1956
г. — поступил в клиническую ординатуру
НИИ онкологии имени Н. Н. Петрова
АМН СССР
, где в дальнейшем много лет проработал руководителем торакального отделения и заместителем директора по научной работе.
Первоначальные исследования были посвящены анатомическому и клиническому обоснованию хирургических вмешательств на лимфатическом аппарате шеи при метастазах рака.
1962
г. — кандидатская диссертация «Анатомическая и клиническая оценка операции Крайля».
1969
г. — монография, ставшая потом классической «Радикальные операции на шее при метастазах рака».
1977
по
1989
гг. — являлся председателем специализированного Ученого совета по защите кандидатских диссертаций.
1983
г. —
Золотая медаль ВДНХ
за разработку системы раннего выявления рака легкого в Ленинграде при профилактической флюорографии и внедрение её в практическое здравоохранение.
1990
по
2000
гг. — являлся председателем специализированного Ученого совета по защите докторских диссертаций.
Вагнером начата разработка новых подходов к комбинированному лечению рака языка, лечению рецидивов и метастазов рака щитовидной железы, опухолей слюнных желез, глотки и гортани. На эту тему написано 5 брошюр, в
2005
г. — монография «Опухоли головы и шеи», а в
2008
г. — монография «Опухоли легких».
Являлся руководителем научной школы онкологов-клиницистов, под его руководством защищено 18 докторских и 26 кандидатских диссертаций. Много лет работал в составе редколлегии журнала «Вопросы онкологии».