Жена Лидия Петровна, сын Борис 1873 г.р. (ГАОО, Ф.37, о.2, д.104, л.5об.).
Сочинения
«Ueber die Befruchtung in den gesschlossenen Blüthen von Lamium amplexicaule und Oryza clandestina» («Botanische Zeitung», 1867, на русском языке — «
Университетские известия
», 1864)
«Beitrag zur Morfologie und Systematik der Gattung Vaucheria DC.» («Pringsheim’s Jahrb.», т. V, на русском языке — «
Университетские известия
», 1865, докторская диссертация),
«О развитии зооспор у водорослей» («Труды I съезда естествоиспытателей»),
О неустаревшем первозародыше Aspidium Filix Mas. Roth : Рассуждение, напис. для получения степ. магистра ботаники канд. Я. Я. Вальц. — Киев : Университетская типография, 1863. — 70, [1] с., 4 л. ил.;
О размножении растений частями семян : Публ. лекция проф. Я. Я. Вальца. — Одесса : тип. Ульриха и Шульце, 1877. — [2], 9 с.;
О влиянии света на некоторые процессы растительной жизни : Речь, произнес. на торжеств. собр. Имп. Новорос. ун-та за авг. 1875 г. орд. проф. по каф. ботаники Я. Я. Вальцем. — Одесса : тип. Ульриха и Шульце, 1875. — 45-72 с.;
Значение грибов в экономии природы / [Соч.] Я. Я. Вальца. — Одесса : тип. Ульриха и Шульце, 1872. — [2], 12 с.;
О болезнях культурных растений, зависящих от грибов / Мучная роса / [Соч.] Я. Я. Вальца. — [Москва] : Унив. тип. (Катков и К°), ценз. 1871. — 18 с. : ил.; 23.
О болезнях культурных растений, зависящих от грибов / [Соч.] Я. Я. Вальца. — [Москва] : Университетск. тип., ценз. 1869. — 26 с.;
О болезнях культурных растений, зависящих от грибов / Сумки слив / [Соч.] Я. Я. Вальца. — [Одесса] : тип. Л. Нитче, ценз. 1873. — 11 с. : ил.;
Морфология и систематика рода Vaucheria DC (Ectosperma Vauch.) : Рассуждение, представл. для получения степ. д-ра ботаники магистром Яковом Вальцом. — Киев : Унив. тип., 1865. — [2], 40 с., 2 л. цв. ил. ;
Отзыв профессора Вальца о докторской диссертации магистра ботаники А. Н. Волкова. — Одесса : тип. Ульриха и Шульце, [1876]. — 3 с. ;
О болезнях культурных растений, зависящих от грибов. Головня / [Соч.] Я. Я. Вальца. — [Москва] : Унив. тип. (Катков и К°), ценз. 1871. — 34 с. : ил. ;
О болезнях культурных растений, зависящих от грибов. Мучная роса / [Соч.] Я. Я. Вальца. — [Москва] : Унив. тип. (Катков и К°), ценз. 1871. — 18 с. : ил. ;
О развитии зигоспор у Closterium Iünula (Muller) erh. / [Соч.] Я. Вальца. — [Санкт-Петербург] : лит. А. Мюнстера, [1868]. — 4 с., 1 л. ил. ;
Заметка о развитии зооспор у водорослей / [Соч.] Я. Вальца. — 1869. — 7 с. ;
Краткий отчет о деятельности Киевского общества естествоиспытателей… … за 1870 год, составленный вицепрезидентом Общества Я. Я. Вальцем и рассмотренный в первом очередном заседании Общества 21 января 1871 года — 1871 — 12 с.