Во время Великой Отечественной войны в боевых действиях принимали два формирования батальона:

• 50-й отдельный моторизованный понтонно-мостовой батальон Северо-Западного фронта - с июля 1941 по ноябрь 1943 года
• - с июля 1941 по май 1945 года

Кроме того, в составе войск Дальневосточного фронта, не принимавших на тот момент участия в боях, весной 1942 года фиксируется нахождение 50-го отдельного понтонно-мостового батальона.