Первый маронитский епископ Баальбека Габриил I Мубарак упоминается в 1671 году. Юридические полномочия епископа Баальбека были утверждены на Синоде Горного Ливана в 1736 году.
4 августа 1977 года епархия Баальбека была объединена с
епархией Захле
. 9 июня 1990 года епархия Баальбека-Захле была разделена на епархию Захле и епархию Баальбека — Дейр-эль-Ахмара.
Ординарии епархии
Габриил I Мубарак Gabriele I Moubarak (1671—1732);