cajanus cajan ), an orphan legume crop of resource-poor farmers (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group , 2012. — Vol. 30 , no. 1 . — P. 83—89 . — doi : . — .
  56. Bertioli, David John; Cannon, Steven B.; Froenicke, Lutz; Huang, Guodong; Farmer, Andrew D.; Cannon, Ethalinda K. S.; Liu, Xin; Gao, Dongying; Clevenger, Josh. (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2016. — 1 April ( vol. 48 , no. 4 ). — P. 438—446 . — ISSN . — doi : . — . 11 сентября 2017 года.
  57. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 21 июля 2017 года.
  58. Jain, Mukesh. A draft genome sequence of the pulse crop chickpea (Cicer arietinum L.) (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2013. — Vol. 74 . — P. 715—729 . — doi : .
  59. Huang S., Li R., Zhang1 Z; Huang S., Li R., Zhang1 Z. Genome sequence of the palaeopolyploid soybean (англ.) // Nature : journal. — 2010. — 10 January ( vol. 463 , no. 12 ). — P. 178—183 . — doi : . — Bibcode : . — .
  60. Genome structure of the legume, Lotus japonicus (неопр.) // (англ.) ( . — 2008. — Т. 15 , № 4 . — С. 227—239 . — doi : . — .
  61. The Medicago genome provides insight into the evolution of rizobial symbioses (англ.) // Nature : journal. — 2011. — Vol. 480 , no. 7378 . — doi : . — Bibcode : . — .
  62. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 15 апреля 2015 года.
  63. Wang, Zhiwen. The genome of flax ( Linum usitatissimum ) assembled de novo from short shotgun sequence reads (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2012. — Vol. 72 . — P. 461—473 . — doi : .
  64. {{{заглавие}}} (неопр.) . — doi : .
  65. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 18 февраля 2015 года.
  66. Argout, Xavier. The genome of Theobroma cacao (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2010. — Vol. 43 , no. 2 . — P. 101—108 . — doi : . — .
  67. Pennisi, E. Genomics Researchers Upset by Rivals' Publicity (англ.) // Science. — 2010. — Vol. 329 , no. 5999 . — P. 1585 . — doi : . — Bibcode : . — .
  68. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 4 марта 2016 года.
  69. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 23 сентября 2015 года.
  70. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 4 марта 2016 года.
  71. Myburg, Alexander A. (англ.) // Nature. — 2014. — doi : . 7 февраля 2016 года.
  72. The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca) (неопр.) // Nature Genetics . — 2011. — Т. 43 , № 2 . — С. 109—116 . — doi : . — .
  73. Velasco, R. The genome of the domesticated apple (Malus x domestica Borkh.) (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2010. — Vol. 42 , no. 10 . — P. 833—839 . — doi : . — .
  74. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 30 декабря 2013 года.
  75. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 11 мая 2016 года.
  76. The International Peach Genome Initiative; The International Peach Genome Initiative. (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2013. — Vol. 45 , no. 5 . — P. 487—494 . — doi : . — . 22 июля 2017 года.
  77. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 4 июня 2018 года.
  78. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 19 февраля 2015 года.
  79. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis) (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2013. — Vol. 45 , no. 1 . — P. 59—66 . — doi : . — .
  80. The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray) (англ.) // Science : journal. — 2006. — September ( vol. 313 , no. 5793 ). — P. 1596—1604 . — doi : . — Bibcode : . — .
  81. The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla (англ.) // Nature : journal. — 2007. — September ( vol. 449 , no. 7161 ). — P. 463—467 . — doi : . — Bibcode : . — .
  82. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 16 февраля 2015 года.
  83. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 5 июля 2018 года.
  84. The Tomato Genome Consortium. The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution (англ.) // Nature : journal. — 2012. — 31 May ( vol. 485 , no. 7400 ). — P. 635—641 . — doi : . — Bibcode : . — .
  85. Xu, X. Genome sequence and analysis of the tuber crop potato (англ.) // Nature : journal. — 2011. — Vol. 475 , no. 7355 . — P. 189—195 . — doi : . — .
  86. Aversano R., Contaldi F., Ercolano M. R., Grosso V., Iorizzo M., Tatino F., Xumerle L., Dal Molin A., Avanzato C., Ferrarini A., Delledonne M., Sanseverino W., Aiese Cigliano R., Capella-Gutierrez S., Gabaldón T., Frusciante L., Bradeen J. M., Carputo D. The Solanum commersonii genome sequence provides insights into adaptation to stress conditions and genome evolution of wild potato relatives (англ.) // The Plant Cell : journal. — 2015. — 14 April ( vol. 27 , no. 4 ). — P. 954—968 . — doi : . — .
  87. Bombarely, A. A draft genome sequence of Nicotiana benthamiana to enhance molecular plant-microbe biology research (англ.) // Mol Plant Microbe Interact : journal. — 2012. — Vol. 25 . — P. 1523—1530 . — doi : . — .
  88. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 1 октября 2015 года.
  89. Kim; Kim. Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2014. — Vol. 46 , no. 3 . — P. 270—278 . — doi : . — .
  90. Qin; Qin. Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2014. — Vol. 111 . — P. 5135—5140 . — doi : . — .
  91. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 12 июля 2016 года.
  92. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 15 июля 2017 года.
  93. Bennetzen, J. L. Reference genome sequence of the model plant Setaria (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group , 2012. — Vol. 30 . — P. 555—561 . — doi : . — .
  94. Aegilops tauschii draft genome sequence reveals a gene repertoire for wheat adaptation (англ.) // Nature : journal. — 2013. — Vol. 496 , no. 7443 . — P. 91—95 . — doi : . — Bibcode : . — .
  95. The International Brachypodium Initiative; The International Brachypodium Initiative. Genome sequencing and analysis of the model grass Brachypodium distachyon (англ.) // Nature : journal. — 2009. — December ( vol. 463 , no. 7282 ). — P. 763—768 . — doi : . — Bibcode : . — .
  96. Studer, Anthony J. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2016. — 28 October ( vol. 17 ). — P. 223 . — doi : . — . 2 июня 2018 года.
  97. The International Barley Genome Sequencing Consortium; The International Barley Genome Sequencing Consortium. A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome (англ.) // Nature : journal. — 2012. — Vol. 491 , no. 7426 . — P. 711—716 . — doi : . — Bibcode : . — .
  98. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 8 июня 2016 года.
  99. Hurwitz, B. L. Rice structural variation: A comparative analysis of structural variation between rice and three of its closest relatives in the genus Oryza (англ.) // The Plant journal : for cell and molecular biology : journal. — 2010. — Vol. 63 , no. 6 . — P. 990—1003 . — doi : . — .
  100. Huang, X. A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice (англ.) // Nature : journal. — 2012. — Vol. 490 , no. 7421 . — P. 497—501 . — doi : . — .
  101. Yu J; Yu J. A draft sequence of the rice genome ( Oryza sativa L. ssp. indica ) (англ.) // Science : journal. — 2002. — April ( vol. 296 , no. 5565 ). — P. 79—92 . — doi : . — Bibcode : . — .
  102. Goff SA; Goff S. A. A draft sequence of the rice genome ( Oryza sativa L. ssp. japonica ) (англ.) // Science : journal. — 2002. — April ( vol. 296 , no. 5565 ). — P. 92—100 . — doi : . — Bibcode : . — .
  103. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 19 февраля 2015 года.
  104. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 21 июля 2017 года.
  105. Paterson, A. (англ.) // Nature : journal. — 2009. — Vol. 457 , no. 7229 . — P. 551—556 . — doi : . — Bibcode : . — . 27 февраля 2012 года.
  106. Analysis of the bread wheat genome using whole-genome shotgun sequencing (англ.) // Nature : journal. — 2012. — Vol. 491 , no. 7426 . — P. 705—710 . — doi : . — Bibcode : . — .
  107. Ling H-Q, Zhou S., Liu D. Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu (англ.) // Nature : journal. — 2013. — Vol. 496 , no. 7443 . — P. 87—90 . — doi : . — Bibcode : .
  109. Schnable P; Schnable P. The B73 Maize Genome: Complexity, Diversity, and Dynamics (англ.) // Science : journal. — 2009. — 22 November ( vol. 326 , no. 5956 ). — P. 1112—1115 . — doi : . — Bibcode : . — .
  110. D’Hont; D’Hont. The banana ( Musa acuminata ) genome and the evolution of monocotyledonous plants (англ.) // Nature : journal. — 2012. — Vol. 488 , no. 7410 . — P. 213—217 . — doi : . — Bibcode : . — .
  111. Davey; Davey. A draft Musa balbisiana genome sequence for molecular genetics in polyploid, inter- and intra-specific Musa hybrids. (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2013. — Vol. 14 . — P. 683 . — doi : . — .
  112. Al-Dous; Al-Dous. (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group , 2011. — Vol. 29 , no. 6 . — P. 521—527 . — doi : . — .
  113. Singh; Singh. Oil palm genome sequence reveals divergence of interfertile species in Old and New worlds. (англ.) // Nature : journal. — 2013. — Vol. 500 , no. 7462 . — P. 335—339 . — doi : . — .
  114. Wang; Wang. The Spirodela polyrhiza genome reveals insights into its neotenous reduction fast growth and aquatic lifestyle. (англ.) // Nature Communications : journal. — Nature Publishing Group , 2014. — Vol. 5 . — P. 3311 . — doi : . — .
  115. Cai; Cai. The genome sequence of the orchid Phalaenopsis equestris (англ.) // Nature Genetics : journal. — 2014. — Vol. 47 . — P. 65—72 . — doi : . — .
  116. The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution (англ.) // Nature : journal. — 2013. — Vol. 497 , no. 7451 . — P. 579—584 . — doi : . — .
  117. Assembling the 20 Gb white spruce (Picea glauca) genome from whole-genome shotgun sequencing data (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2013. — Vol. 29 , no. 12 . — P. 1492—1497 . — doi : . — .
  118. Sequencing and Assembly of the 22-Gb Loblolly Pine Genome (англ.) // Genetics : journal. — 2014. — Vol. 196 , no. 3 . — P. 875—890 . — doi : . — .
  119. Unique Features of the Loblolly Pine (Pinus taeda L.) Megagenome Revealed Through Sequence Annotation (англ.) // Genetics : journal. — 2014. — Vol. 196 , no. 3 . — P. 891—909 . — doi : . — .
  120. Decoding the massive genome of loblolly pine using haploid DNA and novel assembly strategies (англ.) // (англ.) ( : journal. — 2014. — Vol. 15 , no. 3 . — P. R59 . — doi : . — .
  121. . Дата обращения: 18 декабря 2017. Архивировано из 1 марта 2012 года.
  122. . Energy-daily.com. Дата обращения: 27 августа 2010. 24 сентября 2010 года.
  123. . The Daily Star. Дата обращения: 18 декабря 2017. 23 октября 2012 года.
  124. . Hindusthan Times. Архивировано из 9 марта 2011 года.
  125. . Jute Genome Project. Архивировано из 6 июля 2012 года.
  126. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 23 сентября 2017 года.
  127. . Дата обращения: 18 декабря 2017. 2 октября 2018 года.
Источник —

kassidy
  • 2021-09-15
  • 1
  • Tags:

Same as Список растений с секвенированным геномом

The title for the last searches