В 1869 году окончил немецкую гимназию при лютеранской церкви святой Анны в
Санкт-Петербурге
, в 1874 году —
Институт инженеров путей сообщения
, где остался для преподавательской и научной деятельности. Инженер путей сообщения. С 1878 также служил в техническом отделении Главного Общества Российских железных дорог. Со 2 апреля 1881 года Гордеенко —
коллежский асессор
. В 1882—1883 годах по его проекту был сооружён железнодорожный мост через реку
Тверцу
в
Торжке
. Создал первую в России систему
централизации
стрелочных переводов, осуществлённую на станции Саблино
Николаевской железной дороги
в
1885 году
. Основоположник автоматики и телемеханики на железнодорожном транспорте, изобретатель первой отечественной централизации стрелок и сигналов. С 1886 года — экстраординарный профессор, с 1896 года — ординарный профессор, с 1901 года — заслуженный профессор
Петербургского института инженеров путей сообщения
. Деятельность в Институте совмещал со службой в техническом отделе Главного Общества российских железных дорог, занимаясь разработкой и внедрением в области сигнализации, централизации и блокировки.
В 1905 году вышел в отставку с чином
действительного статского советника
. Член
Партии народной свободы
, Союза инженеров, Академического союза. За участие в Союзе союзов арестовывался в 1905 году. В 1906 году создал, затем руководил работой завода «Электромеханика». В 1908 года — член Общества вспомоществования недостающим студентам института путей сообщения императора
Александра I
. В 1910 году — председатель учебного отдела Санкт-Петербургского общества народных университетов. С 1912 году — гласный Санкт-Петербургской городской думы. В 1912—1916 годах — член правления Российского горнопромышленного комиссионного общества.
В последние годы жизни работал в Техническом отделе Народного комиссариата путей сообщения в качестве эксперта.
Труды
Заметки о замыкающих аппаратах / [Я. Гордеенко]. - [Санкт-Петербург] : тип. М-ва пут. сообщ. (А. Бенке), [1888]. - 41 с., 1 л. черт.;
Железные дороги : [Лекции] / [Проф. Я. Гордеенко]. - [Санкт-Петербург] : лит. А.Ф. Маркова, [1895?]. - 288 с., 18 л. черт. : черт.;
Ответственность министров : Исключ. положения : [О нарушении конституц. законов] / Я.Н. Гордеенко. - Санкт-Петербург : тип. т-ва "Обществ. польза", 1907. - 32 с.;
Курс железных дорог : По прогр., утв. г. министром пут. сообщ. 4 апр. 1888 г. для экзамена на звание техника пут. сообщ. / Я.Н. Гордеенко. - 2-е изд., пересм. и доп. - Санкт-Петербург : тип. Ю.Н. Эрлих, 1895. - 344 с. разд. паг., 20 л. черт.;
Курс железных дорог : По программе, утв. г. министром пут. сообщ. 4 апр. 1888 г. для экзамена на звание техника пут. сообщ. / Я.Н. Гордеенко. - 4-е изд., пересмотр. и доп. - Санкт-Петербург : тип. Ю.Н. Эрлих, 1905. - 356 с., 41 л. ил. : черт.;
Курс железных дорог : По прогр., утв. г. министром пут. сообщ. 4 апр. 1888 г. для экзамена на звание техника пут. сообщ. / Я.Н. Гордеенко. - Санкт-Петербург : тип. Ю.Н. Эрлих, 1889. - 16, 310 с., 18 л. черт. : черт.;
Курс железных дорог : По прогр., утв. г. министром пут. сообщ. 4 апр. 1888 г. для экзамена на звание техника пут. сообщ. : С 21 л. черт. и 20 №№ прил. / Я.Н. Гордеенко. - 3-е изд., пересм. и доп. - Санкт-Петербург : тип. Ю.Н. Эрлих, 1898. - 20, [2], 352 с. : черт.;
Виртуальная длина железных дорог / Проф. Я.Н. Гордеенко; Ин-т инж. пут. сообщ. имп. Александра I. - Санкт-Петербург : Студенч. б-ка, 1902. - 33 с. : черт.;
Данные для составления проектов по железным дорогам / Проф. Я.Н. Гордеенко; Ин-т инж. пут. сообщ. имп. Александра I. - Санкт-Петербург : Студ[енч]. б-ка И.И.П.С., [1899]. - 15 с.;
Дополнительный курс железных дорог : Лекции, чит. орд. проф. Я.Н. Гордеенко / Изд. инж. гр. О'Рурк (под ред. проф.). Ч. 1-; Ин-т инж. пут. сообщ. имп. Александра I. - Санкт-Петербург, 1896. - 27.
Дополнительный курс железных дорог : Лекции, чит. орд. проф. Я.Н. Гордеенко / Изд. инж. гр. О'Рурк (под ред. проф.). Ч. 1-; Ин-т инж. пут. сообщ. имп. Александра I. - Санкт-Петербург, 1896. - 27. - 1896/7. - 96 с., 1 л. фронт. (ил.) : черт.
Дополнительный курс железных дорог : Лекции, чит. орд. проф. Я.Н. Гордеенко / Изд. инж. гр. О'Рурк (под ред. проф.). Ч. 1-; Ин-т инж. пут. сообщ. имп. Александра I. - Санкт-Петербург, 1896. - 27. - 1896/7. - [8], 97-224 с., 1 л. фронт. (ил.), 1 л. черт. : черт.
Памятка сцепщика вагонов и составителя поездов [Текст] / А. Н. О'Рурк, П. Я. Гордеенко. - 3-е изд. - Москва ; Ленинград : Гострансиздат, 1932 (М. : тип. "Пролет. слово"). - Обл., 127 с., 1 с. объявл. : ил.; 17х13 см. - (Популярная транспортно-техническая библиотека).
Памятка сцепщика вагонов и составителя поездов : С 23 рис. в тексте и 77 [в] приложениях / Составили инж. П. Я. Гордеенко и проф. А. Н. О'Рурк ... - Москва : Транспечать НКПС, 1929 (5-я тип. Транспечати НКПС "Пролетарское слово"). - 118, XXIV, [1] с. : крас. ил.; 18х13 см. - (Популярная транспортно-техническая библиотека).
Литература
Железнодорожный транспорт: Энциклопедия / Гл. ред. Н. С. Конарев. — М.: Большая Российская энциклопедия, 1995. — 559 с.
Серков А. И.
Русское масонство. 1731—2000 гг. Энциклопедический словарь. М.: Российская политическая энциклопедия, 2001.