С первых дней участвовал в Карабахском движении. Был другом и телохранителем первого Председателя Верховного Совета НКР Артура Мкртчяна. Во время активных боевых действий возглавил оборону Гадрутского района. В тяжелых летних боях 1992 года Артур Агабекян и его бойцы сумели защитить Гадрутский район, а летом 1993 года, отразив наступление азербайджанской армии, подразделения, оборонявшие Гадрутский район, полностью очистили его территорию от азербайджанских войск. Продолжая теснить врага, с целью подавить огневые точки противника Артур Агабекян и его бойцы дошли до Горадиза
[
источник не указан 810 дней
]
.
1986—1988 — научный сотрудник на научно-производственном объединении «Армсельхозмеханизация».
1988—1994 — участвовал в
карабахской войне
, первый командир Гадрутского оборонительного района
НКР
, затем начальник 4-го отдела штаба Армии обороны
НКР
.
1992 — советник первого председателя Верховного совета
НКАО
.