Сын смотрителя Прилукского уездного училища. Родился
1
(
13
) марта
1844
года в
Прилуках
,
Полтавской губернии
. Первоначальное образование получил в
1-й киевской гимназии
, после окончания которой в 1861 году поступил на
медицинский факультет Киевского университета
. Университет окончил в 1867 году со степенью лекаря и был оставлен при факультете для подготовки к учёной деятельности; спустя два года защитил диссертацию под заглавием «Материалы для физиологии жировой ткани» («Университетские Известия». —
1869
. — ІV. — С. 1—71, и отдельно: Киев, 1869), был удостоен степени доктора медицины и звания
приват-доцента
по кафедре гигиены. На два года был командирован за границу, где занимался преимущественно терапией и патологией в лабораториях Петтенкофера и Фойта в Мюнхене и Вюрца в Париже. Февраль и март 1871 года Субботин, с разрешения прусского правительства, провел на театре военных действий, посвятив это время уходу за ранеными и осмотру ряда госпиталей и лазаретов в Эперне,
Реймсе
и С.-Кентене.
По возвращении из-за границы медицинским факультетом Киевского университета он был избран штатным
доцентом
по кафедре гигиены, медицинской полиции, медицинской географии и статистики. Год спустя, он снова был командирован на два месяца за границу; в 1873 году стал
экстраординарным
, в 1880 — ординарным профессором по упомянутой кафедре. Был деканом медицинского факультета (1884—1886).