В 1803 г. переведен в капитул орденов, а через год в звании «военного советника» определился на службу в Инженерную экспедицию, числясь в которой принимал участие в
войне 1805 г.
.
В 1806 г. он был произведен в
статские советники
, через два года переведен в морскую артиллерию капитаном 1 ранга и вскоре назначен исправляющим должность
, то есть начальника морской артиллерии.
В 1810 году, с введением в действие проекта преобразования центрального управления морского ведомства, по которому последнее было подразделено на адмиралтейств-коллегию и адмиралтейский департамент, с организацией при адмиралтейств-коллегии экспедиций хозяйственной, исполнительной, артиллерийской, казначейской и счетной, Назимов был назначен управляющим артиллерийской экспедицией; в этой должности он состоял до 1827 года.
26 ноября 1816 г.
генерал-майор
В. Г. Назимов был награждён орденом Святого Георгия IV класса за № 3128.
В июне 1817 г. начальник артиллерийской экспедиции Назимов принимал самое непосредственное участие в подготовке путешествия вокруг света на военном шлюпе «Камчатка» (1817—1819) флота капитаном
Головниным
. Вот что он пишет об этом: «…Начальники разных экспедиций {Г-да: генерал-интендант
Иван Петрович Пущин
, генерал кригс-комиссар
Федор Васильевич Шишмарев
,
генерал-цейхмейстер Василий Гаврилович Назимов
.} Государственной адмиралтейств-коллегий, от коих зависело снабжение шлюпа всеми припасами, прилагали особенное попечение доставить нам самые лучшие материалы, какие только были в Кронштадтском и Петербургском арсеналах…»
В 1827 г. последовало Высочайшее утверждение «предварительного образования морского министерства», по которому бывшая артиллерийская экспедиция вошла в состав управления
генерал-интенданта
Морского министерства. В чине генерал-майора, Назимов получил новое назначение и занял должность дежурного генерала при морском штабе Его Величества, став во главе особого управления, заменившего бывшие департаменты инспекторский и аудиторский и канцелярию. Как дежурному генералу, ему пришлось иметь наблюдение «за ненарушимостью порядков» по ведомству и надзор за портами, строениями, арсеналами, фабриками, верфями, мастерскими — учреждениями морского министерства. В этой должности он пробыл 2 года.