Каменная церковь была построена в 1507—1509 годах на территории Ивангородской крепости. Предположительно, её автором был Марк Грек. В храме имелся придел во имя Покрова Богородицы
.
Исследователи расходятся во мнениях в определении точной даты его основания (от конца XV до середины XVI вв.)
.
Во время
шведского владычества
в Ивангороде православную церковь переосвятили в лютеранскую. После взятия Нарвы и Ивангорода русскими войсками в 1704 году церковь была закрыта.
В 1744 году по приказу Екатерины II храм восстановили для православного богослужения.
В 1757 году Покровский придел Успенской церкви преобразован в самостоятельную церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы
Храм обновлялся в 1757, 1838—1846, 1896—1901 годах.
В 1944 году, во время военных действий под Нарвой, церковь сильно пострадала и была закрыта. В 1976—1985 гг. она была отреставрирована. С 1987 по 1988 год церковь использовалась как концертный зал.
В 1991 (1994
) году храм возвращён Русской Православной церкви. В 2010 году в храме устроен придел в честь новомученика Александра Волкова.